PDB-3l0h: Crystal Structure Analysis of W21A mutant of human GSTA1-1 in com...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3l0h

タイトル

Crystal Structure Analysis of W21A mutant of human GSTA1-1 in complex with S-hexylglutathione

要素

Glutathione S-transferase A1

キーワード

TRANSFERASE / Thioredoxin / S-hexylglutathione / Glutathione S-transferase

機能・相同性

機能・相同性情報

異性化酵素; 分子内で酸化還元酵素として働くもの; C=C結合の転位 / glutathione derivative biosynthetic process / linoleic acid metabolic process / steroid delta-isomerase activity / Glutathione conjugation / glutathione peroxidase activity / Azathioprine ADME / Heme degradation / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / prostaglandin metabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.13 Å

データ登録者

Fanucchi, S. / Achilonu, I.A. / Adamson, R.J. / Fernandes, M.A. / Burke, J.P. / Dirr, H.W.

引用

ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2010
タイトル: Stability of the domain interface contributes towards the catalytic function at the H-site of class alpha glutathione transferase A1-1.
著者: Balchin, D. / Fanucchi, S. / Achilonu, I. / Adamson, R.J. / Burke, J. / Fernandes, M. / Gildenhuys, S. / Dirr, H.W.

履歴

登録	2009年12月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年1月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2021年10月13日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3l0h.cif.gz	206.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3l0h.ent.gz	166.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3l0h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3l0h_validation.pdf.gz	850.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3l0h_full_validation.pdf.gz	854.8 KB	表示
XML形式データ	3l0h_validation.xml.gz	22.8 KB	表示
CIF形式データ	3l0h_validation.cif.gz	33.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l0/3l0h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l0/3l0h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ktl
類似構造データ	1guh-1 1guh-2 6ato-d 2r3x-d 3ktl-d 6yaw-d 2vcv-3 2vcv-5 1gsf-2 4hj2-d 5jcu-2 3ik9-1 3i6a-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#212 - 2017年8月グルタチオン転移酵素 (Glutathione Transferases) 類似性 (11) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (10) #37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glutathione S-transferase A1

B: Glutathione S-transferase A1

ヘテロ分子

51.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.229, 94.980, 51.987
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.63, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-315- HOH

#1: タンパク質	Glutathione S-transferase A1 / GTH1 / HA subunit 1 / GST-epsilon / GSTA1-1 / GST class-alpha member 1 分子量: 25554.988 Da / 分子数: 2 / 変異: W21A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GSTA1 / プラスミド: pKAH1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P08263, glutathione transferase
#2: 化合物	ChemComp-GTX / S-HEXYLGLUTATHIONE 分子量: 392.491 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₀N₃O₆S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 386 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.4 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.4M Sodium citrate in 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 113 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.5418 Å

検出器

タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月5日 / 詳細: Mirrors

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.5418 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.79→68.92 Å / Num. obs: 29875 / % possible obs: 67.02 % / 冗長度: 8.55 % / R_sym value: 0.222 / Net I/σ(I): 156.711

反射シェル

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_sym value
1.79-1.85		0.727
1.85-1.93		0.863
1.93-2.02		0.77
2.02-2.12		0.634
2.12-2.26		0.441
2.26-2.43		0.371
2.43-2.67		0.281
2.67-3.06		0.233
3.06-3.86		0.285
	3.86	0.137

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

R_factor: 39.96 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	50.06 Å
Translation	2.5 Å	50.06 Å

Phasing dm

手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 29833

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
8.15-100	35.3	0.785	505
6.26-8.15	39.2	0.819	585
5.28-6.26	36.5	0.843	712
4.64-5.28	30.9	0.867	841
4.2-4.64	29.1	0.861	924
3.86-4.2	32.9	0.84	1005
3.59-3.86	30.9	0.822	1094
3.37-3.59	32	0.796	1150
3.19-3.37	32.9	0.775	1235
3.03-3.19	34.1	0.779	1256
2.89-3.03	35.3	0.778	1362
2.77-2.89	35.7	0.793	1401
2.67-2.77	37	0.783	1455
2.58-2.67	35.4	0.797	1490
2.49-2.58	35.5	0.831	1558
2.41-2.49	36.8	0.815	1608
2.34-2.41	36.6	0.817	1628
2.28-2.34	39.3	0.8	1668
2.22-2.28	38.5	0.82	1710
2.16-2.22	39.2	0.776	1400
2.11-2.16	39.6	0.757	1197
2.07-2.11	40.9	0.749	988
2.02-2.07	42.1	0.758	821
1.98-2.02	44.7	0.765	688
1.94-1.98	46.6	0.687	560
1.81-1.94	46.9	0.681	992

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SAINT	V7.34A	データスケーリング
PHASER	2.1.4	位相決定
直接法	6.1	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
SAINT		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.13→68.92 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.952 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.903 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.01 / SU B: 15.781 / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.046 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23319	1305	5.3 %	RANDOM
R_work	0.17034	-	-	-
obs	0.17371	23191	89.34 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.818 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.18 Å²	0 Å²	-7.49 Å²
2-	-	-4.65 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.13→68.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3560	0	52	386	3998

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.024	0.022	3687
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.005	2.023	4948
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.753	5	440
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.792	23.924	158
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.669	15	725
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.623	15	25
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.13	0.2	539
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	2701
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.151	1.5	2207
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.26	2	3561
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.729	3	1480
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.208	4.5	1386
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.126→2.181 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.274	12	-
R_work	0.249	169	-
obs	-	-	8.91 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.6241	-0.2404	-0.196	3.1365	1.0786	1.7436	-0.0613	-0.0892	0.0402	0.1508	0.2867	-0.3096	0.1214	0.4831	-0.2254	0.2195	0.0418	0.1641	0.52	-0.0623	0.194	34.354	19.976	5.716
2	0.9786	-0.0463	0.0903	1.5518	0.296	1.8726	-0.0041	-0.1066	-0.0547	0.2033	0.0167	0.101	0.2351	0.0543	-0.0126	0.2508	0.022	0.1965	0.3586	0.0066	0.1665	12.511	19.68	16.833

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-10 - 9999
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	-10 - 9999

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