PDB-3kwc: Oxidized, active structure of the beta-carboxysomal gamma-Carboni...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3kwc

タイトル

Oxidized, active structure of the beta-carboxysomal gamma-Carbonic Anhydrase, CcmM

要素

Carbon dioxide concentrating mechanism protein

キーワード

LYASE / PROTEIN BINDING / PHOTOSYNTHESIS / left-handed beta helix / gamma carbonic anhydrase / disulfide bond dependent activity / carboxysome

機能・相同性

機能・相同性情報

structural constituent of carboxysome shell / carboxysome / carbon fixation / photosynthesis / carbonic anhydrase / carbonate dehydratase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Kimber, M.S. / Castel, S.E. / Pena, K.L.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2010
タイトル: Structural basis of the oxidative activation of the carboxysomal {gamma}-carbonic anhydrase, CcmM.
著者: Pena, K.L. / Castel, S.E. / de Araujo, C. / Espie, G.S. / Kimber, M.S.

履歴

登録	2009年12月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年2月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2024年11月27日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3kwc.cif.gz	265.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3kwc.ent.gz	213.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3kwc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/3kwc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/3kwc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3kwdSC 3kweC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7bhs-1 5d58-d 6yog-d 5t8s-d 5d59-d 3m8b-d 5t8t-d 3n9y-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#11 - 2000年11月ルビスコ (Rubisco) 類似性 (4) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (2) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (2) #49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (2) #70 - 2005年10月人工設計タンパク質 (Designer Proteins) 類似性 (1)

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「今月の分子」の関連する項目

#11 - 2000年11月
ルビスコ (Rubisco)
類似性 (4)
#165 - 2013年9月
人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages)
類似性 (2)
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lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (2)
#49 - 2004年1月
炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase)
類似性 (2)
#70 - 2005年10月
人工設計タンパク質 (Designer Proteins)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

B: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

C: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

D: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

E: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

F: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

ヘテロ分子

150 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

B: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

C: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
74.9 kDa, 3 ポリマー
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2

D: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

E: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

F: Carbon dioxide concentrating mechanism protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
74.9 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	63.900, 105.040, 196.130
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Carbon dioxide concentrating mechanism protein 分子量: 24822.928 Da / 分子数: 6 断片: N-terminal, gamma-carbonic anhydrase domain (UNP residues 1-209) 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: carboxysome 由来: (組換発現) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア) 株: BP-1 / 遺伝子: ccmM, tll0944 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q8DKB5, carbonic anhydrase
#2: 化合物	ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル分子量: 60.095 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O / コメント: alkaloid*YM
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 807 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.21 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.34 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 58 mg/ml protein, 20% isopropanol, 30% PEG 4000, 0.1 M Na Citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年6月16日 / 詳細: Osmic multi-layer optics
放射	モノクロメーター: Osmic multi-layer / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→17 Å / Num. all: 89407 / Num. obs: 89407 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.45 % / B_iso Wilson estimate: 28.6 Å² / R_sym value: 0.085 / Net I/σ(I): 16.6
反射シェル	解像度: 2→2.2 Å / 冗長度: 6.65 % / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique all: 22120 / R_sym value: 0.454 / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
XDS		データ削減
XPREP		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 3KWD

3kwd

解像度: 2→16.88 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 9.017 / SU ML: 0.132 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic + TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / σ(I): -3 / ESU R: 0.197 / ESU R Free: 0.175 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24702	4569	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19978	-	-	-
all	0.20217	84679	-	-
obs	0.20217	84679	99.36 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.409 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.33 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.31 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.65 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→16.88 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9356	0	36	807	10199

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	9651
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	6268
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.3	1.937	13179
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.948	3.002	15312
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.297	5	1234
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.129	24.33	448
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.165	15	1441
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.503	15	55
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.078	0.2	1475
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	10977
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1886
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.179	0.2	1682
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.188	0.2	6177
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.158	0.2	4417
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.076	0.2	4572
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	486
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.129	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.187	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.135	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.421	1.5	7923
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.111	1.5	2505
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.546	2	9930
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.049	3	4014
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.497	4.5	3243
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.411	349	-
R_work	0.307	5998	-
obs	-	5998	97.95 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	15.2816	-4.6379	0.2586	5.0215	-2.9448	2.7695	-0.2488	0.1768	0.368	-0.2566	0.025	-0.1553	-0.0782	0.06	0.2238	0.0247	-0.0651	-0.0352	-0.0038	0.0483	-0.1732	-7.7725	13.6547	11.8315
2	2.7807	-1.4713	1.1376	1.7248	0.345	1.4128	-0.0922	0.3934	0.0052	-0.285	0.0672	-0.1078	-0.0814	0.3929	0.025	-0.0789	-0.0585	0.0536	0.0084	0.0048	-0.1371	3.035	5.0381	16.3628
3	1.2842	-0.5385	0.5319	2.7381	-0.1775	0.8808	-0.0296	-0.0094	-0.0752	-0.2778	0.047	0.0873	0.0812	0.1289	-0.0174	-0.1049	-0.0474	0.0161	-0.0979	0.0087	-0.1523	-1.8887	6.2034	20.5193
4	3.4686	-0.8874	0.5663	3.9485	0.4042	1.4796	-0.043	0.0752	0.0143	-0.1069	0.0353	0.1032	-0.0955	0.0495	0.0077	-0.1239	-0.0346	0.0191	-0.0955	0.0118	-0.2268	-3.0329	7.5444	25.4334
5	2.6075	0.6035	0.511	5.1756	-0.6348	2.1143	-0.1394	0.093	0.3199	-0.064	-0.0298	-0.0269	-0.2725	0.2186	0.1692	-0.1598	-0.0518	0.0085	-0.1227	-0.0044	-0.1504	1.5158	11.9638	28.5084
6	3.3431	1.2723	0.1615	2.0147	-1.6383	1.8954	-0.1208	-0.0547	-0.0692	-0.2249	0.1358	-0.0513	0.0134	0.0388	-0.0151	-0.1687	-0.0128	0.0081	-0.1335	-0.0126	-0.1999	-2.7868	2.9772	32.1825
7	1.9318	1.0347	0.6093	3.8675	-0.1329	2.0727	-0.0498	-0.1311	0.0213	0.0364	0.1081	0.0136	-0.1364	0.0473	-0.0583	-0.1906	-0.0042	0.0124	-0.0962	-0.0127	-0.1464	-4.9986	4.2727	37.3054
8	4.0841	-1.3046	1.1164	3.7104	-0.2778	2.0205	-0.0186	-0.2252	0.1931	0.1784	0.0556	-0.0007	-0.0636	-0.1123	-0.037	-0.1481	-0.0242	0.0114	-0.0628	-0.0004	-0.15	-5.5056	5.3552	44.0777
9	2.9686	-0.8079	-4.9583	1.8328	1.4909	10.1411	-0.375	-0.3812	-0.3517	0.2106	0.0702	-0.1045	0.4854	0.9269	0.3048	-0.1484	-0.0185	-0.0276	-0.0142	0.0147	-0.0376	5.321	0.7437	43.6394
10	2.7577	-0.0237	-5.6019	4.0188	3.8981	15.068	0.1675	0.2704	0.2566	-0.2753	-0.0824	-0.2961	-0.5761	0.1969	-0.0851	-0.0709	0.0413	0.0509	0.0627	0.0021	0.0117	12.9199	-4.1198	19.1885
11	19.3342	-12.6627	-5.1552	40.5641	3.6382	19.2761	0.3481	1.5087	-0.8524	-0.2586	-0.4116	0.5847	0.4978	0.2273	0.0635	-0.0707	-0.0609	0.0333	0.3366	-0.1588	0.0287	20.0785	-12.2563	8.8532
12	5.1398	6.8817	0.9182	11.5542	5.9611	9.7308	-0.0951	0.7784	-0.2858	0.0748	0.5011	-0.7122	0.419	0.8413	-0.406	0.073	0.0664	0.0769	0.056	-0.0483	-0.0241	11.5379	-15.3644	16.551
13	1.9363	0.2149	0.0431	2.2637	-0.2942	0.0409	-0.0871	0.0933	-0.1417	-0.4598	-0.0116	-0.0494	0.1661	0.1908	0.0987	0.095	0.0076	0.0363	-0.0416	-0.0554	-0.1451	-1.5677	-21.0783	14.9202
14	2.2566	-0.5423	-0.4556	3.1526	-0.4457	0.4824	-0.0287	0.0062	0.0786	-0.1164	-0.0057	-0.0838	0.2942	0.1058	0.0344	0.0313	0.0424	0.0148	-0.0687	-0.0185	-0.1756	-0.1332	-18.4128	20.7447
15	2.7781	-0.4422	-0.037	2.7826	-0.3432	1.4932	-0.0691	-0.0768	0.0812	-0.154	-0.0395	-0.0631	0.3836	0.2676	0.1086	-0.0291	0.0527	0.0261	-0.0831	0.0009	-0.1719	-0.294	-19.2325	25.8674
16	2.9081	-0.2817	0.0594	3.8212	-1.319	2.0816	-0.1788	-0.0159	-0.4734	-0.2505	0.0093	-0.3193	0.437	0.2872	0.1695	0.0572	0.1201	0.0325	-0.1077	-0.037	-0.1106	0.5401	-25.9444	27.9159
17	0.7868	0.8789	-0.8177	1.901	0.0012	1.7597	-0.0368	-0.0114	0.0404	-0.051	0.0657	-0.1156	0.2735	0.1014	-0.0289	-0.0248	0.0532	-0.0118	-0.1498	-0.0073	-0.1362	-6.7161	-18.7881	30.9345
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60	6.5685	-0.0955	-0.068	1.9736	-0.6257	2.2245	0.0669	0.1164	0.7827	0.2956	0.16	0.663	-0.5176	-0.328	-0.2269	-0.0904	0.1065	0.0856	-0.0736	0.0966	-0.0105	-33.9198	11.0577	67.2901
61	1.8655	-0.3261	0.2052	0.6514	-0.2998	3.2846	-0.0348	-0.018	-0.0236	0.2128	0.2126	0.3851	-0.1823	-0.1223	-0.1778	-0.1915	0.0396	0.0293	-0.096	0.0507	-0.0745	-29.1986	2.3046	63.6643
62	1.9997	-1.9954	0.006	3.3502	-0.2401	3.8704	0.1217	0.0734	0.1101	0.1357	0.0311	0.1259	-0.2806	0.002	-0.1528	-0.2003	0.0388	0.0191	-0.1131	0.0427	-0.0899	-27.0289	3.747	58.5672
63	3.097	1.1253	1.6971	4.1774	-0.4548	2.3218	-0.0264	0.1796	0.0977	-0.329	0.2149	0.1217	-0.2453	0.0649	-0.1884	-0.1235	0.0398	0.0318	-0.0371	0.0435	-0.1159	-26.5862	4.9226	51.764
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65	1.9385	0.6382	-1.3825	4.7762	-9.4892	23.7742	0.2363	-0.229	-0.0121	0.2475	0.4644	0.373	-0.8994	-0.9558	-0.7008	-0.1841	0.0448	0.0651	0.062	0.1154	0.1002	-44.5929	-5.7039	76.3474
66	9.686	-1.3744	-4.2671	23.5332	-2.4975	30.458	-0.0158	-1.1837	-0.7605	0.6677	-0.0504	0.5732	1.5335	-1.4806	0.0662	-0.1176	-0.0885	0.0552	0.5606	0.3294	0.1865	-51.7207	-13.4002	86.8341

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 22
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	23 - 42
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	43 - 62
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	63 - 82
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	83 - 102
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	103 - 122
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	123 - 142
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	143 - 162
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	163 - 182
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	183 - 196
11	X-RAY DIFFRACTION	11	A	197 - 208
12	X-RAY DIFFRACTION	12	B	4 - 22
13	X-RAY DIFFRACTION	13	B	23 - 42
14	X-RAY DIFFRACTION	14	B	43 - 62
15	X-RAY DIFFRACTION	15	B	63 - 82
16	X-RAY DIFFRACTION	16	B	83 - 102
17	X-RAY DIFFRACTION	17	B	103 - 122
18	X-RAY DIFFRACTION	18	B	123 - 142
19	X-RAY DIFFRACTION	19	B	143 - 162
20	X-RAY DIFFRACTION	20	B	163 - 182
21	X-RAY DIFFRACTION	21	B	183 - 196
22	X-RAY DIFFRACTION	22	B	197 - 207
23	X-RAY DIFFRACTION	23	C	4 - 22
24	X-RAY DIFFRACTION	24	C	23 - 42
25	X-RAY DIFFRACTION	25	C	43 - 62
26	X-RAY DIFFRACTION	26	C	63 - 82
27	X-RAY DIFFRACTION	27	C	83 - 102
28	X-RAY DIFFRACTION	28	C	103 - 122
29	X-RAY DIFFRACTION	29	C	123 - 142
30	X-RAY DIFFRACTION	30	C	143 - 162
31	X-RAY DIFFRACTION	31	C	163 - 182
32	X-RAY DIFFRACTION	32	C	183 - 196
33	X-RAY DIFFRACTION	33	C	197 - 208
34	X-RAY DIFFRACTION	34	D	4 - 22
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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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