[日本語] English
万見
- PDB-3kxp: Crystal Structure of E-2-(Acetamidomethylene)succinate Hydrolase -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kxp
タイトルCrystal Structure of E-2-(Acetamidomethylene)succinate Hydrolase
要素Alpha-(N-acetylaminomethylene)succinic acid hydrolase
キーワードHYDROLASE / alpha/beta hydrolase / PLP degradation / E-2-(acetamidomethylene)succinate
機能・相同性
機能・相同性情報


2-(acetamidomethylene)succinate hydrolase / 2-(acetamidomethylene)succinate hydrolase activity / vitamin B6 catabolic process / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Alpha/beta hydrolase family / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-(acetamidomethylene)succinate hydrolase
類似検索 - 構成要素
生物種Mesorhizobium loti (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.26 Å
データ登録者McCulloch, K.M. / Mukherjee, T. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2010
タイトル: Structure determination and characterization of the vitamin B(6) degradative enzyme (E)-2-(acetamidomethylene)succinate hydrolase.
著者: McCulloch, K.M. / Mukherjee, T. / Begley, T.P. / Ealick, S.E.
履歴
登録2009年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Alpha-(N-acetylaminomethylene)succinic acid hydrolase
B: Alpha-(N-acetylaminomethylene)succinic acid hydrolase
C: Alpha-(N-acetylaminomethylene)succinic acid hydrolase
D: Alpha-(N-acetylaminomethylene)succinic acid hydrolase
E: Alpha-(N-acetylaminomethylene)succinic acid hydrolase
F: Alpha-(N-acetylaminomethylene)succinic acid hydrolase
G: Alpha-(N-acetylaminomethylene)succinic acid hydrolase
H: Alpha-(N-acetylaminomethylene)succinic acid hydrolase
I: Alpha-(N-acetylaminomethylene)succinic acid hydrolase
J: Alpha-(N-acetylaminomethylene)succinic acid hydrolase
K: Alpha-(N-acetylaminomethylene)succinic acid hydrolase
L: Alpha-(N-acetylaminomethylene)succinic acid hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)410,28224
ポリマ－409,85712
非ポリマー42512
水24,9871387
1
A: Alpha-(N-acetylaminomethylene)succinic acid hydrolase
L: Alpha-(N-acetylaminomethylene)succinic acid hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,3804
ポリマ－68,3092
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2140 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area19800 Å2
手法PISA
2
B: Alpha-(N-acetylaminomethylene)succinic acid hydrolase
C: Alpha-(N-acetylaminomethylene)succinic acid hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,3804
ポリマ－68,3092
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2040 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area19970 Å2
手法PISA
3
D: Alpha-(N-acetylaminomethylene)succinic acid hydrolase
E: Alpha-(N-acetylaminomethylene)succinic acid hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,3804
ポリマ－68,3092
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2030 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area20040 Å2
手法PISA
4
F: Alpha-(N-acetylaminomethylene)succinic acid hydrolase
G: Alpha-(N-acetylaminomethylene)succinic acid hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,3804
ポリマ－68,3092
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2090 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area20110 Å2
手法PISA
5
H: Alpha-(N-acetylaminomethylene)succinic acid hydrolase
J: Alpha-(N-acetylaminomethylene)succinic acid hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,3804
ポリマ－68,3092
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2150 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area19850 Å2
手法PISA
6
I: Alpha-(N-acetylaminomethylene)succinic acid hydrolase
K: Alpha-(N-acetylaminomethylene)succinic acid hydrolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,3804
ポリマ－68,3092
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2130 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area19750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.200, 178.530, 189.250
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質
Alpha-(N-acetylaminomethylene)succinic acid hydrolase / E-2-(Acetamidomethylene)succinate Hydrolase


分子量: 34154.715 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mesorhizobium loti (根粒菌) / 遺伝子: 5331 / プラスミド: XF1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q988D4
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1387 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)解説
12.3748.19THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2951蒸気拡散法, ハンギングドロップ法7.58-12% PEG8000, 200 mM MgCl2, 100 mM Tris, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 295K
2952蒸気拡散法, ハンギングドロップ法, microseeding7.59% PEG8000, 200 mM MgCl2, 100 mM Tris, pH 7.5, vapor diffusion, hanging drop, microseeding, temperature 295K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 24-ID-C10.9792
シンクロトロンAPS 24-ID-E20.97883
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 3151CCD2008年2月18日
ADSC QUANTUM 3152CCD2008年2月22日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97921
20.978831
反射解像度: 2.26→50 Å / Num. obs: 297847 / % possible obs: 91.6 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rrim(I) all: 0.103 / Χ2: 2.811 / Net I/av σ(I): 13.056 / Net I/σ(I): 7 / Num. measured all: 727191
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.26-2.342.10.458124410.74868.2
2.34-2.433.20.435157480.67386.3
2.43-2.5540.37170990.65793.6
2.55-2.684.50.288176330.81896.2
2.68-2.854.70.211177161.0696.8
2.85-3.074.70.16177411.29896.8
3.07-3.384.80.121177181.48496.2
3.38-3.864.80.091176531.41395.5
3.86-4.874.80.066175241.2494.4
4.87-504.80.0461749515.48891.5

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.26→50 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / σ(F): 0 / 詳細: THE FRIEDEL PAIRS WERE USED FOR PHASING
Rfactor反射数%反射
Rfree0.245 18821 5.6 %
Rwork0.204 --
obs-297847 88.9 %
溶媒の処理Bsol: 33.239 Å2
原子変位パラメータBiso max: 98.6 Å2 / Biso mean: 33.906 Å2 / Biso min: 6.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.786 Å20 Å20 Å2
2--10.712 Å20 Å2
3----12.498 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.26→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24432 0 12 1387 25831
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.246
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:ion.param

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る