[English] 日本語
Yorodumi- PDB-3l4b: Crystal Structure of an Octomeric Two-Subunit TrkA K+ Channel Rin... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3l4b | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Crystal Structure of an Octomeric Two-Subunit TrkA K+ Channel Ring Gating Assembly, TM1088A:TM1088B, from Thermotoga maritima | ||||||
Components |
| ||||||
Keywords | TRANSPORT PROTEIN / Potassium Channel / Ring-Gating Complex / TrkA / Structural Genomics / PSI-2-2 / Protein Structure Initiative / Joint Center for Structural Genomics / JCSG | ||||||
Function / homology | Function and homology information potassium ion transmembrane transporter activity / nucleotide binding / plasma membrane Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Thermotoga maritima (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 3.45 Å | ||||||
Authors | Deller, M.C. / Johnson, H.A. / Miller, M. / Spraggon, G. / Wilson, I.A. / Lesley, S.A. / Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
Citation | Journal: To be Published Title: Crystal Structure of an Octomeric Two-Subunit TrkA K+ Channel Ring Gating Assembly, TM1088A:TM1088B, from Thermotoga maritima Authors: Deller, M.C. / Johnson, H.A. / Miller, M. / Spraggon, G. / Lesley, S.A. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3l4b.cif.gz | 242.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb3l4b.ent.gz | 187.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3l4b.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3l4b_validation.pdf.gz | 1.4 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 3l4b_full_validation.pdf.gz | 1.4 MB | Display | |
Data in XML | 3l4b_validation.xml.gz | 45.1 KB | Display | |
Data in CIF | 3l4b_validation.cif.gz | 61.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l4/3l4b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l4/3l4b | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3jxoC 2g1uS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data | |
Other databases |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
|
-Components
#1: Protein | Mass: 16051.363 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermotoga maritima (bacteria) / Strain: MSB8 / Gene: TM1088 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: D3KFX7*PLUS #2: Protein | Mass: 24066.098 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermotoga maritima (bacteria) / Strain: MSB8 / Gene: TM1088 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: D3KFX8*PLUS #3: Chemical | ChemComp-AMP / #4: Chemical | ChemComp-UNX / | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.57 Å3/Da / Density % sol: 52.14 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 0.1 M Magnesium Chloride, 15% PEG 4000, 0.1M HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 5.0.3 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: May 29, 2007 |
Radiation | Monochromator: Single crystal, cylindrically bent, Si(220) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 3.45→48.39 Å / Num. all: 22866 / Num. obs: 22866 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 |
Reflection shell | Resolution: 3.45→3.57 Å / % possible all: 100 |
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MAD Starting model: 2G1U Resolution: 3.45→48.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.893 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.836 / SU B: 74.088 / SU ML: 0.559 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.703 / Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD Details: (1) HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. (2) ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. (3) STRUCTURE BASED ON HIGH RESOLUTION STRUCTURE OF INDIVIDUAL COMPONENTS. (4) ...Details: (1) HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. (2) ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. (3) STRUCTURE BASED ON HIGH RESOLUTION STRUCTURE OF INDIVIDUAL COMPONENTS. (4) UNKNOWN ION MODELLED AS UNX NEXT TO ADENINE MOIETY OF AMP. (5) 12 TLS GROUPS SELECTED ACCORDING TO PROTEIN DOMAINS.
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 41.705 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 3.45→48.39 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints NCS | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Resolution: 3.45→3.539 Å / Total num. of bins used: 20
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group |
|