PDB-3l2a: Crystal structure of Reston Ebola VP35 interferon inhibitory domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3l2a

タイトル

Crystal structure of Reston Ebola VP35 interferon inhibitory domain

要素

Polymerase cofactor VP35

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / RNA BINDING DOMAIN / INTERFERON ANTIVIRAL EVASION / RNA REPLICATION / TRANSCRIPTION / Host cytoplasm / Interferon antiviral system evasion / RNA-binding / Virion

機能・相同性

機能・相同性情報

symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IKBKE activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF7 activity / virion component / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell cytoplasm / RNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Reston ebolavirus (エボラウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.71 Å

データ登録者

Leung, D.W. / Farahbakhsh, M. / Borek, D.M. / Prins, K.C. / Basler, C.F. / Amarasinghe, G.K.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural and Functional Characterization of Reston Ebola Virus VP35 Interferon Inhibitory Domain.
著者: Leung, D.W. / Shabman, R.S. / Farahbakhsh, M. / Prins, K.C. / Borek, D.M. / Wang, T. / Muhlberger, E. / Basler, C.F. / Amarasinghe, G.K.

履歴

登録	2009年12月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年5月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3l2a.cif.gz	44.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3l2a.ent.gz	31.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3l2a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l2/3l2a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l2/3l2a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3fkeS 3l25 3l26 3l27 3l28 3l29 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2j4t-2 6fdt-d 6dku-d 1c0c-d 2m0t-d 2j4b-3 2zez-4 4odq-d 5vfg-d 4gqv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#178 - 2014年10月エボラウイルスタンパク質 (Ebola Virus Proteins) 類似性 (6) #4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Polymerase cofactor VP35

ヘテロ分子

14.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.551, 51.551, 50.865
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	76
Space group name H-M	P4₁

#1: タンパク質	Polymerase cofactor VP35 分子量: 14345.812 Da / 分子数: 1 / 断片: Reston Ebola VP35 interferon inhibitory domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Reston ebolavirus (エボラウイルス) 株: Reston-89 / 遺伝子: REBOVgp2, VP35 / プラスミド: MODIFIED PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8JPY0
#2: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸分子量: 60.052 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.78 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3 詳細: 16% PEG3350, 0.1M SODIUM ACETATE, 14% TACSIMATE, pH 3.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月22日
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.71→50 Å / Num. obs: 13734 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -5 / 冗長度: 7.4 % / R_merge(I) obs: 0.7 / Net I/σ(I): 39
反射シェル	解像度: 1.71→1.74 Å / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.603 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.3.0037	精密化
HKL-3000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3FKE

3fke

解像度: 1.71→22.99 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 4.088 / SU ML: 0.069 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.107 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22528	729	5 %	RANDOM
R_work	0.17	-	-	-
all	0.17257	-	-	-
obs	0.17257	13734	99.85 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.753 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.71→22.99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	984	0	14	93	1091

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	1110
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.313	1.988	1509
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.424	5	141
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.879	22.609	46
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.042	15	200
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.986	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	160
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	864
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	499
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.312	0.2	771
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	66
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.196	0.2	64
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.094	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.861	1.5	701
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.416	2	1125
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.149	3	443
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.378	4.5	384

LS精密化シェル

解像度: 1.71→1.755 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.264	61	-
R_work	0.213	991	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	12.0533	2.0162	-9.9759	14.545	5.1574	18.5502	0.1511	0.4384	-0.076	-0.1458	0.232	0.2343	-0.2567	-0.55	-0.3831	0.0142	0.0147	-0.0049	0.0419	0.0662	0.0328	15.0269	-12.5468	-18.7687
2	3.4027	-2.6345	0.4456	16.1736	-6.0894	5.2868	-0.0044	0.11	0.1861	-0.3296	0.3347	0.565	0.2076	-0.2269	-0.3303	0.026	-0.0061	-0.0038	0.0655	0.0662	0.0491	7.8716	-17.2108	-12.7342
3	1.4327	0.5506	0.6559	3.7001	2.5077	4.8822	-0.0622	0.1297	0.0769	-0.0656	-0.0407	0.4502	-0.0628	-0.0184	0.1029	0.0058	0.0105	-0.0056	0.0582	0.0436	0.0751	5.9175	-26.8877	-5.9348
4	2.8769	3.2643	-1.6634	9.529	-1.94	0.9623	0.1713	-0.0032	0.1657	0.0023	-0.0361	0.2953	-0.0519	-0.1122	-0.1353	0.0369	0.0174	0.0375	0.0669	0.0241	0.0456	8.8313	-15.3372	-3.2128
5	2.6254	-1.8077	-1.2599	3.7375	1.4028	2.8785	0.0725	0.0949	0.1567	-0.0766	0.0156	-0.0555	-0.0959	-0.006	-0.0881	0.0723	0.0032	0.0566	0.0247	0.0219	0.0428	16.4998	-10.8362	-9.2319
6	1.7959	2.1006	-0.0092	5.0365	-2.4504	2.608	0.026	0.092	-0.0501	-0.1624	0.0313	-0.2018	0.0229	-0.0487	-0.0573	0.0663	0.0105	0.0259	0.0308	0.0043	0.0338	19.7702	-25.6234	-9.1066
7	0.3313	1.9347	-0.0188	12.0513	0.7703	1.029	0.0415	-0.1708	-0.0541	-0.0077	0.235	-0.7292	0.0141	-0.0184	-0.2765	0.022	0.0016	0.0212	0.0363	-0.0358	0.1106	20.5307	-18.3927	-1.7197
8	34.2176	6.0309	-11.02	1.2492	-2.6397	6.1604	0.3666	-0.5052	0.5277	0.5433	0.0624	0.0361	-0.2297	0.2969	-0.429	0.1309	-0.0189	0.0934	-0.0303	-0.0514	0.0607	13.8174	-10.4849	5.6763
9	36.7149	5.442	-5.928	0.997	-2.6272	17.0166	0.2229	1.3785	-0.3229	-0.6962	-0.7193	-0.2548	0.2781	-1.1633	0.4963	0.0669	0.1142	0.2118	0.0583	-0.0338	0.4063	-4.5813	-14.2768	9.2306
10	11.1896	-4.8037	-4.6759	4.1292	5.5678	8.0869	0.0621	0.3463	-0.0719	0.1184	-0.2958	0.0166	0.1583	-0.4195	0.2337	0.02	0.0038	0.0821	0.0537	0.0349	0.0516	-2.4335	-25.237	7.1393
11	8.2936	6.4677	2.3402	6.8033	3.607	2.4651	0.2044	-0.2537	-0.5283	0.7215	0.16	-0.1696	-0.4051	-0.4163	-0.3644	0.1716	0.0422	0.0293	0.0175	0.0664	0.0069	6.2442	-25.5984	12.7141
12	9.7216	0.649	-7.6622	6.1588	5.1024	17.2336	0.4621	-0.8737	0.4413	0.8072	-0.1173	-0.8172	-0.5244	1.1123	-0.3448	0.19	-0.0773	-0.0523	0.0822	-0.096	0.0044	15.905	-14.9513	11.2363
13	7.34	-4.7827	-2.199	6.262	-0.5521	2.9837	0.0558	0.0499	0.1614	0.6598	0.0631	-0.0617	-0.363	0.2414	-0.1189	0.104	-0.02	0.0342	0.0202	0.0081	0.0222	10.7392	-18.1385	8.8321
14	51.9561	52.3004	-12.4144	67.5756	15.2397	54.4986	1.9522	-0.5832	-0.4534	3.9347	-1.2759	-0.4445	0.0343	-0.4132	-0.6764	0.1272	0.2578	0.1906	-0.2044	0.0892	0.2205	-1.731	-14.2581	16.6751
15	4.0966	-4.7247	0.4016	18.3123	0.6511	0.1359	-0.1727	-0.2264	-0.4747	0.8958	0.5866	0.0826	0.1029	-0.2	-0.4139	0.1221	0.0531	0.0805	0.0324	0.048	-0.0264	7.8622	-20.5215	10.9207

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	204 - 208
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	209 - 217
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	218 - 228
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	229 - 240
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	241 - 250
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	251 - 263
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	264 - 276
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	277 - 283
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	284 - 287
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	288 - 296
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	297 - 303
12	X-RAY DIFFRACTION	12	A	304 - 310
13	X-RAY DIFFRACTION	13	A	311 - 317
14	X-RAY DIFFRACTION	14	A	318 - 323
15	X-RAY DIFFRACTION	15	A	324 - 329

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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