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万見
- PDB-3ksv: Hypothetical protein from Leishmania major -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ksv
タイトルHypothetical protein from Leishmania major
要素Uncharacterized protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / HIT family / Structural Genomics / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium / SGPP
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide metabolic process / catalytic activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2230 / HINT family / Histidine triad (HIT) protein / HIT domain / Histidine triad, conserved site / HIT domain signature. / HIT domain profile. / HIT-like domain / HIT-like / HIT family, subunit A ...Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #2230 / HINT family / Histidine triad (HIT) protein / HIT domain / Histidine triad, conserved site / HIT domain signature. / HIT domain profile. / HIT-like domain / HIT-like / HIT family, subunit A / HIT-like superfamily / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Helix non-globular / Special / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HIT domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Leishmania major (大形リーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Han, G.W. / Merritt, E.A. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Hypothetical protein (HIT family) from Leishmania major
著者: Merritt, E.A. / Le Trong, I. / Han, G.W. / Kalyuzhniy, O. / Mehlin, C. / Van Voorhis, W.C. / Buckner, F.S. / Fan, E. / Zucker, F. / Verlinde, L.M.J. / Hol, W.G.J.
履歴
登録2009年11月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,3072
ポリマ－16,2421
非ポリマー651
水43224
1
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子

A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,6144
ポリマ－32,4832
非ポリマー1312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area6680 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area12340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.628, 67.764, 76.182
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 16241.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: uncleaved
由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア)
遺伝子: LmjF14.0240 / プラスミド: PET14B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 STAR / 参照: UniProt: Q4QFW1
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.17 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 9.2
詳細: protein buffer 25 mM HEPES pH 7.25, 125 mM NaCl; crystallization buffer 0.1 M TRIX/Glycine pH 9.2, 0.2 M MgCl2, 28% PEG 4000, vapor diffusion, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9784 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2003年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9784 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→40 Å / Num. obs: 8847 / % possible obs: 79.5 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Χ2: 1.097 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.9-1.975.80.2295860.949153.8
1.97-2.0560.1896310.929157.1
2.05-2.146.20.1586831.055162.7
2.14-2.256.30.137421.267167.4
2.25-2.396.40.1098331.237176.4
2.39-2.586.60.1078991.179182.5
2.58-2.846.60.0910771.03195.6
2.84-3.2570.08311031.105199.7
3.25-4.096.80.06111291.048199.9
4.09-406.60.04711641.106197.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMACrefmac_5.5.0096精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ削減
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / WRfactor Rfree: 0.24 / WRfactor Rwork: 0.206 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 8.158 / SU ML: 0.095 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.045 / ESU R Free: 0.036 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.226 414 4.7 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.2 8787 79.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 74.71 Å2 / Biso mean: 23.938 Å2 / Biso min: 9.66 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--44.61 Å20 Å20 Å2
2--102.01 Å20 Å2
3----57.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1049 0 1 24 1074
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0221068
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02696
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3111.9551447
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87731722
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1315140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.31225.47642
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.02415181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.983153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2168
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211194
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02188
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5981.5701
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1261.5284
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.15521120
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8693367
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.0644.5327
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9-1.9490.362200.27240982152.253
1.949-2.0020.17170.26641376356.356
2.002-2.060.302130.23543377057.922
2.06-2.1230.289260.21344674663.271
2.123-2.1920.261230.20945071965.786
2.192-2.2690.287240.18844369367.388
2.269-2.3540.253310.21247465776.865
2.354-2.450.215230.18748965378.407
2.45-2.5590.319280.21849262882.803
2.559-2.6830.211200.20854261491.531
2.683-2.8280.26350.21452256498.759
2.828-2.9980.215250.23650353099.623
2.998-3.2040.163210.23148750999.804
3.204-3.4590.247170.209462479100
3.459-3.7870.257260.1842244999.777
3.787-4.2290.206220.17238040599.259
4.229-4.8750.154210.1534036499.176
4.875-5.950.209100.17629330699.02
5.95-8.330.31280.1924025198.805
8.33-41.5620.12540.20813315687.821
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
110.30530.5068-9.844231.62122.7767.88970.06850.655-0.5844-0.9355-0.21752.3730.9314-1.32550.1490.4573-0.2557-0.16740.67240.09370.4599-20.586-15.9152-14.7426
22.39360.1542-0.76840.57310.10633.34940.0896-0.06140.20950.04730.00810.1692-0.2913-0.4781-0.09770.20180.03130.02660.26290.00080.2389-9.0964-11.2446-11.7623
33.39020.12660.77611.44810.54484.65080.0418-0.2001-0.19730.055-0.0037-0.01390.3132-0.0029-0.0380.2035-0.01120.02420.18070.02810.2391-0.9519-19.6741-12.9916
41.65390.5581-1.65420.67170.58095.3184-0.0010.2191-0.1287-0.2124-0.00080.07580.3810.01070.00180.24240.0133-0.01560.295-0.04730.29712.8094-19.9307-33.1398
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 7
2X-RAY DIFFRACTION2A8 - 68
3X-RAY DIFFRACTION3A69 - 109
4X-RAY DIFFRACTION4A110 - 141

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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