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- PDB-3l24: Crystal Structure of the Nerve Agent Degrading Organophosphate An... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l24
タイトルCrystal Structure of the Nerve Agent Degrading Organophosphate Anhydrolase/Prolidase in Complex with Inhibitors
要素Xaa-Pro dipeptidase
キーワードHYDROLASE / PITA-BREAD / Detoxification / Dipeptidase / Manganese / Metal-binding / Metalloprotease / Protease
機能・相同性
機能・相同性情報


diisopropyl-fluorophosphatase / diisopropyl-fluorophosphatase activity / Xaa-Pro dipeptidase / proline dipeptidase activity / aryldialkylphosphatase / aryldialkylphosphatase activity / metalloexopeptidase activity / response to toxic substance / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Xaa-Pro dipeptidase / : / Xaa-Pro dipeptidase, N-terminal domain / Peptidase M24B, X-Pro dipeptidase/aminopeptidase P, conserved site / Aminopeptidase P and proline dipeptidase signature. / Creatine Amidinohydrolase; Chain A, domain 1 / Creatinase/prolidase N-terminal domain / Creatinase/Aminopeptidase P/Spt16, N-terminal / Creatine Amidinohydrolase / Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily ...Xaa-Pro dipeptidase / : / Xaa-Pro dipeptidase, N-terminal domain / Peptidase M24B, X-Pro dipeptidase/aminopeptidase P, conserved site / Aminopeptidase P and proline dipeptidase signature. / Creatine Amidinohydrolase; Chain A, domain 1 / Creatinase/prolidase N-terminal domain / Creatinase/Aminopeptidase P/Spt16, N-terminal / Creatine Amidinohydrolase / Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLYCOLIC ACID / : / Xaa-Pro dipeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Alteromonas sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Vyas, N.K. / Nichitenko, A. / Rastogi, V.K. / Shah, S.S. / Quiocho, F.A.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Structural insights into the dual activities of the nerve agent degrading organophosphate anhydrolase/prolidase.
著者: Vyas, N.K. / Nickitenko, A. / Rastogi, V.K. / Shah, S.S. / Quiocho, F.A.
履歴
登録2009年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Xaa-Pro dipeptidase
B: Xaa-Pro dipeptidase
C: Xaa-Pro dipeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,27816
ポリマ－177,5013
非ポリマー77813
水7,764431
1
A: Xaa-Pro dipeptidase
ヘテロ分子

A: Xaa-Pro dipeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,81610
ポリマ－118,3342
非ポリマー4828
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
Buried area5930 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area34620 Å2
手法PISA
2
B: Xaa-Pro dipeptidase
ヘテロ分子

C: Xaa-Pro dipeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,87011
ポリマ－118,3342
非ポリマー5379
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555-x+1/2,y+1/2,-z+1/21
Buried area6180 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area33990 Å2
手法PISA
3


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)124.354, 143.934, 219.213
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Xaa-Pro dipeptidase / X-Pro dipeptidase / Proline dipeptidase / Prolidase / Imidodipeptidase / Organophosphorus acid ...X-Pro dipeptidase / Proline dipeptidase / Prolidase / Imidodipeptidase / Organophosphorus acid anhydrolase 2 / OPAA-2 / DFPase / Phosphotriesterase / Paraoxon hydrolase


分子量: 59166.891 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Alteromonas sp. (バクテリア) / 株: JD6.5 / 遺伝子: opaA, pepQ / プラスミド: pT651 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XL1-Blue
参照: UniProt: Q44238, Xaa-Pro dipeptidase, EC: 3.1.8.2, aryldialkylphosphatase
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-GOA / GLYCOLIC ACID / HYDROXYACETIC ACID / HYDROXYETHANOIC ACID / グリコ-ル酸


分子量: 76.051 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 431 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細AS PER THE AUTHORS THE ELECTRON DENSITIES AT 211, 283 AND 439 FIT VERY CONVINCINGLY TO PRO, MET AND ...AS PER THE AUTHORS THE ELECTRON DENSITIES AT 211, 283 AND 439 FIT VERY CONVINCINGLY TO PRO, MET AND LEU RESPECTIVELY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 16% PEG 4000, 20mM MnCl2, 1mM beta-mercaptoethanol, 270 mM ammonium acetate and 60 mM sodium acetate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.0715, 1.8924, 1.8934, 1.8100
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2002年6月21日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: KOHZU / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.07151
21.89241
31.89341
41.811
反射解像度: 2.2→47.1 Å / Num. all: 99490 / Num. obs: 99490 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0.9 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 32.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rsym value: 0.093 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 2.2→2.32 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.5 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / Num. unique all: 14417 / Rsym value: 0.5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
CNS精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→47.1 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / Data cutoff high absF: 4197465.17 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 8726 10 %RANDOM
Rwork0.235 ---
all0.239 87268 --
obs0.239 87212 99.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 32.25 Å2 / ksol: 0.332 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 47.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-14.36 Å20 Å20 Å2
2---10.09 Å20 Å2
3----4.27 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.39 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.38 Å0.32 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→47.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10227 0 25 431 10683
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.76
Refine LS restraints NCSNCS model details: NONE
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.337 1397 9.7 %
Rwork0.298 12989 -
obs-1397 100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2ion.param
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4glycolate_new.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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