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- PDB-3ky9: Autoinhibited Vav1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ky9
タイトルAutoinhibited Vav1
要素Proto-oncogene vav
キーワードAPOPTOSIS / VAV1 / CALPONIN HOMOLOGY DOMAIN / DBL HOMOLOGY DOMAIN / PLECKSTRIN HOMOLOGY DOMAIN / C1 DOMAIN / Guanine-nucleotide releasing factor / Metal-binding / Phosphoprotein / Proto-oncogene / SH2 domain / SH3 domain / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


immune response-regulating cell surface receptor signaling pathway / phosphorylation-dependent protein binding / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell activation / regulation of small GTPase mediated signal transduction / Azathioprine ADME / CD28 dependent Vav1 pathway / regulation of GTPase activity / natural killer cell mediated cytotoxicity / small GTPase-mediated signal transduction ...immune response-regulating cell surface receptor signaling pathway / phosphorylation-dependent protein binding / positive regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / natural killer cell activation / regulation of small GTPase mediated signal transduction / Azathioprine ADME / CD28 dependent Vav1 pathway / regulation of GTPase activity / natural killer cell mediated cytotoxicity / small GTPase-mediated signal transduction / NRAGE signals death through JNK / regulation of cell size / Fc-epsilon receptor signaling pathway / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / T cell differentiation / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / RHOG GTPase cycle / RHOA GTPase cycle / RAC2 GTPase cycle / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / Erythropoietin activates RAS / GPVI-mediated activation cascade / T cell costimulation / RAC1 GTPase cycle / neutrophil chemotaxis / phosphotyrosine residue binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / reactive oxygen species metabolic process / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / guanyl-nucleotide exchange factor activity / VEGFR2 mediated vascular permeability / integrin-mediated signaling pathway / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / Regulation of signaling by CBL / Signaling by SCF-KIT / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / platelet activation / VEGFA-VEGFR2 Pathway / Constitutive Signaling by Aberrant PI3K in Cancer / cell-cell junction / cellular response to xenobiotic stimulus / cell migration / G alpha (12/13) signalling events / PIP3 activates AKT signaling / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / Potential therapeutics for SARS / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / G protein-coupled receptor signaling pathway / zinc ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
VAV1 protein, second SH3 domain / VAV1 protein, first SH3 domain / VAV1, SH2 domain / Vav, PH domain / Smooth muscle protein/calponin / Calmodulin-regulated spectrin-associated protein-like, Calponin-homology domain / CAMSAP CH domain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #20 / Dbl Homology Domain; Chain A / Dbl homology (DH) domain ...VAV1 protein, second SH3 domain / VAV1 protein, first SH3 domain / VAV1, SH2 domain / Vav, PH domain / Smooth muscle protein/calponin / Calmodulin-regulated spectrin-associated protein-like, Calponin-homology domain / CAMSAP CH domain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #20 / Dbl Homology Domain; Chain A / Dbl homology (DH) domain / Calponin-like domain / Actin-binding Protein, T-fimbrin; domain 1 / Guanine-nucleotide dissociation stimulator, CDC24, conserved site / Dbl homology (DH) domain signature. / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / Calponin homology domain / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Dbl homology (DH) domain superfamily / RhoGEF domain / Guanine nucleotide exchange factor for Rho/Rac/Cdc42-like GTPases / Dbl homology (DH) domain / Dbl homology (DH) domain profile. / Calponin homology domain / CH domain superfamily / Calponin homology (CH) domain profile. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / SH2 domain superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / PH-like domain superfamily / Roll / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Proto-oncogene vav
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 多波長異常分散 / 解像度: 2.731 Å
データ登録者Tomchick, D.R. / Rosen, M.K. / Machius, M. / Yu, B.
引用
ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2010
タイトル: Structural and Energetic Mechanisms of Cooperative Autoinhibition and Activation of Vav1
著者: Yu, B. / Martins, I.R. / Li, P. / Amarasinghe, G.K. / Umetani, J. / Fernandez-Zapico, M.E. / Billadeau, D.D. / Machius, M. / Tomchick, D.R. / Rosen, M.K.
#1: ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Internal dynamics control activation and activity of the autoinhibited Vav DH domain
著者: Li, P. / Martins, I.R. / Amarasinghe, G.K. / Rosen, M.K.
#2: ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Acidic region tyrosines provide access points for allosteric activation of the autoinhibited Vav1 Dbl homology domain.
著者: Amarasinghe, G.K. / Rosen, M.K.
#3: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2000
タイトル: Structural basis for relief of autoinhibition of the Dbl homology domain of proto-oncogene Vav by tyrosine phosphorylation.
著者: Aghazadeh, B. / Lowry, W.E. / Huang, X.Y. / Rosen, M.K.
履歴
登録2009年12月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proto-oncogene vav
B: Proto-oncogene vav
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,6696
ポリマ－137,4072
非ポリマー2624
水00
1
A: Proto-oncogene vav
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,8343
ポリマ－68,7041
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Proto-oncogene vav
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,8343
ポリマ－68,7041
非ポリマー1312
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)85.376, 58.738, 160.721
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.31, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and (resseq 2:129 or resseq 156:180 or resseq...
211chain B and (resseq 2:129 or resseq 156:180 or resseq...

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.987013, -0.004843, 0.160568), (-0.004231, 0.999982, 0.00415), (-0.160585, 0.003417, -0.987016)19.0271, 24.520901, 83.911697

-
要素

#1: タンパク質 Proto-oncogene vav


分子量: 68703.523 Da / 分子数: 2 / 断片: CH-DH-PH-C1 DOMAINS / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VAV, VAV1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)TI / 参照: UniProt: P15498
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.73 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.02 M TRIS, 0.05 M NACL, 5% GLYCEROL, 2 mM TCEP, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1.28317 Å
検出器タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月15日 / 詳細: monochromator
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.28317 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.73→47.3 Å / Num. all: 42421 / Num. obs: 42421 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.3 % / Biso Wilson estimate: 72.455 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 44.8
反射 シェル解像度: 2.73→2.78 Å / 冗長度: 12.8 % / Rmerge(I) obs: 0.959 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.9

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.731→47.286 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.95 / Isotropic thermal model: ISOTROPIC PLUS TLS / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 29.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2705 1683 4.05 %
Rwork0.2234 --
obs0.2254 41518 97.63 %
all-41518 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 66.827 Å2 / ksol: 0.305 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 112.701 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--20.254 Å2-0 Å2-1.769 Å2
2---18.797 Å20 Å2
3----15.684 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.731→47.286 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8809 0 4 0 8813
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0088972
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1512059
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.8793395
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0821301
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041567
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A4273X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B4273X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.043
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.731-2.81140.35761000.29562439X-RAY DIFFRACTION72
2.8114-2.90210.34351300.29483362X-RAY DIFFRACTION100
2.9021-3.00580.33491450.26933346X-RAY DIFFRACTION100
3.0058-3.12610.29241370.25873413X-RAY DIFFRACTION100
3.1261-3.26840.34141270.26043396X-RAY DIFFRACTION100
3.2684-3.44070.32181450.25383362X-RAY DIFFRACTION100
3.4407-3.65610.29631450.24323389X-RAY DIFFRACTION100
3.6561-3.93830.26461620.21173368X-RAY DIFFRACTION100
3.9383-4.33440.24431450.19083390X-RAY DIFFRACTION100
4.3344-4.9610.24471360.18193429X-RAY DIFFRACTION100
4.961-6.24810.25351390.2093435X-RAY DIFFRACTION100
6.2481-47.29270.21471720.19283506X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8889-2.0939-0.60441.02790.29730.2442-0.4130.6106-1.09640.45220.04950.54871.45491.04870.51361.1459-0.12230.43860.6552-0.28770.8737-5.4252-3.874424.8454
22.7245-0.7066-1.30692.37190.46932.6324-0.75851.6437-0.49570.00530.12891.15610.1228-1.56830.57010.3025-0.29670.20081.0571-0.30190.7449-15.28796.533521.3522
30.0340.7892-0.96130.5252-0.58461.3291-0.3921-0.2452-0.42730.3065-0.1113-0.07490.6411-0.11870.22480.63580.07430.0160.46440.030.63334.873213.721819.4222
42.2428-0.1089-3.44550.3939-0.11222.66861.36541.02250.4596-0.7552-0.7278-0.2936-1.225-0.485-0.53470.93610.30380.14120.65830.12510.392311.867732.96554.503
53.8895-0.921-2.85511.09640.71495.93430.76920.77980.2046-0.1037-0.3967-0.1107-1.5316-0.8411-0.34830.67540.15580.02660.32720.03980.33857.41133.791110.6613
61.2887-0.18580.13780.0926-0.89541.0494-0.5127-0.2898-0.81330.46310.05480.106-0.5461-0.13350.23830.5851-0.0385-0.1050.25440.10310.526513.326928.915925.5159
72.45550.5567-1.40421.9453-0.00950.76850.03580.04880.39181.46040.07410.6123-0.9874-0.5359-0.310.98780.49340.43190.54510.16460.5902-17.972923.74643.5131
81.16390.1507-1.27291.1267-0.48870.15930.5246-0.87250.48961.8865-0.01350.0467-1.69310.6749-0.34631.7613-0.11990.0130.8013-0.17910.6222.606439.635541.3974
90.36710.6961-0.60511.2398-2.832.2910.0502-0.2478-0.6679-0.4470.10360.12231.0694-0.3199-0.03190.67440.03440.1360.52830.20210.634533.9367-28.855354.2483
102.96990.0466-1.18172.7612-0.54871.7463-0.384-0.8075-0.05160.0930.2416-0.4835-0.06680.59630.20490.22340.19660.05470.56430.12940.48643.9916-17.690556.3079
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12-0.3939-1.0633-0.61943.61781.59855.6357-0.7782-0.07610.02980.13230.20230.89010.3512-0.00210.60960.75080.0282-0.16650.6879-0.10920.816732.7218-14.990751.9839
134.45251.2046-2.97252.7583-1.92568.49740.5865-0.618-0.03980.4425-0.46540.5146-1.30110.2172-0.15340.6073-0.01580.02920.5494-0.01960.467821.83037.620872.2373
140.0198-0.05970.11330.7190.16911.1312-0.17290.9958-0.5298-1.0718-0.04750.7079-0.2843-1.0621-0.03720.48050.031-0.18670.80860.10430.878812.05674.249757.074
152.3001-0.8651-0.96233.33750.40011.6833-0.10410.20570.2144-0.4397-0.1385-0.3398-0.07490.46270.11780.5762-0.23560.1020.60740.03470.480142.4291-0.878433.8603
161.2812-0.02290.25940.9126-0.73110.9578-0.18390.0015-0.0920.16690.20690.1525-0.0877-0.33240.05320.5604-0.0727-0.18750.48350.09140.425922.929815.141539.3533
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 2:28)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 29:142)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 143:194)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 195:226)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain A and resid 227:351)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain A and resid 352:378)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain A and resid 379:499)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain A and resid 500:564)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain B and resid 1:28)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain B and resid 29:128)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain B and resid 129:142)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain B and resid 143:171)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain B and resid 172:349)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain B and resid 350:376)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain B and resid 377:499)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain B and resid 500:565)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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