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- PDB-3ksc: Crystal structure of pea prolegumin, an 11S seed globulin from Pi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3ksc
タイトルCrystal structure of pea prolegumin, an 11S seed globulin from Pisum sativum L.
要素LegA class
キーワードPLANT PROTEIN / pea prolegumin / 11S seed storage protein / Pisum sativum L. / Seed storage protein / Storage protein
機能・相同性
機能・相同性情報


protein storage vacuole / nutrient reservoir activity / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
11-S seed storage protein, conserved site / 11-S plant seed storage proteins signature. / 11-S seed storage protein, plant / : / Cupin / Cupin 1 / Cupin / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold ...11-S seed storage protein, conserved site / 11-S plant seed storage proteins signature. / 11-S seed storage protein, plant / : / Cupin / Cupin 1 / Cupin / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Legumin A / LegA class
類似検索 - 構成要素
生物種Pisum sativum (マメ科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.606 Å
データ登録者Tandang-Silvas, M.R.G. / Fukuda, T. / Fukuda, C. / Prak, K. / Cabanos, C. / Kimura, A. / Itoh, T. / Mikami, B. / Maruyama, N. / Utsumi, S.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2010
タイトル: Conservation and divergence on plant seed 11S globulins based on crystal structures.
著者: Tandang-Silvas, M.R. / Fukuda, T. / Fukuda, C. / Prak, K. / Cabanos, C. / Kimura, A. / Itoh, T. / Mikami, B. / Utsumi, S. / Maruyama, N.
履歴
登録2009年11月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年4月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年12月11日Group: Database references
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LegA class
B: LegA class
C: LegA class
D: LegA class
E: LegA class
F: LegA class
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)342,91737
ポリマ－340,0116
非ポリマー2,90731
水6,143341
1
A: LegA class
B: LegA class
C: LegA class
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,97924
ポリマ－170,0053
非ポリマー1,97421
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16050 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area38890 Å2
手法PISA
2
D: LegA class
E: LegA class
F: LegA class
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)170,93813
ポリマ－170,0053
非ポリマー93310
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16230 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area39370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.777, 148.441, 149.894
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
51
61

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain A and (resseq 8:88 or resseq 107:175 or resseq 187:235 or resseq 318:487 )
211chain B and (resseq 8:88 or resseq 107:175 or resseq 187:235 or resseq 318:487 )
311chain C and (resseq 8:88 or resseq 107:175 or resseq 187:235 or resseq 318:487 )
411chain D and (resseq 8:88 or resseq 107:175 or resseq 187:235 or resseq 318:487 )
511chain E and (resseq 8:88 or resseq 107:175 or resseq 187:235 or resseq 318:487 )
611chain F and (resseq 8:88 or resseq 107:175 or resseq...

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要素

#1: タンパク質
LegA class / prolegumin


分子量: 56668.484 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (マメ科) / 遺伝子: legA, Plant gene / プラスミド: pET21-d, pEpea11S / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9T0P5, UniProt: P02857*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 341 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 2.0M ammonium sulfate, 0.2M K/Na tartrate, 0.1M sodium citrate pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月24日 / 詳細: Graphite monochromator
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 88747 / Num. obs: 88303 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 39.64 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 15.4
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.467 / Mean I/σ(I) obs: 2.18 / Num. unique all: 8624 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1FXZ

1fxz


解像度: 2.606→49.057 Å / SU ML: 0.32 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2337 4426 5.02 %random
Rwork0.1752 ---
obs0.1781 88213 99.26 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.993 Å2 / ksol: 0.371 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 36.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.6013 Å20 Å20 Å2
2---0.6401 Å20 Å2
3---7.2414 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.39 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.606→49.057 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18033 0 173 341 18547
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00618553
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.98625063
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.4256866
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0682695
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043348
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11A2922X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12B2922X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.757
13C2922X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.813
14D2922X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.809
15E2922X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.714
16F2939X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.712
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.6062-2.63580.33151460.247248590
2.6358-2.66680.31661370.2309270898
2.6668-2.69930.29531390.2154280799
2.6993-2.73350.30931320.2093273499
2.7335-2.76950.26831560.2067275899
2.7695-2.80740.28751590.1982273499
2.8074-2.84750.29121410.1971278599
2.8475-2.890.27641330.1952278599
2.89-2.93520.2731620.1918275799
2.9352-2.98330.26681450.1942757100
2.9833-3.03470.27321470.19532783100
3.0347-3.08990.27391260.1891281799
3.0899-3.14930.2711470.18982781100
3.1493-3.21360.25111480.18472763100
3.2136-3.28340.2711460.1703277899
3.2834-3.35980.23031500.15842795100
3.3598-3.44380.20081560.1559278199
3.4438-3.53690.25691220.15992823100
3.5369-3.64090.20731400.15832814100
3.6409-3.75840.21911660.1562789100
3.7584-3.89270.2181680.15242774100
3.8927-4.04850.19261520.15042824100
4.0485-4.23260.20251350.14772823100
4.2326-4.45560.19071290.13952837100
4.4556-4.73460.17751390.14042846100
4.7346-5.09980.19541480.15332852100
5.0998-5.61230.22691620.16372839100
5.6123-6.42290.23691550.182880100
6.4229-8.08630.21711770.16822869100
8.0863-49.06540.19391630.1964300999

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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