PDB-1ylm: Structure of Cytosolic Protein of Unknown Function YutE from Baci...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ylm

タイトル

Structure of Cytosolic Protein of Unknown Function YutE from Bacillus subtilis

要素

hypothetical protein BSU32300

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / MCSG / Bacillus subtilis / hypothetical cytosolic protein / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

toxin-antitoxin complex / RNA nuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.83 Å

データ登録者

Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Hypothetical cytosolic protein YutE from Bacillus subtilis
著者: Binkowski, T.A. / Quartey, P. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2005年1月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年3月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ylm.cif.gz	77 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ylm.ent.gz	58.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ylm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1ylm_validation.pdf.gz	433 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1ylm_full_validation.pdf.gz	434.3 KB	表示
XML形式データ	1ylm_validation.xml.gz	18.7 KB	表示
CIF形式データ	1ylm_validation.cif.gz	26.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/1ylm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/1ylm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6zwp-d 3fdm-1 2aco-d 4llo-1 4f9w-d 1btj-1 5wdd-d 5aq9-3 6ohd-d 2yvy-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC1684

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: hypothetical protein BSU32300

B: hypothetical protein BSU32300

33.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	71.914, 72.081, 76.552
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.24, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-153- HOH
2	1	B-181- HOH
3	1	B-182- HOH
4	1	B-230- HOH

#1: タンパク質	hypothetical protein BSU32300 分子量: 16857.623 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) 生物種: Bacillus subtilis / 株: subsp. subtilis str. 168 / 遺伝子: YutE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): 168 / 参照: UniProt: O32126
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 335 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.76 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.11 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 詳細: .075 Tris, 1.5M Ammonium sulfate, 25% glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 150 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器	タイプ: SBC-1 / 検出器: CCD / 日付: 2004年11月14日
放射	モノクロメーター: Double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.83→33.6 Å / Num. all: 31170 / Num. obs: 30664 / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	解像度: 1.83→1.9 Å / % possible all: 89

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0005	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.83→33.6 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.931 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.135 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2385	1541	5 %	RANDOM
R_work	0.19972	-	-	-
obs	0.20165	29123	98.36 %	-
all	-	30664	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.399 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.75 Å²	0 Å²	-0.49 Å²
2-	-	-0.56 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.61 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.83→33.6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2324	0	0	335	2659

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.019	0.022	2364
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.318	1.98	3184
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	14.884	5	284
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.157	24.746	118
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.317	15	448
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.349	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.146	0.2	356
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1760
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.205	0.2	1117
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.309	0.2	1652
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.14	0.2	247
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.164	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.238	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.72	1.5	1416
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.328	2	2282
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.824	3	948
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.724	4.5	902
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.832→1.88 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.263	99	-
R_work	0.297	1881	-
obs	-	-	85.38 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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