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- PDB-3l0m: Crystal structure of Rab1-activation domain and P4M domain of Sid... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l0m
タイトルCrystal structure of Rab1-activation domain and P4M domain of SidM/DrrA from legionella
要素DrrA
キーワードPROTEIN BINDING / GEF/GDF of Rab1 / a new novel phosphatidylinositol 4-phosphate-binding domain
機能・相同性
機能・相同性情報


: / protein guanylylation / AMPylase activity / protein adenylylation / protein adenylyltransferase / host cell cytoplasmic vesicle / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / protein targeting to membrane / regulation of GTPase activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity ...: / protein guanylylation / AMPylase activity / protein adenylylation / protein adenylyltransferase / host cell cytoplasmic vesicle / phosphatidylinositol-4-phosphate binding / protein targeting to membrane / regulation of GTPase activity / guanyl-nucleotide exchange factor activity / host cell cytoplasmic vesicle membrane / small GTPase binding / protein guanylyltransferase activity / extracellular region / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Monooxygenase - #280 / Ferritin - #70 / DrrA guanine nucleotide-exchange factor domain / : / : / SidM, Rab1-activation domain / SidM, N-terminal domain / DrrA phosphatidylinositol 4-phosphate binding domain / DrrA, PI4P binding domain superfamily / DrrA phosphatidylinositol 4-phosphate binding domain ...Monooxygenase - #280 / Ferritin - #70 / DrrA guanine nucleotide-exchange factor domain / : / : / SidM, Rab1-activation domain / SidM, N-terminal domain / DrrA phosphatidylinositol 4-phosphate binding domain / DrrA, PI4P binding domain superfamily / DrrA phosphatidylinositol 4-phosphate binding domain / Monooxygenase / Ferritin / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Multifunctional virulence effector protein DrrA / Multifunctional virulence effector protein DrrA
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.45 Å
データ登録者Zhu, Y. / Shao, F.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Structural mechanism of host Rab1 activation by the bifunctional Legionella type IV effector SidM/DrrA
著者: Zhu, Y. / Hu, L. / Zhou, Y. / Yao, Q. / Liu, L. / Shao, F.
履歴
登録2009年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DrrA
B: DrrA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,8584
ポリマ－76,6662
非ポリマー1922
水00
1
A: DrrA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4292
ポリマ－38,3331
非ポリマー961
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DrrA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4292
ポリマ－38,3331
非ポリマー961
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)144.337, 144.337, 102.280
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41

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要素

#1: タンパク質 DrrA / SidM


分子量: 38332.902 Da / 分子数: 2 / 断片: Rab1-activation domain, P4M domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア)
遺伝子: sidM / プラスミド: pGEX-6p-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q29ST3, UniProt: Q5ZSQ3*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.948323 Å3/Da / 溶媒含有率: 82.29789 % / Mosaicity: 0.766 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 0.6M potassium sodium tartrate, 0.1M CHES, 0.1M Li2SO4, 0.1M sodium acetate, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 0.97907 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97907 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 8.9 % / 数: 243624 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Χ2: 2.19 / D res high: 3.45 Å / D res low: 20 Å / Num. obs: 27431 / % possible obs: 98.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
7.322092.110.0662.9838
5.867.3298.810.0873.1828.7
5.135.8699.510.0992.9558.8
4.675.1399.610.0912.5688.9
4.344.6799.710.1122.6528.9
4.094.3499.910.1582.1199
3.884.0910010.2231.7049.1
3.713.8810010.331.559.1
3.573.7199.910.5151.2859.1
3.453.5710010.9541.1469.1
反射解像度: 3.449→144.337 Å / Num. all: 27736 / Num. obs: 27431 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 3.5→3.57 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAdata processing
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.45→20 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.7 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 2728 9.8 %RANDOM
Rwork0.214 ---
all0.217 27431 --
obs0.214 27365 98.8 %-
溶媒の処理Bsol: 106.393 Å2
原子変位パラメータBiso max: 202.8 Å2 / Biso mean: 145.69 Å2 / Biso min: 71.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--27.901 Å20 Å20 Å2
2---27.901 Å20 Å2
3---55.802 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.45→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5109 0 10 0 5119
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d0.007334
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3275
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.71617
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.79761
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2so4_xplor.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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