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- PDB-3l49: CRYSTAL STRUCTURE OF ABC SUGAR TRANSPORTER SUBUNIT FROM Rhodobact... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l49
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF ABC SUGAR TRANSPORTER SUBUNIT FROM Rhodobacter sphaeroides 2.4.1
要素ABC sugar (Ribose) transporter, periplasmic substrate-binding subunit
キーワードTRANSPORT PROTEIN / SUGAR BINDING/TRANSPORTER / STRUCTURAL GENOMICS / PSI / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NYSGRC / UNKNOWN LIGAND / NEW YORK STRUCTURAL GENOMIX RESEARCH CONSORTIUM / NYSGXRC / New York SGX Research Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


cell envelope / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
Periplasmic binding protein / Periplasmic binding protein domain / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Unknown ligand / Monosaccharide ABC transporter substrate-binding protein, CUT2 family
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Patskovsky, Y. / Ozyurt, S. / Dickey, M. / Do, J. / Wasserman, S.R. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York Structural GenomiX Research Consortium (NYSGXRC) / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF ABC SUGAR TRANSPORTER FROM Rhodobacter sphaeroides
著者: Patskovsky, Y. / Ozyurt, S. / Dickey, M. / Do, J. / Wasserman, S.R. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2009年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32018年11月21日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.42021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_conn
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
改定 1.52024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ABC sugar (Ribose) transporter, periplasmic substrate-binding subunit
B: ABC sugar (Ribose) transporter, periplasmic substrate-binding subunit
C: ABC sugar (Ribose) transporter, periplasmic substrate-binding subunit
D: ABC sugar (Ribose) transporter, periplasmic substrate-binding subunit
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,1308
ポリマ－00
非ポリマー126,1308
水4,035224
1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5322
ポリマ－00
非ポリマー31,5322
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5322
ポリマ－00
非ポリマー31,5322
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5322
ポリマ－00
非ポリマー31,5322
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5322
ポリマ－00
非ポリマー31,5322
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,0654
ポリマ－00
非ポリマー63,0654
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2720 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area21750 Å2
手法PISA
6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,0654
ポリマ－00
非ポリマー63,0654
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2720 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area22040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.310, 75.712, 77.438
Angle α, β, γ (deg.)106.41, 115.49, 96.71
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D
12I
22K
32H
42L
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
ABC sugar (Ribose) transporter, periplasmic substrate-binding subunit / PERIPLASMIC SUGAR BINDING PROTEIN


分子量: 31532.451 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
株: ATCC 17023 / 2.4.1 / NCIB 8253 / DSM 158 / 遺伝子: RHOS4_09560, RSP_2365 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3J3W0
#2: 化合物
ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 4 / 由来タイプ: 合成
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.04 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 200MM SODIUM ACETATE, PH 4.6, 100MM TRIS-HCL, PH 8.5, 10% GLYCEROL, 30% PEG4000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 294K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月12日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 56552 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 31.58 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 3.5
反射 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / 冗長度: 3.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SHELXモデル構築
REFMAC5.3.0034精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 8.404 / SU ML: 0.197 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.329 / ESU R Free: 0.246 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25436 1661 3.1 %RANDOM
Rwork0.19321 ---
obs0.19504 52491 95.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.962 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.92 Å2-0.25 Å2-0.43 Å2
2--1.45 Å2-0.27 Å2
3----0.1 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8608 0 40 224 8872
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0228826
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2341.95812062
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.79351142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.0526.097392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.859151410
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.7621530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.21397
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.026760
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1480.34226
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2950.56092
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1640.5642
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1370.356
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2520.59
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.6525758
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.51139122
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.15133428
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it11.12552931
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID数タイプRms dev position (Å)Weight position
210tight positional0.240.1
210tight positional0.390.01
210tight positional0.290
210tight positional0.810
12097medium positional0.40.5
12097medium positional0.40
12097medium positional0.390
12097medium positional0.390
210tight thermal5.025
210tight thermal5.820.5
210tight thermal7.360.05
210tight thermal5.910
12097medium thermal5.645
12097medium thermal5.440
12097medium thermal5.340
12097medium thermal5.810
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.368 114 -
Rwork0.262 3660 -
obs--90.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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