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- PDB-3l1x: Crystal Structure of U-box Domain of Human E4B Ubiquitin Ligase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l1x
タイトルCrystal Structure of U-box Domain of Human E4B Ubiquitin Ligase
要素Ubiquitin conjugation factor E4 B
キーワードLIGASE / E3 UBIQUITIN LIGASE / E4 UBIQUITIN LIGASE / U-BOX DOMAIN / Ubl conjugation pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


granzyme-mediated apoptotic signaling pathway / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / ERAD pathway / response to UV / ubiquitin ligase complex / RING-type E3 ubiquitin transferase / protein polyubiquitination / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / enzyme binding ...granzyme-mediated apoptotic signaling pathway / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / ERAD pathway / response to UV / ubiquitin ligase complex / RING-type E3 ubiquitin transferase / protein polyubiquitination / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / enzyme binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin conjugation factor E4 / Ubiquitin conjugation factor E4, core / Ubiquitin elongating factor core / U-box domain / U-box domain profile. / Modified RING finger domain / U-box domain / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type ...Ubiquitin conjugation factor E4 / Ubiquitin conjugation factor E4, core / Ubiquitin elongating factor core / U-box domain / U-box domain profile. / Modified RING finger domain / U-box domain / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin conjugation factor E4 B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Benirschke, R. / Thompson, J.R. / Mer, G.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: Molecular Basis for the Association of Human E4B U Box Ubiquitin Ligase with E2-Conjugating Enzymes UbcH5c and Ubc4.
著者: Benirschke, R.C. / Thompson, J.R. / Nomine, Y. / Wasielewski, E. / Juranic, N. / Macura, S. / Hatakeyama, S. / Nakayama, K.I. / Botuyan, M.V. / Mer, G.
履歴
登録2009年12月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年11月16日Group: Atomic model
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin conjugation factor E4 B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5491
ポリマ－11,5491
非ポリマー00
水59433
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.395, 83.395, 83.395
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number207
Space group name H-MP432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-6-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin conjugation factor E4 B / Ubiquitin fusion degradation protein 2 / Homozygously deleted in neuroblastoma 1


分子量: 11548.991 Da / 分子数: 1 / 断片: U box domain, residues 1208-1302 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBE4B, HDNB1, KIAA0684, UFD2 / プラスミド: pET28b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: O95155
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.22 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 2M TACSIMATE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→24.074 Å / Num. obs: 3328 / % possible obs: 99.92 % / 冗長度: 37 % / Rmerge(I) obs: 0.139 / Net I/σ(I): 46.18
反射 シェル解像度: 2.6→2.64 Å / 冗長度: 36.7 % / Rmerge(I) obs: 0.655 / Mean I/σ(I) obs: 7.29 / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2EZJ

2ezj
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.6→24.07 Å / SU ML: 0.34 / Isotropic thermal model: Isotropic / σ(F): 1.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2541 304 9.13 %RANDOM
Rwork0.1853 ---
obs0.1913 3328 98.64 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 68.115 Å2 / ksol: 0.38 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 42.58 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→24.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数606 0 0 33 639
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002639
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.588870
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.493266
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04198
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003116
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-3.27890.34721480.2361465X-RAY DIFFRACTION99
3.2789-24.07510.2131560.16281559X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -4.2179 Å / Origin y: 19.6556 Å / Origin z: 31.0241 Å
111213212223313233
T0.1907 Å2-0.0098 Å2-0.0491 Å2-0.1837 Å20.0429 Å2--0.1466 Å2
L1.0128 °2-0.3882 °20.2476 °2-0.4682 °2-0.4129 °2--0.3277 °2
S-0.08 Å °0.2382 Å °0.1078 Å °-0.1426 Å °0.071 Å °0.0123 Å °0.0787 Å °-0.0141 Å °-0 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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