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万見
- PDB-3kzq: The crystal structure of the protein with unknown function from V... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kzq
タイトルThe crystal structure of the protein with unknown function from Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633
要素Putative uncharacterized protein VP2116
キーワードStructural Genomics / Unknown function / Protein with unknown function / Vibrio parahaemolyticus / PSI / MCSG / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics
機能・相同性Thioredoxin / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / metal ion binding / Alpha Beta / Chem-PG6 / DSBA-like thioredoxin domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Zhang, R. / Weger, A. / Shackelford, G. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of the protein with unknown function from Vibrio parahaemolyticus RIMD 2210633
著者: Zhang, R. / Weger, A. / Shackelford, G. / Joachimiak, A.
履歴
登録2009年12月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein VP2116
B: Putative uncharacterized protein VP2116
C: Putative uncharacterized protein VP2116
D: Putative uncharacterized protein VP2116
E: Putative uncharacterized protein VP2116
F: Putative uncharacterized protein VP2116
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,15924
ポリマ－143,7276
非ポリマー2,43218
水17,366964
1
A: Putative uncharacterized protein VP2116
E: Putative uncharacterized protein VP2116
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9997
ポリマ－47,9092
非ポリマー1,0905
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2330 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area20400 Å2
手法PISA
2
B: Putative uncharacterized protein VP2116
ヘテロ分子

F: Putative uncharacterized protein VP2116
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5249
ポリマ－47,9092
非ポリマー6167
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_674-x+3/2,-y+2,z-1/21
Buried area2740 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area20510 Å2
手法PISA
3
C: Putative uncharacterized protein VP2116
ヘテロ分子

D: Putative uncharacterized protein VP2116
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6368
ポリマ－47,9092
非ポリマー7276
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_644-x+1,y-1/2,-z-1/21
Buried area2110 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area19670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.304, 118.108, 206.674
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Putative uncharacterized protein VP2116


分子量: 23954.479 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Vibrio parahaemolyticus (腸炎ビブリオ)
株: RIMD 2210633 / 遺伝子: GI:28807109, VP2116 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q87MW5
#2: 化合物
ChemComp-PG6 / 1-(2-METHOXY-ETHOXY)-2-{2-[2-(2-METHOXY-ETHOXY]-ETHOXY}-ETHANE / ペンタグリム


分子量: 266.331 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O6
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 964 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.43 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20% PEG8000, 0.1M Tris, 0.2M MgCl2, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月6日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→102.54 Å / Num. all: 117520 / Num. obs: 115617 / % possible obs: 98.38 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 16.45
反射 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 2.18 / Num. unique all: 9082 / % possible all: 93.44

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000位相決定
REFMAC5.5.0102精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→31.782 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 8.228 / SU ML: 0.098 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 2 / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.146
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21836 6103 5 %RANDOM
Rwork0.17935 ---
obs0.18132 115617 98.38 %-
all-117520 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.32 Å20 Å20 Å2
2--0.61 Å20 Å2
3----0.3 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→31.782 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10026 0 151 964 11141
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0260.02210417
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1491.97614095
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.96551230
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.06225.432486
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.712151806
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.7891530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1550.21512
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0217812
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1351.56186
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.163210044
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.11134231
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.1844.54051
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.265 441 -
Rwork0.227 8045 -
obs-8486 93.44 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2296-0.86070.41593.4391-0.65931.505-0.08750.1704-0.18670.17190.10.2576-0.08230.0078-0.01250.07750.05390.02410.09-0.0050.072533.49396.63342.393
20.874-0.0043-0.12910.8367-0.15791.1393-0.006-0.0061-0.06950.03660.0223-0.04950.0521-0.034-0.01630.05440.0199-0.0020.05980.00890.01674.493131.55211.374
30.73490.17750.11531.3260.91091.46750.0248-0.0567-0.0539-0.03460.0183-0.04730.0410.0647-0.04310.08670.004-0.03140.0527-0.02590.032134.078118.747-29.314
41.8732-0.8856-0.89792.34971.13661.80610.01750.15570.0870.0421-0.0454-0.07240.0656-0.14830.02780.04940.0192-0.00050.0537-0.00810.011639.164124.85-65.934
51.121-0.0390.10870.6793-0.07070.80320.0382-0.0397-0.05690.0265-0.01930.04030.04060.0148-0.0190.078-0.004-0.01520.09290.00470.006646.61131.0692.769
61.2362-0.14880.09391.4865-0.40350.924-0.03110.01160.05430.04690.0073-0.0082-0.06080.10090.02390.0775-0.01710.00390.03420.03010.043237.631122.8467.74
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 206
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 206
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 206
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 206
5X-RAY DIFFRACTION5E1 - 206
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 206

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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