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- PDB-3ku1: Crystal structure of Streptococcus pneumoniae Sp1610, a putative ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ku1
タイトルCrystal structure of Streptococcus pneumoniae Sp1610, a putative tRNA (m1A22) methyltransferase, in complex with S-adenosyl-L-methionine
要素SAM-dependent methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / class I Rossmann-like methyltransferase fold / Methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


: / tRNA (adenine(22)-N1)-methyltransferase activity / methylation
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #1890 / tRNA methyltransferase TrmK / tRNA (adenine(22)-N(1))-methyltransferase / Vaccinia Virus protein VP39 / Helix Hairpins / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYLMETHIONINE / SAM-dependent methyltransferase / SAM-dependent methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Ta, M.H. / Kim, K.K.
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of Streptococcus pneumoniae Sp1610, a putative tRNA (m1A22) methyltransferase in complex with S-adenosyl-L-methionine
著者: Ta, M.H. / Kim, K.K.
履歴
登録2009年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年12月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SAM-dependent methyltransferase
B: SAM-dependent methyltransferase
C: SAM-dependent methyltransferase
D: SAM-dependent methyltransferase
E: SAM-dependent methyltransferase
F: SAM-dependent methyltransferase
G: SAM-dependent methyltransferase
H: SAM-dependent methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)201,32012
ポリマ－199,7268
非ポリマー1,5944
水00
1
A: SAM-dependent methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3642
ポリマ－24,9661
非ポリマー3981
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: SAM-dependent methyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9661
ポリマ－24,9661
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: SAM-dependent methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3642
ポリマ－24,9661
非ポリマー3981
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: SAM-dependent methyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9661
ポリマ－24,9661
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: SAM-dependent methyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9661
ポリマ－24,9661
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: SAM-dependent methyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,9661
ポリマ－24,9661
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
G: SAM-dependent methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3642
ポリマ－24,9661
非ポリマー3981
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
H: SAM-dependent methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3642
ポリマ－24,9661
非ポリマー3981
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.752, 142.752, 148.163
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number143
Space group name H-MP3

-
要素

#1: タンパク質
SAM-dependent methyltransferase / putative tRNA (m1A22) methyltransferase


分子量: 24965.746 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
株: TIGR4 / 遺伝子: SP_1610 / プラスミド: pVFT3S / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: Q97PJ9, UniProt: A0A0H2UR54*PLUS, EC: 2.1.1.36
#2: 化合物
ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.81 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1.6M tri-sodium citrate (pH5.6), pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 67466 / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 22.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOLREP位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3KR9

3kr9


解像度: 3→47.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU B: 18.294 / SU ML: 0.339 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.878 / ESU R Free: 0.417 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.296 3411 5.1 %RANDOM
Rwork0.244 ---
obs0.246 64055 99.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 157.23 Å2 / Biso mean: 83.49 Å2 / Biso min: 20 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.28 Å20.14 Å20 Å2
2--0.28 Å20 Å2
3----0.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→47.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13374 0 108 0 13482
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.02213760
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0811.98618545
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.10851701
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.65725.079630
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.075152579
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.961587
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.130.22142
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0210094
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.280.27323
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3260.29373
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.210.2554
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.4450.2326
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2990.29
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8581.58725
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.495213620
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.21335620
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8054.54925
LS精密化 シェル解像度: 3.001→3.079 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 250 -
Rwork0.332 4764 -
all-5014 -
obs--99.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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