PDB-3l0g: Crystal structure of Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase from...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3l0g

タイトル

Crystal structure of Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase from Ehrlichia chaffeensis at 2.05A resolution

要素

Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase

キーワード

TRANSFERASE (転移酵素) / SSGCID / NIH / NIAID /

SBRI / UW / EMERALD BIOSTRUCTURES / ALS COLLABORATIVE CRYSTALLOGRAPHY /

EHRLICHIA CHAFFEENSIS / NICOTINATE-NUCLEOTIDE PYROPHOSPHORYLASE /

Glycosyltransferase (グリコシルトランスフェラーゼ) /

Structural Genomics (構造ゲノミクス) / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

nicotinate-nucleotide diphosphorylase (carboxylating) /

nicotinate-nucleotide diphosphorylase (carboxylating) activity / NAD biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Ehrlichia chaffeensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase from Ehrlichia chaffeensis at 2.05A resolution
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Abendroth, J. / Sankaran, B. / Arakaki, T. / Staker, B.

履歴

登録	2009年12月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年12月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3l0g.cif.gz	238.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3l0g.ent.gz	190.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3l0g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l0/3l0g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l0/3l0g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3gnnS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	0521 5l2f-d 5kzh-d 5iud-1 4hny-1 3tab-3 4dpp-1 6o83-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: EhchA.01074.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase

B: Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase

C: Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase

D: Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase

ヘテロ分子

133 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase

C: Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
66.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

B: Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase

D: Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
66.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.530, 77.320, 78.320
Angle α, β, γ (deg.)	113.01, 91.82, 111.68
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	6	A	1 - 275
2	1	1	6	B	1 - 275
3	1	1	6	C	1 - 275
4	1	1	6	D	1 - 275

#1: タンパク質	Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase 分子量: 33232.953 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Ehrlichia chaffeensis (バクテリア) 株: Arkansas / 遺伝子: nadC, ECH_0026 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: Q2GI74, nicotinate-nucleotide diphosphorylase (carboxylating)
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸 / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 853 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.71 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 0 詳細: MD PACT SCREEN E6: 20% PEG 3350, 200MM NA-FORMATE; EHCHA.01074.A AT 29MG/ML, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 290K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 / 波長: 0.9774 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→50 Å / Num. all: 74747 / Num. obs: 72223 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.3 % / B_iso Wilson estimate: 24.47 Å² / R_merge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 10.27
反射シェル	解像度: 2.05→2.1 Å / 冗長度: 2.3 % / R_merge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 5510 / % possible all: 95.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BOS		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0104	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb deposition 3GNN modified with CCP4 program CHAINSAW

3gnn

解像度: 2.05→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.907 / SU B: 9.15 / SU ML: 0.112 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic, TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.2 / ESU R Free: 0.175 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.226	3640	5 %	RANDOM
R_work	0.174	-	-	-
all	0.177	74747	-	-
obs	0.177	72216	96.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 9.69 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.28 Å²	-0.2 Å²	-0.05 Å²
2-	-	-0.43 Å²	-0.26 Å²
3-	-	-	-0.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8303	0	28	853	9184

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	8526
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	5571
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.454	1.967	11558
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.964	3	13805
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.009	5	1135
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.917	25.89	365
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.669	15	1581
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.633	15	41
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	1425
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	9512
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1521
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.732	1.5	5477
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.186	1.5	2274
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.342	2	8896
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.193	3	3049
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.503	4.5	2638
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 3304 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
A	loose positional	0.4	5
B	loose positional	0.34	5
C	loose positional	0.39	5
D	loose positional	0.38	5
A	loose thermal	1.48	10
B	loose thermal	1.38	10
C	loose thermal	1.36	10
D	loose thermal	1.68	10

LS精密化シェル

解像度: 2.05→2.1 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.283	266	-
R_work	0.226	4976	-
obs	-	-	95.48 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5658	-0.0424	0.6164	0.1956	0.0152	1.0239	0.0376	-0.0133	0.0059	0.032	-0.0013	0.0102	0.0442	-0.0328	-0.0363	0.0291	0.01	0.0088	0.0104	-0.0068	0.0378	22.174	51.972	4.064
2	0.6471	-0.0037	-0.6181	0.2662	0.0889	0.9598	0.0512	0.0006	0.0012	-0.0239	-0.0181	0.037	-0.0445	-0.0144	-0.0331	0.0164	0.0049	-0.006	0.0031	-0.0051	0.0307	24.199	95.649	-10.912
3	0.5361	0.1069	0.4741	0.2159	0.1061	0.98	-0.0033	0.0835	0.0029	-0.0468	0.0194	-0.0545	-0.0333	0.0803	-0.016	0.04	0.0055	0.0081	0.0143	-0.0015	0.0306	30.678	57.523	-15.355
4	0.5453	-0.1149	-0.1505	0.3945	0.0488	0.854	-0.0017	-0.0905	-0.0576	0.1078	0.0345	-0.0303	-0.0094	0.0111	-0.0328	0.0525	0.0133	-0.0096	0.0187	0.0104	0.0192	32.709	90.1	8.337

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	3 - 274
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	300 - 301
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	280 - 868
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	3 - 275
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	300 - 301
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	280 - 852
7	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 274
8	X-RAY DIFFRACTION	3	C	300 - 301
9	X-RAY DIFFRACTION	3	C	280 - 866
10	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 275
11	X-RAY DIFFRACTION	4	D	300 - 301
12	X-RAY DIFFRACTION	4	D	280 - 862

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