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- PDB-2xm3: Deinococcus radiodurans ISDra2 Transposase Left end DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2xm3
タイトルDeinococcus radiodurans ISDra2 Transposase Left end DNA complex
要素
  • 5'-D(*TP*TP*AP*GP*T)-3'
  • DRA2 TRANSPOSASE BINDING ELEMENT
  • TRANSPOSASE
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX / TRANSPOSITION / MOBILE ELEMENT (トランスポゾン)
機能・相同性
機能・相同性情報


transposase activity / DNA transposition / endonuclease activity / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Transposase IS200 like / Transposase IS200-like / Transposase IS200-like / Transposase IS200-like superfamily / Transposase IS200 like / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
酢酸塩 / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / ISDra2 transposase TnpA
類似検索 - 構成要素
生物種DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性)
SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
手法X線回折 / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Hickman, A.B. / James, J.A. / Barabas, O. / Pasternak, C. / Ton-Hoang, B. / Chandler, M. / Sommer, S. / Dyda, F.
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2010
タイトル: DNA Recognition and the Precleavage State During Single-Stranded DNA Transposition in D. Radiodurans.
著者: Hickman, A.B. / James, J.A. / Barabas, O. / Pasternak, C. / Ton-Hoang, B. / Chandler, M. / Sommer, S. / Dyda, F.
履歴
登録2010年7月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年5月8日Group: Data collection / Experimental preparation / Other
カテゴリ: exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc ...exptl_crystal_grow / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _exptl_crystal_grow.temp / _pdbx_database_status.recvd_author_approval / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TRANSPOSASE
B: TRANSPOSASE
C: TRANSPOSASE
D: TRANSPOSASE
E: TRANSPOSASE
F: TRANSPOSASE
G: DRA2 TRANSPOSASE BINDING ELEMENT
H: 5'-D(*TP*TP*AP*GP*T)-3'
I: DRA2 TRANSPOSASE BINDING ELEMENT
J: 5'-D(*TP*TP*AP*GP*T)-3'
K: DRA2 TRANSPOSASE BINDING ELEMENT
L: 5'-D(*TP*TP*AP*GP*T)-3'
M: DRA2 TRANSPOSASE BINDING ELEMENT
N: 5'-D(*TP*TP*AP*GP*T)-3'
O: DRA2 TRANSPOSASE BINDING ELEMENT
P: 5'-D(*TP*TP*AP*GP*T)-3'
Q: DRA2 TRANSPOSASE BINDING ELEMENT
R: 5'-D(*TP*TP*AP*GP*T)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,10835
ポリマ－155,38918
非ポリマー71917
水9,170509
1
C: TRANSPOSASE
D: TRANSPOSASE
K: DRA2 TRANSPOSASE BINDING ELEMENT
L: 5'-D(*TP*TP*AP*GP*T)-3'
M: DRA2 TRANSPOSASE BINDING ELEMENT
N: 5'-D(*TP*TP*AP*GP*T)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,98611
ポリマ－51,7966
非ポリマー1895
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8690 Å2
ΔGint-91.1 kcal/mol
Surface area17920 Å2
手法PISA
2
A: TRANSPOSASE
B: TRANSPOSASE
G: DRA2 TRANSPOSASE BINDING ELEMENT
H: 5'-D(*TP*TP*AP*GP*T)-3'
I: DRA2 TRANSPOSASE BINDING ELEMENT
J: 5'-D(*TP*TP*AP*GP*T)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,13713
ポリマ－51,7966
非ポリマー3407
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8890 Å2
ΔGint-92.9 kcal/mol
Surface area17920 Å2
手法PISA
3
E: TRANSPOSASE
F: TRANSPOSASE
O: DRA2 TRANSPOSASE BINDING ELEMENT
P: 5'-D(*TP*TP*AP*GP*T)-3'
Q: DRA2 TRANSPOSASE BINDING ELEMENT
R: 5'-D(*TP*TP*AP*GP*T)-3'
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,98611
ポリマ－51,7966
非ポリマー1895
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8300 Å2
ΔGint-87.4 kcal/mol
Surface area17720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.583, 128.384, 140.222
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
TRANSPOSASE / / DRA2 TRANSPOSASE


分子量: 16135.772 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ISDRA2 INSERTION SEQUENCE
由来: (組換発現) DEINOCOCCUS RADIODURANS (放射線耐性)
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O83028

-
DNA鎖 , 2種, 12分子 GIKMOQHJLNPR

#2: DNA鎖
DRA2 TRANSPOSASE BINDING ELEMENT


分子量: 8252.322 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)
#3: DNA鎖
5'-D(*TP*TP*AP*GP*T)-3' / DRA2 TRANSPOSASE LEFT END CLEAVAGE SITE


分子量: 1510.034 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: ISDRA2 INSERTION SEQUENCE LEFT END FLANK / 由来: (合成) SYNTHETIC CONSTRUCT (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 526分子

#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン / 酢酸塩


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 509 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細TRANSPOSON SEQUENCE DEINOCOCCUS RADIODURANS SEQUNCE USED AS TARGET SITE BY DRA2 TRANSPOSON

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.96 % / 解説: NONE
結晶化温度: 292 K / pH: 4.6
詳細: COMPLEX BUFFER: 25 MM TRIS/HCL PH 8.0, 0.15M NACL PRECIPITATING AGENT: 17% PEG 6000, 50 MM NAACETATE PH 4.6 10MG/ML COMPLEX MIXED WITH EQUAL AMOUNT OF PRECIPITATING AGENT AT 19 C, ...詳細: COMPLEX BUFFER: 25 MM TRIS/HCL PH 8.0, 0.15M NACL PRECIPITATING AGENT: 17% PEG 6000, 50 MM NAACETATE PH 4.6 10MG/ML COMPLEX MIXED WITH EQUAL AMOUNT OF PRECIPITATING AGENT AT 19 C, CRYOPROTECTED WITH 15-20% GLYCEROL

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年9月14日 / 詳細: MULTILAYER MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 84171 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.84 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.37 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.83 / Mean I/σ(I) obs: 2.41 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散
開始モデル: NONE

解像度: 2.3→30 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2489 1575 1.9 %RANDOM
Rwork0.2179 ---
obs0.2179 78520 93.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODE / Bsol: 29.1693 Å2 / ksol: 0.324567 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.813 Å20 Å20 Å2
2--6.292 Å20 Å2
3----7.105 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6165 3882 40 509 10596
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009419
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg4.09917
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2PARAM19.SOL
X-RAY DIFFRACTION3DNA-RNA_REP.PARAM
X-RAY DIFFRACTION4MO4_XPLOR_H.PAR
X-RAY DIFFRACTION5ACY_XPLOR.PAR

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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