PDB-3ksc: Crystal structure of pea prolegumin, an 11S seed globulin from Pi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ksc

タイトル

Crystal structure of pea prolegumin, an 11S seed globulin from Pisum sativum L.

要素

LegA class

キーワード

PLANT PROTEIN / pea prolegumin / 11S seed storage protein / Pisum sativum L. / Seed storage protein / Storage protein

機能・相同性

機能・相同性情報

nutrient reservoir activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Pisum sativum (エンドウ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.606 Å

データ登録者

Tandang-Silvas, M.R.G. / Fukuda, T. / Fukuda, C. / Prak, K. / Cabanos, C. / Kimura, A. / Itoh, T. / Mikami, B. / Maruyama, N. / Utsumi, S.

引用

ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2010
タイトル: Conservation and divergence on plant seed 11S globulins based on crystal structures.
著者: Tandang-Silvas, M.R. / Fukuda, T. / Fukuda, C. / Prak, K. / Cabanos, C. / Kimura, A. / Itoh, T. / Mikami, B. / Utsumi, S. / Maruyama, N.

履歴

登録	2009年11月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年4月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2013年12月11日	Group: Database references
改定 1.3	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ksc.cif.gz	461.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ksc.ent.gz	379.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ksc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ks/3ksc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ks/3ksc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2d5fC 2d5hC 2e9qC 3kglC 1fxzS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2e9q-1 3qac-1 2d5h-1 1fxz-d 3kgl-1 2d5h-2 1uik-d 3kgl-2 3c3v-2 3s7i-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #22 - 2001年10月光化学系I (Photosystem I) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (1) #95 - 2007年11月多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#22 - 2001年10月
光化学系I (Photosystem I)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#29 - 2002年5月
ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins)
類似性 (1)
#95 - 2007年11月
多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: LegA class

B: LegA class

C: LegA class

D: LegA class

E: LegA class

F: LegA class

ヘテロ分子

343 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: LegA class

B: LegA class

C: LegA class

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
172 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: LegA class

E: LegA class

F: LegA class

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
171 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	129.777, 148.441, 149.894
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1
5	1
6	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain A and (resseq 8:88 or resseq 107:175 or resseq 187:235 or resseq 318:487 )
2	1	1	chain B and (resseq 8:88 or resseq 107:175 or resseq 187:235 or resseq 318:487 )
3	1	1	chain C and (resseq 8:88 or resseq 107:175 or resseq 187:235 or resseq 318:487 )
4	1	1	chain D and (resseq 8:88 or resseq 107:175 or resseq 187:235 or resseq 318:487 )
5	1	1	chain E and (resseq 8:88 or resseq 107:175 or resseq 187:235 or resseq 318:487 )
6	1	1	chain F and (resseq 8:88 or resseq 107:175 or resseq...

#1: タンパク質	LegA class / prolegumin 分子量: 56668.484 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pisum sativum (エンドウ) / 遺伝子: legA, Plant gene / プラスミド: pET21-d, pEpea11S / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9T0P5, UniProt: P02857*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 341 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.05 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 2.0M ammonium sulfate, 0.2M K/Na tartrate, 0.1M sodium citrate pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RIGAKU JUPITER 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月24日 / 詳細: Graphite monochromator
放射	モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 88747 / Num. obs: 88303 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.6 % / B_iso Wilson estimate: 39.64 Å² / R_merge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 15.4
反射シェル	解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 4.7 % / R_merge(I) obs: 0.467 / Mean I/σ(I) obs: 2.18 / Num. unique all: 8624 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.5_2)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1FXZ

1fxz

解像度: 2.606→49.057 Å / SU ML: 0.32 / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.1 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2337	4426	5.02 %	random
R_work	0.1752	-	-	-
obs	0.1781	88213	99.26 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 41.993 Å² / k_sol: 0.371 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.94 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-6.6013 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.6401 Å²	0 Å²
3-	-	-	7.2414 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.39 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.606→49.057 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	18033	0	173	341	18547

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	18553
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.986	25063
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	20.425	6866
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	2695
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	3348

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	A	2922	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	B	2922	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.757
1	3	C	2922	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.813
1	4	D	2922	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.809
1	5	E	2922	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.714
1	6	F	2939	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.712

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.6062-2.6358	0.3315	146	0.247	2485	90
2.6358-2.6668	0.3166	137	0.2309	2708	98
2.6668-2.6993	0.2953	139	0.2154	2807	99
2.6993-2.7335	0.3093	132	0.2093	2734	99
2.7335-2.7695	0.2683	156	0.2067	2758	99
2.7695-2.8074	0.2875	159	0.1982	2734	99
2.8074-2.8475	0.2912	141	0.1971	2785	99
2.8475-2.89	0.2764	133	0.1952	2785	99
2.89-2.9352	0.273	162	0.1918	2757	99
2.9352-2.9833	0.2668	145	0.194	2757	100
2.9833-3.0347	0.2732	147	0.1953	2783	100
3.0347-3.0899	0.2739	126	0.1891	2817	99
3.0899-3.1493	0.271	147	0.1898	2781	100
3.1493-3.2136	0.2511	148	0.1847	2763	100
3.2136-3.2834	0.271	146	0.1703	2778	99
3.2834-3.3598	0.2303	150	0.1584	2795	100
3.3598-3.4438	0.2008	156	0.1559	2781	99
3.4438-3.5369	0.2569	122	0.1599	2823	100
3.5369-3.6409	0.2073	140	0.1583	2814	100
3.6409-3.7584	0.2191	166	0.156	2789	100
3.7584-3.8927	0.218	168	0.1524	2774	100
3.8927-4.0485	0.1926	152	0.1504	2824	100
4.0485-4.2326	0.2025	135	0.1477	2823	100
4.2326-4.4556	0.1907	129	0.1395	2837	100
4.4556-4.7346	0.1775	139	0.1404	2846	100
4.7346-5.0998	0.1954	148	0.1533	2852	100
5.0998-5.6123	0.2269	162	0.1637	2839	100
5.6123-6.4229	0.2369	155	0.18	2880	100
6.4229-8.0863	0.2171	177	0.1682	2869	100
8.0863-49.0654	0.1939	163	0.1964	3009	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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