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万見
- PDB-3kwv: Structural basis for the unfolding of anthrax lethal factor by pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kwv
タイトルStructural basis for the unfolding of anthrax lethal factor by protective antigen oligomers
要素
  • Lethal factor
  • Protective antigen PA-63
キーワードTOXIN/PROTEIN TRANSPORT / Bacillus anthracis / protective antigen / lethal factor / lethal toxin / octamer / protein transport / toxin / protein unfolding / protein translocation / Cleavage on pair of basic residues / Metal-binding / Secreted / Virulence / Hydrolase / Metalloprotease / Protease / TOXIN-PROTEIN TRANSPORT complex
機能・相同性
機能・相同性情報


anthrax lethal factor endopeptidase / symbiont-mediated suppression of host MAPK cascade / host cell cytosol / Uptake and function of anthrax toxins / host cell endosome membrane / protein homooligomerization / metalloendopeptidase activity / metallopeptidase activity / toxin activity / host cell plasma membrane ...anthrax lethal factor endopeptidase / symbiont-mediated suppression of host MAPK cascade / host cell cytosol / Uptake and function of anthrax toxins / host cell endosome membrane / protein homooligomerization / metalloendopeptidase activity / metallopeptidase activity / toxin activity / host cell plasma membrane / proteolysis / extracellular region / zinc ion binding / metal ion binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #810 / Ubiquitin-like (UB roll) - #110 / Protective antigen, heptamerisation domain / Anthrax toxin lethal factor, central domain / Anthrax toxin lethal factor, middle domain / Protective antigen domain 4 / : / Anthrax protective antigen, immunoglobulin-like domain / Anthrax toxin, lethal/endema factor / Anthrax toxin, lethal/endema factor, N-/C-terminal ...Immunoglobulin-like - #810 / Ubiquitin-like (UB roll) - #110 / Protective antigen, heptamerisation domain / Anthrax toxin lethal factor, central domain / Anthrax toxin lethal factor, middle domain / Protective antigen domain 4 / : / Anthrax protective antigen, immunoglobulin-like domain / Anthrax toxin, lethal/endema factor / Anthrax toxin, lethal/endema factor, N-/C-terminal / : / Anthrax toxin lethal factor, N- and C-terminal domain / Anthrax toxin lethal factor (ATLF)-like domain profile. / PA14/GLEYA domain / PA14 domain profile. / Bacterial exotoxin B / Protective antigen, heptamerisation domain / Protective antigen, Ca-binding domain / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA, domain 3 / Protective antigen, heptamerisation domain superfamily / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA Ca-binding domain / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA domain 2 / Clostridial binary toxin B/anthrax toxin PA domain 3 / PA14 domain / PA14 / PA14 domain / Collagenase (Catalytic Domain) / Collagenase (Catalytic Domain) / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Ubiquitin-like (UB roll) / Jelly Rolls / Roll / Immunoglobulin-like / Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Protective antigen / Lethal factor
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus anthracis (炭疽菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.101 Å
データ登録者Feld, G.K. / Kintzer, A.F. / Krantz, B.A.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structural basis for the unfolding of anthrax lethal factor by protective antigen oligomers.
著者: Feld, G.K. / Thoren, K.L. / Kintzer, A.F. / Sterling, H.J. / Tang, I.I. / Greenberg, S.G. / Williams, E.R. / Krantz, B.A.
履歴
登録2009年12月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Protective antigen PA-63
B: Protective antigen PA-63
C: Lethal factor
D: Protective antigen PA-63
E: Protective antigen PA-63
F: Lethal factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)307,35114
ポリマ－307,0306
非ポリマー3218
水724
1
A: Protective antigen PA-63
B: Protective antigen PA-63
C: Lethal factor
ヘテロ分子

A: Protective antigen PA-63
B: Protective antigen PA-63
C: Lethal factor
ヘテロ分子

A: Protective antigen PA-63
B: Protective antigen PA-63
C: Lethal factor
ヘテロ分子

A: Protective antigen PA-63
B: Protective antigen PA-63
C: Lethal factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)614,70128
ポリマ－614,06012
非ポリマー64116
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
crystal symmetry operation3_455-y-1/2,x+1/2,z1
crystal symmetry operation4_445y-1/2,-x-1/2,z1
2
D: Protective antigen PA-63
E: Protective antigen PA-63
F: Lethal factor
ヘテロ分子

D: Protective antigen PA-63
E: Protective antigen PA-63
F: Lethal factor
ヘテロ分子

D: Protective antigen PA-63
E: Protective antigen PA-63
F: Lethal factor
ヘテロ分子

D: Protective antigen PA-63
E: Protective antigen PA-63
F: Lethal factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)614,70128
ポリマ－614,06012
非ポリマー64116
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,-y-1,z1
crystal symmetry operation3_445-y-1/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_545y+1/2,-x-1/2,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)178.381, 178.381, 240.363
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23
33
43
14
24
34
44
15
25
35
45
16
26
36
46
17
27
18
28
19
29

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and resseq 174:240
211chain D and resseq 174:240
112chain B and resseq 174:240
212chain E and resseq 174:240
113chain A and resseq 241:274
213chain E and resseq 241:274
313chain B and resseq 241:274
413chain D and resseq 241:274
114chain A and resseq 286:339
214chain E and resseq 286:339
314chain B and resseq 286:339
414chain D and resseq 286:339
115chain A and resseq 343:442
215chain B and resseq 343:442
315chain E and resseq 343:442
415chain D and resseq 343:442
116chain A and resseq 446:575
216chain E and resseq 446:575
316chain B and resseq 446:575
416chain D and resseq 446:575
117chain A and resseq 576:715
217chain D and resseq 576:715
118chain B and resseq 576:715
218chain E and resseq 576:715
119chain C
219chain F

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9

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要素

#1: タンパク質
Protective antigen PA-63 / PA / PA-83 / PA83 / Anthrax toxins translocating protein / Protective antigen PA-63 / PA63


分子量: 61484.336 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 197-764 / 変異: V303P, H304G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 遺伝子: pagA / プラスミド: pET-22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P13423
#2: タンパク質 Lethal factor / LF / Anthrax lethal toxin endopeptidase component


分子量: 30546.377 Da / 分子数: 2
断片: protective antigen binding domain (UNP residues 34-296)
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 遺伝子: lef / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: P15917, anthrax lethal factor endopeptidase
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.5 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 16% PEG 3000, 0.1M cacodylic acid, 0.2M magnesium chloride, 10 mM Tris-Cl, 75 mM sodium chloride, 10 mM adenosine-5'-triphosphate, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→49.8 Å / Num. all: 70642 / Num. obs: 65167 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 3.1→3.19 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 78

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3HVD

3hvd


解像度: 3.101→49.835 Å / SU ML: 0.39 / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 0.14 / 位相誤差: 27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2811 1832 2.81 %
Rwork0.2491 --
obs0.25 65165 92.07 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 44.614 Å2 / ksol: 0.289 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.7082 Å2-0 Å20 Å2
2---3.7082 Å2-0 Å2
3---8.3746 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.101→49.835 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20337 0 8 4 20349
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00520761
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6128032
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.0977824
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0423196
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0023651
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A540X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12D540X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.01
21B540X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22E540X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.137
31A266X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
32E266X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.01
33B266X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.009
34D266X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.01
41A248X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
42E248X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.006
43B248X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.006
44D241X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.006
51A758X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
52B758X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.114
53E758X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.15
54D758X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.105
61A1045X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
62E1045X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.331
63B1045X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.207
64D1045X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.235
71A1133X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
72D1133X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.202
81B1133X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
82E1133X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.365
91C1816X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
92F1816X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.055
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1015-3.18530.35591190.28664096X-RAY DIFFRACTION78
3.1853-3.2790.34081240.29274282X-RAY DIFFRACTION83
3.279-3.38480.27721270.26264519X-RAY DIFFRACTION87
3.3848-3.50580.3161320.24714706X-RAY DIFFRACTION90
3.5058-3.64610.29511400.23524838X-RAY DIFFRACTION92
3.6461-3.8120.24731430.23344875X-RAY DIFFRACTION93
3.812-4.01290.30831410.23074803X-RAY DIFFRACTION92
4.0129-4.26420.25841400.22534924X-RAY DIFFRACTION94
4.2642-4.59320.23511450.20915071X-RAY DIFFRACTION96
4.5932-5.0550.25221540.20885146X-RAY DIFFRACTION97
5.055-5.78560.27651480.22695192X-RAY DIFFRACTION97
5.7856-7.28550.26611560.2525299X-RAY DIFFRACTION98
7.2855-49.84180.27311630.26865582X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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