PDB-3kw0: Crystal structure of Cysteine peptidase (NP_982244.1) from BACILL...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3kw0

タイトル

Crystal structure of Cysteine peptidase (NP_982244.1) from BACILLUS CEREUS ATCC 10987 at 2.50 A resolution

要素

Cysteine peptidase

キーワード

HYDROLASE / Cysteine peptidase / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2

機能・相同性

Permuted papain-like amidase enzyme, YaeF/YiiX, C92 family / Permuted papain-like amidase enzyme, YaeF/YiiX, C92 family / endopeptidase domain like (from Nostoc punctiforme) / endopeptidase fold (from Nostoc punctiforme) / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta / LYSINE / Uncharacterized protein

機能・相同性情報

生物種

Bacillus cereus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2011
タイトル: Structural Analysis of Papain-Like NlpC/P60 Superfamily Enzymes with a Circularly Permuted Topology Reveals Potential Lipid Binding Sites.
著者: Xu, Q. / Rawlings, N.D. / Chiu, H.J. / Jaroszewski, L. / Klock, H.E. / Knuth, M.W. / Miller, M.D. / Elsliger, M.A. / Deacon, A.M. / Godzik, A. / Lesley, S.A. / Wilson, I.A.

履歴

登録	2009年11月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年12月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2011年8月10日	Group: Database references
改定 1.3	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.4	2019年7月17日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.5	2023年2月1日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3kw0.cif.gz	161.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3kw0.ent.gz	130.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3kw0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/3kw0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kw/3kw0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4dy0-d 1y4h-d 3h5l-d 1m7h-4 1hp7-2 2x0d-d 4a4m-1 1s70-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 377928

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cysteine peptidase

B: Cysteine peptidase

C: Cysteine peptidase

D: Cysteine peptidase

ヘテロ分子

100 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.960, 64.960, 407.800
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	170
Space group name H-M	P6₅

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	2	A	4 - 58
2	1	1	2	B	4 - 58
3	1	1	2	C	4 - 58
4	1	1	2	D	4 - 58
1	2	1	2	A	60 - 145
2	2	1	2	B	60 - 145
3	2	1	2	C	60 - 145
4	2	1	2	D	60 - 145
1	3	1	2	A	150 - 195
2	3	1	2	B	150 - 195
3	3	1	2	C	150 - 195
4	3	1	2	D	150 - 195

#1: タンパク質	Cysteine peptidase 分子量: 24812.273 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus cereus (バクテリア) / 株: ATCC 10987 / 遺伝子: BCE_A0238 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q74NK7
#2: 化合物	ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₅N₂O₂
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
配列の詳細	THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.56 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.8M KH2PO4, 0.8M NaH2PO4, 0.1M HEPES pH 7.5, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.97942

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月20日 / 詳細: Adjustable focusing mirrors in K-B geometry

放射

モノクロメーター: Si(111) Double Crystal Monochrometer
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97942 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→37.774 Å / Num. obs: 33303 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.7 % / B_iso Wilson estimate: 69.316 Å² / R_merge(I) obs: 0.08 / R_sym value: 0.08 / Net I/σ(I): 15.3

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	R_sym value	% possible all
2.5-2.64	5.7	1.037	1.7	27505	4807	1.037	99.7
2.64-2.8	5.8	0.624	3	26678	4607	0.624	99.8
2.8-2.99	5.8	0.364	5.1	25206	4342	0.364	99.9
2.99-3.23	5.8	0.196	8.8	23511	4044	0.196	99.6
3.23-3.54	5.8	0.107	15.5	21394	3690	0.107	99.8
3.54-3.95	5.7	0.066	23.9	19204	3350	0.066	99.8
3.95-4.56	5.6	0.052	31.9	16629	2969	0.052	99.6
4.56-5.59	5.6	0.05	34.4	13976	2502	0.05	99.6
5.59-7.91	5.6	0.054	35.6	10789	1938	0.054	99.5
7.91-37.774	5.5	0.047	40.8	5794	1054	0.047	98.1

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0102	精密化
PHENIX		精密化
SHELX		位相決定
MolProbity	3beta29	モデル構築
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
XDS		データ削減
SHELXD		位相決定
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.5→37.769 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.956 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 20.296 / SU ML: 0.201 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.45 / ESU R Free: 0.245
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.219	1689	5.1 %	RANDOM
R_work	0.192	-	-	-
obs	0.193	33302	99.72 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 116.76 Å² / B_iso mean: 44.038 Å² / B_iso min: 17.79 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.88 Å²	0.94 Å²	0 Å²
2-	-	1.88 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→37.769 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5992	0	49	41	6082

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.022	6152
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	4021
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.476	1.948	8306
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.009	3	9872
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.642	5	771
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.862	25.358	293
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.951	15	1070
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.932	15	20
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	945
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	6901
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1203
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.506	3	3847
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.329	3	1592
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.952	5	6176
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.633	8	2305
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.176	11	2127

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	1067	TIGHT POSITIONAL	0.07	0.05
2	B	1067	TIGHT POSITIONAL	0.08	0.05
3	C	1067	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
4	D	1067	TIGHT POSITIONAL	0.08	0.05
1	A	1255	MEDIUM POSITIONAL	0.07	0.1
2	B	1255	MEDIUM POSITIONAL	0.08	0.1
3	C	1255	MEDIUM POSITIONAL	0.07	0.1
4	D	1255	MEDIUM POSITIONAL	0.08	0.1
1	A	1067	TIGHT THERMAL	0.27	0.5
2	B	1067	TIGHT THERMAL	0.28	0.5
3	C	1067	TIGHT THERMAL	0.3	0.5
4	D	1067	TIGHT THERMAL	0.3	0.5
1	A	1255	MEDIUM THERMAL	0.3	1
2	B	1255	MEDIUM THERMAL	0.3	1
3	C	1255	MEDIUM THERMAL	0.3	1
4	D	1255	MEDIUM THERMAL	0.3	1

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.387	113	-
R_work	0.39	2299	-
all	-	2412	-
obs	-	-	99.75 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1756	0.3483	-0.8617	1.3888	-0.6486	4.0252	0.1898	-0.0425	0.0263	0.1525	-0.0494	0.1144	-0.4769	-0.0748	-0.1403	0.3978	0.1083	-0.0313	0.0474	0.0102	0.1458	-20.0871	15.7809	41.6917
2	0.4373	-0.9447	-0.2332	2.5496	0.0885	4.0306	0.0189	0.0351	0.0405	0.1519	-0.0315	-0.0053	0.0267	0.2763	0.0126	0.2305	0.129	-0.0292	0.1105	0.0207	0.1838	-30.9447	42.4931	35.5239
3	1.5083	-1.4447	0.328	2.8865	0.0991	3.6326	0.1656	0.2471	-0.0514	-0.1339	-0.1964	0.0068	-0.031	0.1877	0.0308	0.2014	0.1326	-0.0413	0.118	0.0063	0.1473	-12.7499	10.7238	5.4874
4	1.366	-0.4566	-0.039	2.3434	0.3193	3.3358	-0.0062	0.0958	-0.0924	0.001	0.1514	-0.056	0.0544	0.0628	-0.1453	0.1281	0.1319	-0.0065	0.1749	0.0243	0.1396	-32.5597	32.8353	-0.5881

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 195
2	X-RAY DIFFRACTION	1	A	201
3	X-RAY DIFFRACTION	2	B	-3 - 195
4	X-RAY DIFFRACTION	2	B	201
5	X-RAY DIFFRACTION	3	C	-4 - 195
6	X-RAY DIFFRACTION	3	C	201
7	X-RAY DIFFRACTION	4	D	0 - 195
8	X-RAY DIFFRACTION	4	D	201

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関連情報:EMDBヘッダ

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