PDB-3kxc: Mutant transport protein

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3kxc

タイトル

Mutant transport protein

要素

Trafficking protein particle complex subunit 3
Trafficking protein particle complex subunit 6B

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / heterodimer / Endoplasmic reticulum / ER-Golgi transport / Golgi apparatus / Lipoprotein / Palmitate / Transport

機能・相同性

機能・相同性情報

vesicle coating / vesicle tethering / TRAPPII protein complex / TRAPPIII protein complex / TRAPP complex / cis-Golgi network membrane / COPII vesicle coating / intra-Golgi vesicle-mediated transport / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / cis-Golgi network ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Kummel, D. / Heinemann, U.

引用

ジャーナル: Cell.Mol.Life Sci. / 年: 2010
タイトル: Characterization of the self-palmitoylation activity of the transport protein particle component Bet3
著者: Kummel, D. / Walter, J. / Heck, M. / Heinemann, U. / Veit, M.

履歴

登録	2009年12月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年4月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3kxc.cif.gz	139.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3kxc.ent.gz	108.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3kxc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3kxc_validation.pdf.gz	584 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3kxc_full_validation.pdf.gz	588.3 KB	表示
XML形式データ	3kxc_validation.xml.gz	14 KB	表示
CIF形式データ	3kxc_validation.cif.gz	19 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kx/3kxc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kx/3kxc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2cfhS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5cpc-1 3ddv-2 4mx3-2 6ohd-d 4l9j-d 1jw9-d 6aq3-1 3bro-1 1o3s-d 1ylm-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (1) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #53 - 2004年5月セルピン (Serpins) 類似性 (1) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (1) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (1) #171 - 2014年3月神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters) 類似性 (1) #27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#133 - 2011年1月
一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase)
類似性 (1)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#53 - 2004年5月
セルピン (Serpins)
類似性 (1)
#205 - 2017年1月
核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex)
類似性 (1)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (1)
#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (1)
#171 - 2014年3月
神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters)
類似性 (1)
#27 - 2002年3月
バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Trafficking protein particle complex subunit 3

C: Trafficking protein particle complex subunit 6B

ヘテロ分子

40.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	48.172, 69.265, 121.376
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Trafficking protein particle complex subunit 3 / Bet3 / BET3 homolog 分子量: 21882.717 Da / 分子数: 1 / 変異: C68A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43617
#2: タンパク質	Trafficking protein particle complex subunit 6B / TPC6B 分子量: 18006.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pETDuet-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q86SZ2
#3: 化合物	ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸分子量: 256.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₂O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 99 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.54 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 22% PEG 3350, 0.2M Li2SO4, 0.1M Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97852 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月5日
放射	モノクロメーター: single crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→30 Å / Num. all: 28200 / Num. obs: 26752 / % possible obs: 94.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.05 % / R_sym value: 0.063 / Net I/σ(I): 16.8
反射シェル	解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 4.15 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 3311 / R_sym value: 0.501 / % possible all: 87.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 2CFH

2cfh

解像度: 2→28.28 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.953 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 8.431 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.143 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23238	1403	5 %	RANDOM
R_work	0.19622	-	-	-
all	0.19799	26643	-	-
obs	0.19799	26643	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.625 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.26 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.2 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→28.28 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2314	0	18	99	2431

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	2373
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.115	1.971	3203
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.519	5	303
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.761	24.906	106
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.512	15	424
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.789	15	12
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	367
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1766
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.194	0.2	1065
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.301	0.2	1659
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.128	0.2	109
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.192	0.2	42
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.151	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.653	2	1519
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.541	3	2375
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.242	4	947
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.78	6	825
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.335	102	-
R_work	0.264	1933	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.5924	7.1406	-6.842	6.8167	-3.7273	7.6956	-0.5213	1.0346	0.8012	-0.8043	0.6816	1.0185	-0.0938	-0.6661	-0.1602	-0.0925	-0.0123	-0.0157	-0.0931	0.0788	-0.025	-18.3056	2.271	18.3248
2	3.7926	-0.2954	-0.82	4.39	-0.7324	4.5654	-0.0411	-0.4449	0.0159	0.2924	-0.0557	-0.7028	0.1886	0.7678	0.0967	-0.1449	0.0617	0.0185	-0.0205	0.0329	-0.0109	-2.7656	2.6751	21.0386
3	2.1582	0.1162	-1.061	3.738	-1.2312	7.0173	-0.355	0.7189	-0.3311	-0.9013	0.2234	0.2336	1.1562	-0.609	0.1316	0.2208	-0.1361	0.0531	0.0587	-0.0745	0.0092	-12.3606	-4.7028	-2.1794
4	0.2088	-0.8053	-0.3451	3.113	1.1434	5.6202	0.1125	0.2057	0.0937	-0.2894	-0.016	0.3401	-0.0432	-0.436	-0.0965	-0.0763	-0.0111	0.0153	0.0136	-0.0014	-0.0513	-12.9855	7.7636	-0.1015
5	3.47	-2.0103	0.7968	5.1529	2.3098	6.0794	-0.2373	-0.4453	0.0554	0.1648	0.1633	-0.2742	-0.4875	0.183	0.0739	-0.1402	0.0095	0.0184	-0.1002	-0.0052	-0.0667	-7.6945	13.3238	19.9307
6	1.8868	-0.8099	-2.0897	7.8108	0.5281	4.1556	-0.0359	0.0831	-0.1641	-0.804	-0.0686	-0.2418	0.3856	0.212	0.1045	0.0005	0.044	0.0848	-0.0777	-0.01	-0.084	-4.8371	1.4214	3.6595
7	2.0393	-2.2475	-3.2074	2.477	3.5349	5.0446	0.0672	0.2848	0.1627	-0.4927	0.0356	-0.1788	-0.8102	-0.0005	-0.1028	-0.0042	0.0123	0.0458	-0.1273	0.0092	-0.0881	-9.4412	17.3957	9.3739
8	10.9151	-10.8081	-7.2457	19.758	10.2079	10.4266	-0.1479	-0.1111	-0.1265	-0.324	0.1907	-1.0075	0.6933	0.8665	-0.0428	0.0924	0.0705	0.1613	0.0638	0.0143	-0.0247	-0.2969	2.1463	-2.8181
9	8.3315	0.6016	1.685	6.8242	1.4078	24.1488	-0.3505	0.5307	-0.1861	0.2187	0.1812	0.9088	0.3652	-1.412	0.1693	0.0485	-0.1421	0.116	0.0235	0.0231	-0.0343	-19.1962	-5.3355	13.1782
10	18.2419	-0.8589	-1.0771	12.584	-17.2318	30.8581	0.2247	-0.3873	-0.3587	-0.2201	-0.8293	-0.7389	1.156	1.3197	0.6046	0.0583	0.0615	0.1187	-0.1011	0.051	0.0117	-10.4237	-8.5813	19.2975
11	9.2393	-5.2528	6.3968	5.2816	-3.7341	4.5078	0.3633	0.1579	0.0994	-0.1016	-0.3659	-0.7766	0.5647	0.8329	0.0026	-0.0444	0.0669	-0.0221	0.0419	0.0823	0.0889	-7.9853	-7.3008	31.6408
12	18.7034	-0.8673	-1.6913	13.1714	1.4174	20.3135	0.1476	-0.4221	1.0852	-0.316	-0.1622	0.6638	-0.975	-1.2907	0.0146	-0.0777	0.062	0.0182	-0.1637	0.0235	-0.0152	-24.9869	4.3916	27.292
13	9.2833	0.8051	-6.1056	15.6851	-0.4723	29.1633	-0.2142	-0.0781	0.7266	0.6346	0.1428	1.6676	-1.4339	-2.0903	0.0714	-0.0654	0.0904	0.0188	0.0957	0.0277	0.1334	-35.6076	-3.9202	34.9302
14	3.5536	1.4061	-3.9009	3.1632	-1.8156	8.1898	-0.0829	0.3989	0.1602	-0.4109	0.1844	0.2421	0.3241	-0.7934	-0.1015	-0.1033	-0.0593	-0.0528	-0.0796	0.0364	-0.0965	-31.1134	-11.1371	30.0443
15	9.9838	1.7725	-5.3508	5.9174	1.563	11.0448	-0.3202	0.8715	-0.3746	-0.9758	0.181	-0.3053	0.6124	-0.6095	0.1392	0.1656	-0.055	0.0318	-0.1074	-0.0083	-0.1206	-24.7593	-16.1312	24.0465
16	8.7667	1.4689	-4.3488	4.6586	2.6916	14.9572	-0.4145	0.1844	-0.6833	0.0212	-0.0277	-0.8853	0.9463	1.0288	0.4422	-0.0631	0.0569	0.0769	-0.1325	0.0685	-0.039	-16.1726	-10.986	27.0419
17	4.6161	-4.1323	-0.5989	11.4743	-2.3503	10.0811	-0.1912	-0.2484	0.5608	0.513	0.2955	-0.283	-0.6694	-0.0844	-0.1043	-0.1227	-0.0134	0.0067	-0.1802	0.0176	-0.1101	-24.5583	-1.7671	36.4392
18	6.0344	-1.3153	3.7658	10.4911	4.632	14.4111	0.335	0.089	-0.9632	-0.1077	-0.0256	-0.582	1.7063	0.1199	-0.3094	0.1274	-0.0364	0.0526	-0.1705	0.0226	0.0065	-21.906	-18.4641	30.1595
19	9.1002	-3.0429	5.0687	28.7111	17.1625	30.3422	-0.4044	-0.7313	0.1785	0.8805	0.2322	-0.6689	-0.7463	-0.0084	0.1722	-0.107	-0.0707	-0.0418	-0.0663	0.0158	-0.1632	-24.7269	-5.7963	44.3286

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	16 - 23
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	24 - 48
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	49 - 77
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	78 - 112
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	113 - 129
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	130 - 153
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	154 - 162
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	163 - 171
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	2 - 9
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	10 - 17
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	24 - 41
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	42 - 53
13	X-RAY DIFFRACTION	13	C	58 - 68
14	X-RAY DIFFRACTION	14	C	69 - 92
15	X-RAY DIFFRACTION	15	C	93 - 103
16	X-RAY DIFFRACTION	16	C	115 - 125
17	X-RAY DIFFRACTION	17	C	126 - 138
18	X-RAY DIFFRACTION	18	C	139 - 152
19	X-RAY DIFFRACTION	19	C	153 - 158

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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