PDB-3kx6: Crystal structure of fructose-1,6-bisphosphate aldolase from Babe...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3kx6

タイトル

Crystal structure of fructose-1,6-bisphosphate aldolase from Babesia bovis at 2.1A resolution

要素

Fructose-bisphosphate aldolase

キーワード

LYASE / SSGCID / NIH / NIAID / SBRI / UW / Emerald Biostructures / Babesia bovis / fructose-1 / 6-bisphosphate aldolase / Glycolysis / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease

機能・相同性

機能・相同性情報

fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / glycolytic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Babesia bovis (牛バベシア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of fructose-1,6-bisphosphate aldolase from Babesia bovis at 2.1A resolution
著者: Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID) / Abendroth, J. / Edwards, T.E. / Staker, B.

履歴

登録	2009年12月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年12月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3kx6.cif.gz	284.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3kx6.ent.gz	228.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3kx6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3kx6_validation.pdf.gz	499.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3kx6_full_validation.pdf.gz	507.6 KB	表示
XML形式データ	3kx6_validation.xml.gz	56.5 KB	表示
CIF形式データ	3kx6_validation.cif.gz	81.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kx/3kx6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kx/3kx6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2pc4S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5tle-d 5tkn-1 1qo5-5 5tlz-d 5tkl-1 5tkc-1 5tjs-1 5tkp-1 3tu9-d 3dfp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: BaboA.00974.a

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Fructose-bisphosphate aldolase

B: Fructose-bisphosphate aldolase

C: Fructose-bisphosphate aldolase

D: Fructose-bisphosphate aldolase

ヘテロ分子

167 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.880, 114.160, 174.540
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	5	A	1 - 341
2	1	1	5	B	1 - 341
3	1	1	5	C	1 - 341
4	1	1	5	D	1 - 341

#1: タンパク質	Fructose-bisphosphate aldolase 分子量: 41285.855 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Babesia bovis (牛バベシア) / 株: T2BO / 遺伝子: BBOV_IV000790 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A7AV51, fructose-bisphosphate aldolase
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 805 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.59 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.52 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: EBS CRYO SCREEN H12: 50% PEG 200, 100MM PHOSPHATE/CITRATE PH 4.2, 200MM NACL; BABOA.00974.A AT 30MG/ML, PH N/A, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 290K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.975484 / 波長: 0.975484 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.975484 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→20 Å / Num. all: 100767 / Num. obs: 99984 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8 % / B_iso Wilson estimate: 33.47 Å² / R_merge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 19.7
反射シェル	解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 8.3 % / R_merge(I) obs: 0.388 / Mean I/σ(I) obs: 5.1 / Num. unique all: 7365 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BOS		データ収集
PHASER		位相決定
REFMAC	5.5.0104	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: pdb entry 2PC4 modified with CCP4 program CHAINSAW

2pc4

解像度: 2.1→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.948 / SU B: 7.386 / SU ML: 0.089 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic, tls / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.163 / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.193	4992	5 %	RANDOM
R_work	0.16	-	-	-
all	0.162	100767	-	-
obs	0.162	99909	99.4 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.18 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.42 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.74 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10279	0	92	805	11176

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	10629
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	7042
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.425	1.975	14433
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.949	3	17298
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.696	5	1397
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.232	24.955	444
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.399	15	1760
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.12	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	1676
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.021	11971
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1993
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.696	1.5	6865
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.224	1.5	2801
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.293	2	10979
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.288	3	3764
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.781	4.5	3438
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
A	1978	medium positional	0.15	0.5
B	1978	medium positional	0.25	0.5
C	1978	medium positional	0.13	0.5
D	1978	medium positional	0.32	0.5
A	2156	loose positional	0.35	5
B	2156	loose positional	0.4	5
C	2156	loose positional	0.34	5
D	2156	loose positional	0.47	5
A	1978	medium thermal	0.56	2
B	1978	medium thermal	0.85	2
C	1978	medium thermal	0.74	2
D	1978	medium thermal	0.6	2
A	2156	loose thermal	0.74	10
B	2156	loose thermal	0.89	10
C	2156	loose thermal	0.75	10
D	2156	loose thermal	0.73	10

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.15 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.219	359	-
R_work	0.169	6918	-
obs	-	-	99.93 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4586	-0.2005	0.318	0.5654	-0.0996	1.0953	0.0578	-0.0274	-0.0524	-0.0722	0.0292	0.0718	0.1345	-0.2091	-0.087	0.0547	-0.0514	-0.024	0.0669	0.031	0.0402	61.027	101.196	29.869
2	0.3866	-0.0038	0.0562	0.3521	0.2098	1.1179	-0.003	-0.0341	-0.0145	0.0429	0.0231	0.0382	-0.0229	-0.1708	-0.0201	0.0711	0.0281	0.0394	0.0413	0.0195	0.0231	69.079	114.38	66.855
3	0.9377	-0.0469	0.4155	0.6015	0.1491	1.111	0.0179	0.0813	-0.0488	0.088	0.0323	-0.0726	0.1662	0.2485	-0.0502	0.0812	0.0535	-0.0278	0.0746	-0.0341	0.0426	106.374	98.267	56.911
4	0.4023	-0.1208	-0.2022	0.4275	-0.2851	1.1956	0.0635	0.0859	0.0801	-0.0115	-0.0695	-0.0925	-0.0534	0.2426	0.006	0.0587	-0.0341	0.036	0.1469	0.0101	0.0529	98.902	117.974	22.424

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 358
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	400 - 401
3	X-RAY DIFFRACTION	1	A	359 - 907
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 358
5	X-RAY DIFFRACTION	2	B	400 - 402
6	X-RAY DIFFRACTION	2	B	359 - 903
7	X-RAY DIFFRACTION	3	C	3 - 358
8	X-RAY DIFFRACTION	3	C	400 - 402
9	X-RAY DIFFRACTION	3	C	359 - 906
10	X-RAY DIFFRACTION	4	D	4 - 358
11	X-RAY DIFFRACTION	4	D	400 - 402
12	X-RAY DIFFRACTION	4	D	359 - 905

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