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- PDB-3l31: Crystal structure of the CBS and DRTGG domains of the regulatory ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l31
タイトルCrystal structure of the CBS and DRTGG domains of the regulatory region of Clostridium perfringens pyrophosphatase complexed with the inhibitor, AMP
要素Probable manganase-dependent inorganic pyrophosphatase
キーワードHYDROLASE / Clostridium perfringens / family II / Inorganic / pyrophosphatase / CBS domain / Bateman domain / AMP / DRTGG
機能・相同性
機能・相同性情報


inorganic diphosphatase / inorganic diphosphate phosphatase activity / phosphate-containing compound metabolic process / cobalt ion binding / AMP binding / manganese ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HprK N-terminal domain-like / DRTGG / DRTGG domain / HPr(Ser) kinase/phosphorylase-like, N-terminal domain superfamily / DHHA2 domain / DHHA2 domain superfamily / DHHA2 domain / DHHA2 / Udp-n-acetylmuramoylalanyl-d-glutamate--2,6- Diaminopimelate Ligase; Chain: A, domain 1 / DDH domain ...HprK N-terminal domain-like / DRTGG / DRTGG domain / HPr(Ser) kinase/phosphorylase-like, N-terminal domain superfamily / DHHA2 domain / DHHA2 domain superfamily / DHHA2 domain / DHHA2 / Udp-n-acetylmuramoylalanyl-d-glutamate--2,6- Diaminopimelate Ligase; Chain: A, domain 1 / DDH domain / DHH family / DHH phosphoesterase superfamily / CBS-domain / CBS-domain / CBS domain superfamily / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile. / Roll / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Cobalt-dependent inorganic pyrophosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Tuominen, H. / Salminen, A. / Oksanen, E. / Jamsen, J. / Heikkila, O. / Lehtio, L. / Magretova, N.N. / Goldman, A. / Baykov, A.A. / Lahti, R.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Crystal Structures of the CBS and DRTGG Domains of the Regulatory Region of Clostridiumperfringens Pyrophosphatase Complexed with the Inhibitor, AMP, and Activator, Diadenosine Tetraphosphate.
著者: Tuominen, H. / Salminen, A. / Oksanen, E. / Jamsen, J. / Heikkila, O. / Lehtio, L. / Magretova, N.N. / Goldman, A. / Baykov, A.A. / Lahti, R.
履歴
登録2009年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable manganase-dependent inorganic pyrophosphatase
B: Probable manganase-dependent inorganic pyrophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,7754
ポリマ－56,0802
非ポリマー6942
水1,74797
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3640 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area21130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.960, 79.610, 116.360
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Probable manganase-dependent inorganic pyrophosphatase


分子量: 28040.135 Da / 分子数: 2 / 断片: regulatory region (UNP residues 66-306) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
株: str. 13 / 遺伝子: CPE2055 / プラスミド: pET36b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q8XIQ9, inorganic diphosphatase
#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.48 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 15% PEG 4000, 100mM Tris/HCl pH 8.5, 20mM MgCl2, 0.15mM AMP, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.975501 Å
検出器タイプ: ADSC Quantum Q315r / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.975501 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. all: 24771 / Num. obs: 24771 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 52.712 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rsym value: 0.089 / Net I/σ(I): 16.41
反射 シェル解像度: 2.3→2.45 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.289 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Num. measured obs: 22736 / Num. unique all: 4182 / Num. unique obs: 4182 / Rsym value: 0.289 / % possible all: 98.7

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XSCALEデータスケーリング
SHELX位相決定
REFMAC5.4.0078精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 17.613 / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.332 / ESU R Free: 0.259 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27713 1305 5.3 %RANDOM
Rwork0.21575 ---
obs0.21895 23426 99.03 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 112.56 Å2 / Biso mean: 42.617 Å2 / Biso min: 21.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.55 Å20 Å20 Å2
2---1.02 Å20 Å2
3----2.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3533 0 46 97 3676
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0223653
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022348
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.541.9924972
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.25935841
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3185467
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.00326.364143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.69715660
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.311512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0830.2615
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023987
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02617
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8951.52335
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1821.5932
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6823798
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.35131318
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.7714.51174
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.462 100 -
Rwork0.325 1685 -
obs--98.67 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.05410.5047-0.10055.47880.06191.47340.02240.08730.07330.31980.0194-0.10870.2153-0.0269-0.04170.1292-0.0082-0.02110.3011-0.00940.1919-14.739-1.9528.243
20.0290.0037-0.22734.5149-0.24461.7944-0.0554-0.08170.1652-0.56590.1119-0.05890.4253-0.0148-0.05650.33-0.01360.00340.27160.06430.13-14.136-1.6014.033
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A66 - 299
2X-RAY DIFFRACTION2B68 - 298

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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