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- PDB-3kzs: Crystal structure of glycosyl hydrolase family 5 (NP_809925.1) fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kzs
タイトルCrystal structure of glycosyl hydrolase family 5 (NP_809925.1) from BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON VPI-5482 at 2.10 A resolution
要素glycosyl hydrolase family 5
キーワードHYDROLASE / glycosyl hydrolase family 5 / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


Putative collagen-binding domain / Putative collagen-binding domain of a collagenase / Putative glycohydrolase domain DUF4038 / Protein of unknown function (DUF4038) / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DUF4038 domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of glycosyl hydrolase family 5 (NP_809925.1) from BACTEROIDES THETAIOTAOMICRON VPI-5482 at 2.10 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2009年12月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32023年2月1日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: glycosyl hydrolase family 5
B: glycosyl hydrolase family 5
C: glycosyl hydrolase family 5
D: glycosyl hydrolase family 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)220,90530
ポリマ－218,1864
非ポリマー2,71926
水21,7621208
1
A: glycosyl hydrolase family 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,47710
ポリマ－54,5471
非ポリマー9319
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: glycosyl hydrolase family 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,3819
ポリマ－54,5471
非ポリマー8358
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: glycosyl hydrolase family 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,50010
ポリマ－54,5471
非ポリマー9539
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: glycosyl hydrolase family 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,5471
ポリマ－54,5471
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)261.335, 261.335, 183.870
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A27 - 483
2114B27 - 483
3114C27 - 483
4114D27 - 483

-
要素

#1: タンパク質
glycosyl hydrolase family 5


分子量: 54546.570 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron (バクテリア)
株: VPI-5482 / 遺伝子: BT_1012 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q8A905
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1208 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH ...THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY RESIDUES 22-483 OF THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.20M ammonium sulfate, 40.0% 2-methyl-2,4-pentanediol, 0.1M HEPES pH 7.0, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91162,0.97870,0.97814
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月13日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)
放射モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.911621
20.97871
30.978141
反射解像度: 2.1→85.176 Å / Num. all: 139171 / Num. obs: 139171 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.4 % / Rsym value: 0.124 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.1-2.216.40.6561.1127684200500.65699.9
2.21-2.356.40.4891.5122313191620.489100
2.35-2.516.40.3622.1115218180200.362100
2.51-2.716.40.2523107732168240.252100
2.71-2.976.40.1634.799140154720.163100
2.97-3.326.40.1056.989871140150.105100
3.32-3.836.40.0719.579327123710.071100
3.83-4.76.40.05212.467229105080.052100
4.7-6.646.40.04713.35194881600.047100
6.64-85.186.20.03516.72832645890.03599.9

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.15データスケーリング
SHELX位相決定
SHARP位相決定
REFMAC5.5.0053精密化
MolProbity3beta29モデル構築
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.1→85.176 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.37 / SU B: 4.557 / SU ML: 0.121 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.248 / ESU R Free: 0.186
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: (1) HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS (2) A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: (1) HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS (2) A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. (3) AFTER BUILDING THE PROTEIN CHAINS A, B AND C, ANOMALOUS DIFFERENCE MAPS AND DIFFERENCE ELECTRON DENSITY MAPS SUGGESTED THAT THERE WAS A FOURTH SUBUNIT IN THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT. HOWEVER, THE ELECTRON DENSITY FOR THIS SUBUNIT IS POOR, AND BOTH THE ELECTRON DENSITY MAP AND ANOMALOUS DIFFERENCE FOURIER MAPS INDICATE THAT THIS EXTRA SUBUNIT IS DISORDERED. THE ANOMALOUS DIFFERENCE PEAKS WERE USED TO GUIDE THE BUILDING OF CHAIN D. THE PATTERN OF ANOMALOUS DIFFERENCE DENSITY PEAKS SUPPORTS MODELING OF THE SUBUNIT IN TWO HALF OCCUPANCY CONFORMATIONS. NOTE THAT WHILE CHAIN D PART B WOULD SYMMETRY CLASH WITH ITSELF, IT DOES NOT CLASH WITH THE SYMMETRY MATE OF PART A. ADDITIONALLY, CHAIN D PART A DOES NOT CLASH WITH THE SYMMETRY MATE OF CHAIN D PART B. (4) SULFATES (SO4), (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOLS (MPD), AND (4R)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOLS (MRD) FROM THE CRYSTALLIZATION SOLUTION WERE MODELED INTO THE STRUCTURE. (5) ELECTRON DENSITY INDICATES THAT THE PEPTIDE BOND BETWEEN GLY 241 AND HIS 242 ON EACH SUBUNIT IS IN THE CIS CONFIGURATION.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 6991 5 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.187 139161 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 84.83 Å2 / Biso mean: 27.854 Å2 / Biso min: 7.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.36 Å20.18 Å20 Å2
2--0.36 Å20 Å2
3----0.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→85.176 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14947 0 160 1208 16315
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.02219630
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0213376
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8431.92926663
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.629332211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.19752344
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg27.12423.9081062
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.459153144
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.36115115
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.22580
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02122231
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.024377
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5441.511394
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1211.54714
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.001218307
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.63138236
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3924.58323
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 100 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1AMEDIUM POSITIONAL1.090.5
2BMEDIUM POSITIONAL1.080.5
3CMEDIUM POSITIONAL1.080.5
4DMEDIUM POSITIONAL3.150.5
1AMEDIUM THERMAL0.842
2BMEDIUM THERMAL0.752
3CMEDIUM THERMAL1.342
4DMEDIUM THERMAL1.862
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.309 511 -
Rwork0.261 9729 -
all-10240 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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