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- PDB-3l25: Crystal structure of Zaire Ebola VP35 interferon inhibitory domai... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l25
タイトルCrystal structure of Zaire Ebola VP35 interferon inhibitory domain bound to 8 bp dsRNA
要素
  • Polymerase cofactor VP35
  • RNA (5'-R(*CP*GP*CP*AP*UP*GP*CP*G)-3')
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / RNA BINDING DOMAIN / COILED COIL / INTERFERON ANTIVIRAL SYSTEM EVASION / RNA REPLICATION / RNA BINDING PROTEIN / TRANSCRIPTION / Host cytoplasm / RNA-binding / Virion / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host defenses / symbiont-mediated suppression of host RNAi-mediated antiviral immune response / negative regulation of miRNA-mediated gene silencing / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IKBKE activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF7 activity / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / positive regulation of protein sumoylation / viral transcription / molecular sequestering activity / viral genome replication ...symbiont-mediated suppression of host defenses / symbiont-mediated suppression of host RNAi-mediated antiviral immune response / negative regulation of miRNA-mediated gene silencing / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IKBKE activity / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of IRF7 activity / symbiont-mediated suppression of host antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class II / positive regulation of protein sumoylation / viral transcription / molecular sequestering activity / viral genome replication / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of TBK1 activity / viral nucleocapsid / symbiont-mediated suppression of host toll-like receptor signaling pathway / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of gene expression / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Filoviridae VP35, C-terminal inhibitory domain, beta-sheet subdomain / Filoviridae VP35, C-terminal inhibitory domain, helical subdomain / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain, beta-sheet subdomain / Filoviridae VP35 protein / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain, helical subdomain / Filoviridae VP35 / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain profile. / Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) / Helicase, Ruva Protein; domain 3 ...Filoviridae VP35, C-terminal inhibitory domain, beta-sheet subdomain / Filoviridae VP35, C-terminal inhibitory domain, helical subdomain / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain, beta-sheet subdomain / Filoviridae VP35 protein / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain, helical subdomain / Filoviridae VP35 / Filoviruses VP35 interferon inhibitory domain profile. / Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Ribbon / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / RNA / Polymerase cofactor VP35
類似検索 - 構成要素
生物種Zaire ebolavirus (エボラウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Leung, D.W. / Prins, K.C. / Borek, D.M. / Farahbakhsh, M. / Tufariello, J.M. / Ramanan, P. / Nix, J.C. / Helgeson, L.A. / Otwinowski, Z. / Honzatko, R.B. ...Leung, D.W. / Prins, K.C. / Borek, D.M. / Farahbakhsh, M. / Tufariello, J.M. / Ramanan, P. / Nix, J.C. / Helgeson, L.A. / Otwinowski, Z. / Honzatko, R.B. / Basler, C.F. / Amarasinghe, G.K.
引用
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Preliminary X-ray studies of the Ebola VP35 IFN inhibitory domain bound to double stranded RNA
著者: Leung, D.W. / Prins, K.C. / Borek, D.M. / Farahbakhsh, M. / Tufariello, J.M. / Ramanan, P. / Nix, J.C. / Helgeson, L.A. / Otwinowski, Z. / Honzatko, R.B. / Basler, C.F. / Amarasinghe, G.K.
履歴
登録2009年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年9月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polymerase cofactor VP35
B: Polymerase cofactor VP35
C: RNA (5'-R(*CP*GP*CP*AP*UP*GP*CP*G)-3')
D: Polymerase cofactor VP35
E: Polymerase cofactor VP35
F: RNA (5'-R(*CP*GP*CP*AP*UP*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,47244
ポリマ－61,9256
非ポリマー1,54738
水6,035335
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)78.947, 84.571, 89.316
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 6分子 ABDECF

#1: タンパク質
Polymerase cofactor VP35


分子量: 14210.523 Da / 分子数: 4 / 断片: Zaire Ebola VP35 interferon inhibitory domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Zaire ebolavirus (エボラウイルス)
株: Mayinga-76 / 遺伝子: VP35 / プラスミド: MODIFIED PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q05127
#2: RNA鎖 RNA (5'-R(*CP*GP*CP*AP*UP*GP*CP*G)-3')


分子量: 2541.577 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成

-
非ポリマー , 6種, 373分子

#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物...
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 335 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: 3M SODIUM FORMATE, 0.1M SODIUM CITRATE, 5% GLYCEROL, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1SODIUM FORMATE11
2SODIUM CITRATE11
3GLYCEROL11
4SODIUM FORMATE12
5SODIUM CITRATE12
6GLYCEROL12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月20日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 41135 / Num. obs: 41135 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.758 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.3.0037精密化
HKL-3000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3FKE

3fke


解像度: 2→44.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 5.526 / SU ML: 0.1 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20744 2038 5 %RANDOM
Rwork0.16938 ---
all0.17129 39012 --
obs0.17129 39012 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.138 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→44.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3862 336 94 335 4627
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0224381
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.028
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2262.0785976
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.241316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.7735498
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.19223.952167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.73215691
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.881528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2681
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.023164
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1910.22060
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2040.210
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2970.23002
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0690.22
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1360.2316
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0970.219
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2110.277
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2990.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1420.226
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4711.52548
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.87524068
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.57731932
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4744.51908
LS精密化 シェル解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.243 143 -
Rwork0.211 2773 -
obs--96.84 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
120.319508.110713.3804026.2624-0.1007-0.5573-1.1163-0.46860.6084-1.26850.34781.4551-0.50770.04680.1132-0.01980.2212-0.0950.28326.158-2.016-39.65
25.4447-1.51831.61343.1903-0.23273.7059-0.00240.305-0.1243-0.16980.11-0.38860.09950.5463-0.1075-0.06690.00730.01140.0069-0.0211-0.0545-2.3274.052-38.8
313.80582.6941-4.21835.5183-1.28634.15920.0187-0.8647-0.8520.5358-0.1384-0.62470.33850.8440.11970.0640.0376-0.07420.08360.01790.0968-0.287-0.504-28.063
417.10967.27982.05399.03143.2581.20450.1395-1.0701-0.05270.6771-0.1483-0.2117-0.16320.3110.00880.06080.0003-0.02590.04220.0207-0.0179-1.377.992-26.86
56.71931.3255.16835.0441-0.86188.9854-0.34410.03650.0957-0.13750.0511-0.2561-0.70290.07140.2929-0.0588-0.04240.0817-0.0163-0.00350.0012-3.2915.944-42.833
66.2869-9.5018-5.027918.71995.55834.97640.26760.2160.2685-0.3243-0.35720.3316-0.08630.16190.0897-0.0751-0.0552-0.0286-0.0409-0.0081-0.0639-16.33510.559-43.908
71.4049-1.50870.63113.3496-1.58324.6088-0.32470.07270.43590.30880.0302-0.2786-0.69290.15420.29460.048-0.0715-0.0277-0.03560.0158-0.027-7.16421.526-35.133
83.81720.9071-1.04123.4575-0.48833.6124-0.2340.32750.1194-0.30030.18850.1644-0.0335-0.11720.0455-0.0599-0.0893-0.031-0.02620.021-0.0385-7.35619.73-41.861
921.40043.749720.155610.6072-4.309325.1618-0.3927-1.12582.27281.2860.1712-0.953-0.80430.15750.22160.2856-0.0129-0.01010.127-0.26150.3097-16.37330.569-9.148
107.50870.58482.58123.66091.46125.1536-0.0484-0.30240.44370.3676-0.0740.1793-0.2146-0.23830.1223-0.02960.01090.0145-0.056-0.0312-0.0391-23.18722.681-15.68
114.7346-0.08013.1923.5313-1.35166.4535-0.1014-0.33270.220.1224-0.0037-0.1442-0.47530.05140.1052-0.0175-0.0286-0.0256-0.053-0.0306-0.0248-12.99323.802-19.154
125.6782-2.29470.36638.05982.19184.63280.0836-0.26060.00420.2617-0.0749-0.25590.15550.3277-0.0087-0.0967-0.0401-0.0036-0.05220.019-0.0883-11.88616.316-19.074
1317.29640.4122-2.17165.4662-1.78754.1244-0.18270.1199-0.56080.4920.05590.2798-0.2742-0.18330.12680.10950.0281-0.0483-0.06840.0105-0.0961-23.889.755-8.295
1414.723-5.90961.311311.3734-4.41391.79580.0646-0.1246-0.0420.8410.01260.3056-1.07210.2732-0.0771-0.01430.03040.0352-0.1356-0.06050.0473-34.95114.917-13.765
157.9367-3.03963.12497.4564-1.69845.07770.21690.0629-0.2074-0.1433-0.03560.3977-0.0705-0.1844-0.1812-0.04930.00830.0041-0.1001-0.0118-0.1182-26.4974.14-16.334
166.53180.4317-1.04153.92670.28243.50730.0668-0.0215-0.16540.1233-0.08410.1292-0.032-0.25940.0172-0.02820.0175-0.0289-0.1087-0.0035-0.0779-24.9716.37-12.062
1710.73415.5758-1.277117.6388-1.60999.39920.3954-0.4119-1.51510.3845-0.1853-0.92960.7318-0.2455-0.21020.05720.0211-0.0788-0.00040.02440.1932-20.353-23.804-25.115
183.2049-0.3025-0.70766.86821.94323.4030.0814-0.2095-0.0090.1740.0096-0.3580.1660.2906-0.0909-0.0992-0.023-0.0234-0.08520.0085-0.0928-23.35-11.258-26.198
197.25335.94792.268735.79321.62132.43160.1001-0.7724-0.49860.7928-0.10950.23610.5411-0.07740.0094-0.065-0.01080.0133-0.01810.05650.0017-30.514-22.225-25.81
206.70972.8735-1.78679.9609-2.6592.9099-0.26030.344-0.7381-0.58680.0084-0.69280.4118-0.03380.25180.00190.01630.0029-0.0216-0.04610.0027-23.059-19.931-35.763
2110.73279.88110.98524.0499-4.74234.5887-0.22210.718-0.257-0.78260.2534-0.24190.4765-0.1606-0.03120.0129-0.01650.001-0.0157-0.0135-0.0522-31.523-19.172-37.439
225.42942.52431.57343.95392.88394.71180.2088-0.4470.0520.2359-0.3660.28170.1978-0.41760.1573-0.0066-0.01810.0123-0.02220.044-0.0422-36.906-12.16-19.229
237.16711.93192.7030.53880.55362.71890.2589-0.23170.00990.1547-0.09970.0979-0.0004-0.3558-0.1593-0.00740.01180.0121-0.01240.0015-0.0011-39.883-5.148-25.9
245.3534-0.70171.56054.46560.275413.5640.0511-0.38880.10570.4447-0.07050.23630.0832-0.74160.0195-0.1032-0.06060.0379-0.05350.0006-0.022-40.493-10.607-24.863
2511.1812-4.6344-9.814329.5786-5.966112.25490.15911.4506-0.3229-1.8714-0.34440.87650.9519-1.26680.18530.2336-0.1329-0.30060.37650.16790.4183-50.3560.116-55.928
262.75713.09311.593913.02050.61671.0652-0.06370.10030.3316-0.4430.35421.1132-0.1361-0.6921-0.2906-0.04360.0369-0.02310.08080.10550.0624-44.878.435-47.286
273.5188-1.6569-0.427110.26356.49469.77180.21990.53110.2756-0.61180.1368-0.0051-0.5022-0.2826-0.3566-0.09410.0190.021-0.04830.0584-0.0629-37.516.355-49.609
285.68741.7245-1.32567.7777-0.39159.6217-0.23710.8997-0.0212-0.72730.40830.33640.2826-0.6389-0.17110.0285-0.1121-0.08650.11770.03570.0275-43.72-4.567-52.362
295.2338-0.6978-1.97144.0376-1.62051.7187-0.15080.1916-0.08710.1250.17060.06580.1975-0.2555-0.0199-0.1018-0.0356-0.0201-0.05330.0027-0.0777-39.506-3.688-42.402
304.27590.194-1.90498.5747-0.31637.16660.02330.40440.3409-0.40280.2091-0.2826-0.3555-0.2725-0.2324-0.15560.011-0.00610.0541-0.0033-0.0428-29.2159.516-55.27
315.52441.2355-0.62021.88832.20553.4788-0.05770.07610.02370.09770.03010.0110.0538-0.11070.0276-0.10580.0252-0.0005-0.0709-0.0023-0.097-25.2224.141-48.469
325.20712.1419-2.1148.8427-5.986415.55530.15610.13380.12880.01780.0222-0.1814-0.61430.1617-0.1783-0.10420.01060.0038-0.0689-0.0128-0.0587-24.10610.279-55.4
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A218 - 224
2X-RAY DIFFRACTION2A225 - 254
3X-RAY DIFFRACTION3A255 - 274
4X-RAY DIFFRACTION4A275 - 285
5X-RAY DIFFRACTION5A286 - 304
6X-RAY DIFFRACTION6A305 - 309
7X-RAY DIFFRACTION7A310 - 321
8X-RAY DIFFRACTION8A322 - 340
9X-RAY DIFFRACTION9B218 - 223
10X-RAY DIFFRACTION10B224 - 250
11X-RAY DIFFRACTION11B251 - 276
12X-RAY DIFFRACTION12B277 - 286
13X-RAY DIFFRACTION13B287 - 301
14X-RAY DIFFRACTION14B302 - 307
15X-RAY DIFFRACTION15B308 - 318
16X-RAY DIFFRACTION16B319 - 340
17X-RAY DIFFRACTION17D218 - 227
18X-RAY DIFFRACTION18D228 - 243
19X-RAY DIFFRACTION19D244 - 251
20X-RAY DIFFRACTION20D252 - 277
21X-RAY DIFFRACTION21D278 - 287
22X-RAY DIFFRACTION22D288 - 305
23X-RAY DIFFRACTION23D306 - 317
24X-RAY DIFFRACTION24D318 - 340
25X-RAY DIFFRACTION25E218 - 223
26X-RAY DIFFRACTION26E224 - 237
27X-RAY DIFFRACTION27E238 - 245
28X-RAY DIFFRACTION28E246 - 264
29X-RAY DIFFRACTION29E265 - 287
30X-RAY DIFFRACTION30E288 - 306
31X-RAY DIFFRACTION31E307 - 326
32X-RAY DIFFRACTION32E327 - 340

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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