PDB-3kw1: Structural basis of the activity and substrate specificity of the...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3kw1

タイトル

Structural basis of the activity and substrate specificity of the fluoroacetyl-CoA FlK - Wild type FlK in complex with FAcOPan

要素

Fluoroacetyl-CoA thioesterase

キーワード

HYDROLASE / fluoroacetyl-CoA thioesterase FlK / thioesterase / hot-dog folding

機能・相同性

機能・相同性情報

fluoroacetyl-CoA thioesterase / acyl-CoA hydrolase activity / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces cattleya (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Dias, M.V.B. / Huang, F. / Chirgadze, D.Y. / Tosin, M. / Spiteller, D. / Valentine, E.F. / Leadlay, P.F. / Spencer, J.B. / Blundell, T.L.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structural basis for the activity and substrate specificity of fluoroacetyl-CoA thioesterase FlK.
著者: Dias, M.V. / Huang, F. / Chirgadze, D.Y. / Tosin, M. / Spiteller, D. / Dry, E.F. / Leadlay, P.F. / Spencer, J.B. / Blundell, T.L.

履歴

登録	2009年11月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年4月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.3	2023年9月6日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3kw1.cif.gz	218.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3kw1.ent.gz	175.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3kw1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3kw1_validation.pdf.gz	906.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3kw1_full_validation.pdf.gz	931.1 KB	表示
XML形式データ	3kw1_validation.xml.gz	45.2 KB	表示
CIF形式データ	3kw1_validation.cif.gz	63.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/3kw1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/3kw1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3kuvC 3kuwC 3kv7C 3kv8C 3kviC 3kvuC 3kvzC 3kx7C 3kx8C 1hnnS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3kuw-d 3kvz-3 3kvz-4 3kx8-1 3kx8-4 3kx8-3 3kvz-1 5wxb-d 3ha7-d 5vqk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Fluoroacetyl-CoA thioesterase

B: Fluoroacetyl-CoA thioesterase

C: Fluoroacetyl-CoA thioesterase

D: Fluoroacetyl-CoA thioesterase

E: Fluoroacetyl-CoA thioesterase

F: Fluoroacetyl-CoA thioesterase

G: Fluoroacetyl-CoA thioesterase

H: Fluoroacetyl-CoA thioesterase

ヘテロ分子

123 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Fluoroacetyl-CoA thioesterase

B: Fluoroacetyl-CoA thioesterase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Fluoroacetyl-CoA thioesterase

D: Fluoroacetyl-CoA thioesterase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Fluoroacetyl-CoA thioesterase

F: Fluoroacetyl-CoA thioesterase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

G: Fluoroacetyl-CoA thioesterase

H: Fluoroacetyl-CoA thioesterase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
30.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.840, 71.547, 102.507
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.92, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Fluoroacetyl-CoA thioesterase 分子量: 15279.436 Da / 分子数: 8 / 断片: FlK / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces cattleya (バクテリア) 遺伝子: FlK / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q1EMV2, 加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-ENW / 2-({N-[(2S)-2,4-dihydroxy-3,3-dimethylbutanoyl]-beta-alanyl}amino)ethyl fluoroacetate / Fluoroacetyl oxa(dethia)-pantetheine 分子量: 322.330 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₂₃FN₂O₆
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 444 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.31 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.64 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: CHES tri-sodium citrate, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: single crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→52.34 Å / Num. all: 87727 / Num. obs: 82906 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射シェル	解像度: 1.9→2 Å / % possible all: 94

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MAR345dtb		データ収集
AMoRE		位相決定
REFMAC	5.2.0019	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

開始モデル: PDB entry 1HNN

1hnn

解像度: 1.9→40.96 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.89 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.182 / ESU R Free: 0.176 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26948	4165	5 %	RANDOM
R_work	0.20915	-	-	-
obs	0.21218	78734	94.51 %	-
all	-	87727	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.908 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→40.96 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8119	0	22	444	8585

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.021	0.022	8406
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.891	1.946	11457
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.844	5	1055
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.633	22.093	344
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.154	15	1255
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.759	15	64
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.13	0.2	1279
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	6470
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.223	0.2	3555
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.311	0.2	5539
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.171	0.2	393
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.215	0.2	88
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.324	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.167	1.5	5310
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.99	2	8595
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.228	3	3096
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.069	4.5	2862
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.399	276	-
R_work	0.299	5434	-
obs	-	-	89.15 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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