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- PDB-4o5a: The crystal structure of a LacI family transcriptional regulator ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4o5a
タイトルThe crystal structure of a LacI family transcriptional regulator from Bifidobacterium animalis subsp. lactis DSM 10140
要素LacI family transcription regulator
キーワードTRANSCRIPTION REGULATOR / structural genomics / PSI-Biology / protein structure initiative / midwest center for structural genomics / MCSG
機能・相同性Response regulator / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / :
機能・相同性情報
生物種Bifidobacterium animalis subsp. lactis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.777 Å
データ登録者Tan, K. / Li, H. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of a LacI family transcriptional regulator from Bifidobacterium animalis subsp. lactis DSM 10140.
著者: Tan, K. / Li, H. / Endres, M. / Joachimiak, A.
履歴
登録2013年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LacI family transcription regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,2926
ポリマ－37,8241
非ポリマー4685
水3,513195
1
A: LacI family transcription regulator
ヘテロ分子

A: LacI family transcription regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,58512
ポリマ－75,6482
非ポリマー93710
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area5030 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area22350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.214, 88.913, 60.524
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.65, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-504-

HOH

21A-673-

HOH

詳細Experimentally unknown. It is predicted that the chain A and its symmetry-related molecule by an operator (-x+1,y,-z+1) form a dimer.

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要素

#1: タンパク質 LacI family transcription regulator


分子量: 37823.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bifidobacterium animalis subsp. lactis (バクテリア)
株: DSM 10140 / 遺伝子: Balat_0153 / プラスミド: pMCSG68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: C6AGK7
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.8 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M Ammonium Sulfate, 0.1M Tris:HCl, 25% (w/v) PEG3350, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97921 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月27日 / 詳細: mirror
放射モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→27 Å / Num. all: 32091 / Num. obs: 32091 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 23.31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 33.4
反射 シェル解像度: 1.78→1.81 Å / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.751 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 1576 / % possible all: 96.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
SHELXD位相決定
MLPHARE位相決定
直接法モデル構築
ARPモデル構築
WARPモデル構築
HKL-3000位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
直接法位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.777→26.967 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1964 1616 5.04 %random
Rwork0.1655 ---
obs0.1671 32085 96.97 %-
all-32085 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.777→26.967 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2038 0 28 195 2261
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062150
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0922930
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.749804
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074343
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005377
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7773-1.82960.33851180.25112441X-RAY DIFFRACTION94
1.8296-1.88870.27281350.22052526X-RAY DIFFRACTION96
1.8887-1.95610.2431270.18612530X-RAY DIFFRACTION97
1.9561-2.03440.21430.17072518X-RAY DIFFRACTION97
2.0344-2.1270.22711260.1732534X-RAY DIFFRACTION97
2.127-2.23910.20021330.17162530X-RAY DIFFRACTION97
2.2391-2.37930.19861450.17292546X-RAY DIFFRACTION98
2.3793-2.56290.23251410.1732564X-RAY DIFFRACTION98
2.5629-2.82050.19641320.17312559X-RAY DIFFRACTION98
2.8205-3.22810.21471410.17222602X-RAY DIFFRACTION98
3.2281-4.06480.15641430.14562578X-RAY DIFFRACTION99
4.0648-26.96980.17731320.14932541X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.4404-0.4345-0.64823.16050.64543.9288-0.09480.32770.1167-0.29750.03670.4609-0.1666-0.5430.04890.1761-0.0299-0.030.23360.04640.240226.750865.772419.2812
22.0729-0.02770.0631.3247-0.58494.3184-0.05760.2073-0.0459-0.05090.00740.12490.007-0.17410.03550.1209-0.02820.00250.1289-0.03170.144124.391735.189714.8135
30.4955-0.1375-0.00595.5637-0.02790.2636-0.03950.12650.084-0.62180.0039-0.3029-0.07980.10740.03160.2545-0.04810.03950.22440.00610.167936.951350.870615.1787
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 63 through 171 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 172 through 289 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 290 through 341 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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