PDB-3kv1: Crystal Structure of Putative Sugar-Binding Domain of Transcripti...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3kv1

タイトル

Crystal Structure of Putative Sugar-Binding Domain of Transcriptional Repressor from Vibrio fischeri

要素

Transcriptional repressor

キーワード

TRANSCRIPTION / alpha-beta structure / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG

機能・相同性

機能・相同性情報

protein-Npi-phosphohistidine-sugar phosphotransferase / transferase activity / carbohydrate binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Vibrio fischeri (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Kim, Y. / Marshall, N. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of Putative Sugar-Binding Domain of Transcriptional Repressor from Vibrio fischeri
著者: Kim, Y. / Marshall, N. / Bearden, J. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2009年11月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年12月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2024年11月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3kv1.cif.gz	123.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3kv1.ent.gz	98.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3kv1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kv/3kv1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kv/3kv1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2ocp-1 2x9w-d 5vs5-d 4lg5-d 4ds8-d 1wgi-d 4l50-d 4hg3-2 6fdq-d 2ik9-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC38671.1

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Transcriptional repressor

ヘテロ分子

29.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Transcriptional repressor

ヘテロ分子

A: Transcriptional repressor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
59.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	129.382, 43.474, 47.536
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 104.15, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-265- HOH
2	1	A-327- HOH

#1: タンパク質	Transcriptional repressor 分子量: 29412.953 Da / 分子数: 1 / 断片: Sugar-Binding Domain residues 63-326 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio fischeri (バクテリア) / 株: ES114 / 遺伝子: lsrR, VF_A0400 / プラスミド: pMCSG19 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Magic 参照: UniProt: Q5E0H6, protein-Npi-phosphohistidine-sugar phosphotransferase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.18 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.5 詳細: 0.1 M CHES pH 9.5, 30% (v/v) PEG-400, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97929 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月25日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97929 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.7→23.4 Å / Num. all: 28012 / Num. obs: 28012 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / B_iso Wilson estimate: 22.75 Å² / R_sym value: 0.079 / Net I/σ(I): 17
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 3.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 1146 / R_sym value: 0.648 / % possible all: 82.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
HKL-3000		データ収集
HKL-3000		位相決定
SHELXS		位相決定
MLPHARE		位相決定
RESOLVE		モデル構築
SOLVE		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.5_2)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
RESOLVE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.7→23.4 Å / SU ML: 0.18 / Isotropic thermal model: mixed / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 位相誤差: 20.14 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.201	1999	7.36 %	random
R_work	0.165	-	-	-
all	0.168	27162	-	-
obs	0.168	27162	95.57 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 59.38 Å² / k_sol: 0.368 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-5.162 Å²	0 Å²	-6.3145 Å²
2-	-	-0.0453 Å²	-0 Å²
3-	-	-	5.2073 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→23.4 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1917	0	30	166	2113

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.013	2205
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.381	2998
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.344	842
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.095	333
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	410

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection obs	% reflection obs (%)
1.7001-1.7608	0.2761	160	0.2503	2022	2182	78
1.7608-1.8313	0.263	195	0.206	2455	2650	93
1.8313-1.9146	0.2213	196	0.1742	2457	2653	95
1.9146-2.0155	0.2077	201	0.1577	2546	2747	97
2.0155-2.1417	0.1924	205	0.1465	2582	2787	99
2.1417-2.3069	0.2022	206	0.1586	2584	2790	98
2.3069-2.5388	0.2053	206	0.1575	2590	2796	99
2.5388-2.9056	0.1924	208	0.1601	2606	2814	99
2.9056-3.6585	0.1961	211	0.1557	2665	2876	100
3.6585-23.4082	0.1868	211	0.1673	2656	2867	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.1438	0.5191	1.6313	2.7241	1.8104	1.6475	0.1461	1.5067	-0.5321	-0.7197	0.0436	0.0768	-0.0365	0.3036	-0.1216	0.2779	-0.0011	-0.0636	0.4358	-0.058	0.2694	45.3089	23.0309	-11.6187
2	1.0138	0.3919	0.6283	0.8264	0.038	0.816	0.0629	0.0897	-0.112	-0.019	-0.0344	0.034	0.1564	0.028	-0.016	0.1772	0.0031	0.0188	0.1673	0.0098	0.1593	51.3615	20.5376	6.8092
3	1.468	-0.5835	-0.1306	2.5252	0.469	0.0814	-0.0633	-0.7496	0.0198	0.9102	-0.043	0.0815	0.1288	0.1533	0.0865	0.2793	-0.0387	0.0617	0.2307	-0.0106	0.1344	52.4416	27.0782	19.2329
4	1.113	0.359	0.54	0.3686	0.0835	1.7302	-0.1544	0.1203	0.2633	0.0669	-0.021	-0.0229	-0.1895	0.1879	0.1664	0.1952	-0.0236	-0.0412	0.1668	0.0408	0.2107	58.2969	37.2515	13.9938
5	0.635	-0.1934	0.4823	0.3575	0.3032	0.9487	-0.0575	-0.187	-0.0737	0.0791	-0.0654	0.2268	-0.1761	-0.1672	0.0609	0.235	0.0055	-0.0361	0.2359	0.0346	0.3451	41.4901	43.0257	10.8897
6	2.8847	-1.371	-1.1939	1.3584	-0.7818	3.9828	0.3146	0.0527	0.6857	0.3826	0.2683	-0.7076	-0.8252	0.2855	-0.1182	0.4263	-0.0426	-0.0928	0.3149	0.0496	0.4267	45.6133	45.0482	-1.979
7	0.861	0.0769	0.9715	0.8853	0.0891	1.3561	-0.0274	0.0593	0.1097	-0.0021	-0.0885	0.2359	-0.0722	-0.1111	0.0795	0.1696	-0.007	-0.0269	0.1983	0.0325	0.2361	45.9642	33.7978	0.3886

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 6:18)	A	6 - 18
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 19:87)	A	19 - 87
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 88:106)	A	88 - 106
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 107:155)	A	107 - 155
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 156:192)	A	156 - 192
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 193:200)	A	193 - 200
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 201:262)	A	201 - 262

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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