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- PDB-3l3s: Crystal structure of an enoyl-CoA hydrotase/isomerase family prot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l3s
タイトルCrystal structure of an enoyl-CoA hydrotase/isomerase family protein from Silicibacter pomeroyi
要素Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
キーワードISOMERASE / crotonase superfamily / dimer of trimers / PSI-2 / NYSGXRC / 11252f / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


hydro-lyase activity / fatty acid metabolic process
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #2460 / : / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Helix Hairpins / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle ...Helix Hairpins - #2460 / : / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Helix Hairpins / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Ruegeria pomeroyi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.32 Å
データ登録者Eswaramoorthy, S. / Silberstein, M. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of an enoyl-CoA hydrotase/isomerase family protein from Silicibacter pomeroyi
著者: Eswaramoorthy, S. / Silberstein, M. / Burley, S.K. / Swaminathan, S.
履歴
登録2009年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年2月10日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_conn
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年11月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
B: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
C: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
D: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
E: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
F: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
G: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
H: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
I: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
J: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
K: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
L: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)342,73812
ポリマ－342,73812
非ポリマー00
水2,414134
1
A: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
B: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
C: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,6853
ポリマ－85,6853
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10700 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area25650 Å2
手法PISA
2
D: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
E: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
F: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,6853
ポリマ－85,6853
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10430 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area25300 Å2
手法PISA
3
G: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
H: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
I: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,6853
ポリマ－85,6853
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10570 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area25530 Å2
手法PISA
4
J: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
K: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein
L: Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,6853
ポリマ－85,6853
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10740 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area25270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.403, 124.285, 146.999
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.44, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Enoyl-CoA hydratase/isomerase family protein


分子量: 28561.521 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Ruegeria pomeroyi (バクテリア) / 遺伝子: SPO2339 / プラスミド: BC - pSGX3 (BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-Codon_RIL / 参照: UniProt: Q5LQZ3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 134 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.3 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2M Lithium sulfate; 0.1M HEPES pH 7.5; 25% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年9月25日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.32→50 Å / Num. all: 130351 / Num. obs: 130351 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 44.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.136 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 2.32→2.4 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.776 / Num. unique all: 12687 / % possible all: 97.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2VX2

2vx2


解像度: 2.32→50 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.294 5005 -RANDOM
Rwork0.263 ---
all0.291 124154 --
obs0.291 124154 92.3 %-
原子変位パラメータBiso mean: 37.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.84 Å20 Å2-0.59 Å2
2--12.58 Å20 Å2
3----7.74 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.42 Å0.36 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.46 Å0.39 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.32→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20515 0 0 134 20649
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg24
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.76
LS精密化 シェル解像度: 2.32→2.4 Å / Rfactor Rfree error: 0.015
Rfactor反射数%反射
Rfree0.383 635 -
Rwork0.353 --
obs-15817 70.8 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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