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- PDB-3kxm: Crystal structure of Z. mays CK2 kinase alpha subunit in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kxm
タイトルCrystal structure of Z. mays CK2 kinase alpha subunit in complex with the inhibitor K74
要素Casein kinase II subunit alpha
キーワードTransferase/Transferase inhibitor / Protein kinase CK2-inhibitor complex / ATP-binding / Kinase / Nucleotide-binding / Serine/threonine-protein kinase / Transferase / Transferase-Transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


protein kinase CK2 complex / regulation of cell cycle / non-specific serine/threonine protein kinase / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / ATP binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Casein Kinase 2, subunit alpha / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain / Protein kinase, ATP binding site ...Casein Kinase 2, subunit alpha / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-K74 / Casein kinase II subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Zea mays (トウモロコシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / Rigid body in an isomorphous cell / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Papinutto, E. / Franchin, C. / Battistutta, R.
引用
#1: ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2005
タイトル: Inspecting the structure-activity relationship of protein kinase CK2 inhibitors derived from tetrabromo-benzimidazole.
著者: Battistutta, R. / Mazzorana, M. / Sarno, S. / Kazimierczuk, Z. / Zanotti, G. / Pinna, L.A.
#2: ジャーナル: Chembiochem / 年: 2007
タイトル: The ATP-binding site of protein kinase CK2 holds a positive electrostatic area and conserved water molecules.
著者: Battistutta, R. / Mazzorana, M. / Cendron, L. / Bortolato, A. / Sarno, S. / Kazimierczuk, Z. / Zanotti, G. / Moro, S. / Pinna, L.A.
履歴
登録2009年12月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Casein kinase II subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2242
ポリマ－38,6731
非ポリマー5511
水3,225179
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.185, 60.533, 45.873
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.040, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Casein kinase II subunit alpha / CK2-alpha / CK II


分子量: 38673.395 Da / 分子数: 1 / 断片: ALPHA SUBUNIT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 遺伝子: ACK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P28523, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物 ChemComp-K74 / N-methyl-2-[(4,5,6,7-tetrabromo-1-methyl-1H-benzimidazol-2-yl)sulfanyl]acetamide


分子量: 550.890 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H9Br4N3OS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.53 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20% PEG 4000, 0.2M Na-acetate, 0.1M Tris, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月30日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→69.34 Å / Num. obs: 35009 / % possible obs: 91.2 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 30.21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 17.2
反射 シェル解像度: 1.75→1.84 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.379 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. measured all: 13330 / Num. unique all: 3510 / Rsym value: 0.379 / % possible all: 62.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.2.25データスケーリング
REFMAC5.5.0088精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: Rigid body in an isomorphous cell / 解像度: 1.75→69.338 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 9.064 / SU ML: 0.127 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.154 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 1755 5 %RANDOM
Rwork0.224 ---
obs0.227 34991 91.07 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 96.01 Å2 / Biso mean: 35.788 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.03 Å2-0 Å2-1.23 Å2
2---0.19 Å20 Å2
3---2.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→69.338 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2721 0 20 179 2920
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0222810
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.991.9663801
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.755325
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.83823.862145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.2715506
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8081519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1410.2398
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0212149
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0961.51626
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.69322633
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.85331184
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0644.51168
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.795 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 78 -
Rwork0.294 1544 -
all-1622 -
obs--57.29 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.82180.55530.19260.48260.17960.3236-0.10040.12820.0211-0.06680.1235-0.1258-0.14970.1968-0.02310.1801-0.0078-00.1846-0.00430.192825.2178.6185-2.8663
21.24430.42440.72950.9220.10091.5352-0.0078-0.07820.03760.05440.0138-0.1348-0.01740.1338-0.00610.1371-0.00020.00890.1260.00990.13928.716812.198814.9009
31.3120.1803-0.01681.2715-0.27311.3543-0.0192-0.09-0.00540.05230.0349-0.09250.06440.1543-0.01580.0914-0.0091-0.02050.09260.00740.107815.7379-1.345510.2832
41.355-0.6955-0.18941.44250.14960.3105-0.0583-0.0018-0.10250.02980.0648-0.12680.16120.1696-0.00650.17890.0053-0.00330.18410.00750.174314.8377-18.060410.5498
50.6303-0.15930.14970.7455-0.3040.2555-0.0536-0.0057-0.1265-0.04130.0423-0.08160.11340.11160.01120.22320.0064-0.01530.2283-0.00170.19879.5782-20.739712.9881
62.8765-0.4535-0.42071.8366-0.36782.2865-0.0164-0.0197-0.00790.02730.00910.0372-0.001-0.04930.00740.0835-0.0283-0.0220.10190.0020.07832.8521-5.55225.9628
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 37
2X-RAY DIFFRACTION2A38 - 115
3X-RAY DIFFRACTION3A116 - 220
4X-RAY DIFFRACTION4A221 - 262
5X-RAY DIFFRACTION5A263 - 296
6X-RAY DIFFRACTION6A297 - 332

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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