[日本語] English
万見
- PDB-3l01: Crystal structure of monomeric glycogen synthase from Pyrococcus ... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3l01
タイトルCrystal structure of monomeric glycogen synthase from Pyrococcus abyssi
要素GlgA glycogen synthase
キーワードTRANSFERASE / GLYCOSYLTRANSFERASE FAMILY / 5 UDP/ADP-GLUCOSE-GLYCOGEN SYNTHASE / TWO ROSSMAN FOLDS
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-1,4-glucan glucosyltransferase (UDP-glucose donor) activity
類似検索 - 分子機能
Glycosyl transferases group 1 / Bacterial/plant glycogen synthase / Starch synthase, catalytic domain / Starch synthase catalytic domain / Glycosyl transferases group 1 / Glycogen Phosphorylase B; / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltotetraose / : / Glycogen synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus abyssi (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Diaz, A. / Martinez-Pons, C. / Fita, I. / Ferrer, J.C. / Guinovart, J.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Processivity and Subcellular Localization of Glycogen Synthase Depend on a Non-catalytic High Affinity Glycogen-binding Site.
著者: Diaz, A. / Martinez-Pons, C. / Fita, I. / Ferrer, J.C. / Guinovart, J.J.
履歴
登録2009年12月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_asym.entity_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年11月10日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.32024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: GlgA glycogen synthase
B: GlgA glycogen synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,29920
ポリマ－96,1502
非ポリマー2,14918
水1,74797
1
A: GlgA glycogen synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,15010
ポリマ－48,0751
非ポリマー1,0749
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: GlgA glycogen synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,15010
ポリマ－48,0751
非ポリマー1,0749
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.604, 119.017, 141.101
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 2

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGASNASNAA-1 - 2171 - 219
21ARGARGASNASNBB-1 - 2171 - 219
12GLYGLYALAALAAA218 - 426220 - 428
22GLYGLYALAALABB218 - 426220 - 428

-
要素

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 AB

#1: タンパク質 GlgA glycogen synthase


分子量: 48075.199 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-426 / 変異: T426A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi (古細菌) / 遺伝子: PYRAB00770, PAB2292 / プラスミド: pCold I / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)/pG-Tf2
参照: UniProt: Q9V2J8, starch synthase (glycosyl-transferring)
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltotetraose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 666.578 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltotetraose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,4,3/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 4種, 113分子

#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.81 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: ammonium sulfate, potassium chloride, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM16 / 波長: 0.9802 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月7日 / 詳細: Mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9802 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→25 Å / Num. all: 45476 / Num. obs: 44800 / % possible obs: 85 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 14.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.056 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 6702 / Rsym value: 0.1 / % possible all: 83

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0066精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2BIS

2bis


解像度: 2.6→24.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 16.61 / SU ML: 0.164 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.383 / ESU R Free: 0.259 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.228 2023 4.5 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.199 44724 83.72 %-
all-45476 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 122.75 Å2 / Biso mean: 38.304 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.57 Å20 Å20 Å2
2---1.88 Å20 Å2
3---2.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→24.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6788 0 126 97 7011
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0227064
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026532
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.571.9839532
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.04315166
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9095854
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.98723.057314
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.991151216
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.7391550
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.21052
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027712
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0050.021526
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.3521.54224
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.0381.51770
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.12226772
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.42332840
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.1554.52760
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数タイプRms dev position (Å)Weight position
2510TIGHT POSITIONAL0.050.05
4109MEDIUM POSITIONAL0.150.5
2510TIGHT THERMAL0.260.5
4109MEDIUM THERMAL0.232
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.29 3349 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.50160.2520.44621.55520.16881.9831-0.0132-0.07790.07430.0651-0.03840.0156-0.1414-0.04140.05160.16470.02750.01390.27450.01030.006513.67-8.349-6.257
21.62050.4061-0.85433.402-0.03542.3333-0.17440.1355-0.3987-0.502-0.0302-0.55430.29690.13190.20460.34530.00260.08210.37510.0040.199416.246-26.453-33.773
30.9713-0.3768-0.02411.431-0.00131.5495-0.0438-0.0612-0.0050.18550.03720.1122-0.0359-0.09850.00660.2764-0.02320.01080.25240.00150.009633.564-12.52329.32
42.9432-0.17680.08621.8628-0.83532.75850.02010.45670.4952-0.1111-0.2805-0.5513-0.16710.62630.26040.29610.00560.02830.53450.1160.248952.349-10.7652.223
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 217
2X-RAY DIFFRACTION2A218 - 426
3X-RAY DIFFRACTION3B-1 - 217
4X-RAY DIFFRACTION4B218 - 426

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る