PDB-3ks7: Crystal structure of Putative Peptide:N-glycosidase F (PNGase F) ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3ks7

タイトル

Crystal structure of Putative Peptide:N-glycosidase F (PNGase F) (YP_210507.1) from Bacteroides fragilis NCTC 9343 at 2.30 A resolution

要素

Putative Putative PNGase F

キーワード

HYDROLASE / Putative Peptide:N-glycosidase F (PNGase F) / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, reduced ascorbate as one donor, and incorporation of one atom of oxygen
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteroides fragilis NCTC 9343 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Putative Peptide:N-glycosidase F (PNGase F) (YP_210507.1) from Bacteroides fragilis NCTC 9343 at 2.30 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2009年11月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年12月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.3	2019年7月17日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2023年2月1日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年11月27日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3ks7.cif.gz	325.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3ks7.ent.gz	263.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3ks7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ks/3ks7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ks/3ks7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4qhb-3 4qhb-2 3nr9-2 3qlv-7 5unp-d 1g1u-d 5bwi-d 3qlv-5 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 393266

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative Putative PNGase F

B: Putative Putative PNGase F

C: Putative Putative PNGase F

D: Putative Putative PNGase F

ヘテロ分子

182 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative Putative PNGase F

B: Putative Putative PNGase F

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering
90.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Putative Putative PNGase F

D: Putative Putative PNGase F

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering
90.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.057, 119.221, 154.314
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	4	A	25 - 415
2	1	1	4	B	25 - 415
3	1	1	4	C	25 - 415
4	1	1	4	D	25 - 415

詳細

ANALYTICAL SIZE EXCULSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF THE DIMER AS A SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION.

#1: タンパク質	Putative Putative PNGase F 分子量: 44731.625 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides fragilis NCTC 9343 (バクテリア) 株: ATCC 25285 / NCTC 9343 / 遺伝子: BF0811 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q5LH31
#2: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物	... ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 456 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	SEQUENCE: THIS CONSTRUCT (RESIDUE 20-415) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. ...SEQUENCE: THIS CONSTRUCT (RESIDUE 20-415) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.88 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 25.0000% polyethylene glycol 3350, 0.2070M ammonium iodide, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.91837,0.97922,0.97876

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月8日 / 詳細: Flat mirror (vertical focusing)

放射

モノクロメーター: Single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.91837	1
2	0.97922	1
3	0.97876	1

反射

解像度: 2.3→29.881 Å / Num. obs: 87284 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 43.391 Å² / R_merge(I) obs: 0.099 / R_sym value: 0.099 / Net I/σ(I): 9.9

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
2.3-2.36	3.8	0.789	1	24125	6398	0.789	99.9
2.36-2.42	3.8	0.702	1.1	23376	6227	0.702	100
2.42-2.49	3.8	0.569	1.3	22829	6071	0.569	99.9
2.49-2.57	3.8	0.486	1.6	22089	5887	0.486	100
2.57-2.66	3.8	0.373	2.1	21570	5732	0.373	99.9
2.66-2.75	3.8	0.304	2.5	20826	5532	0.304	100
2.75-2.85	3.8	0.249	3.1	20014	5327	0.249	100
2.85-2.97	3.8	0.196	3.9	19440	5172	0.196	100
2.97-3.1	3.8	0.16	4.7	18540	4934	0.16	100
3.1-3.25	3.8	0.117	6.4	17820	4746	0.117	100
3.25-3.43	3.7	0.086	8.5	16972	4533	0.086	100
3.43-3.64	3.8	0.068	10.2	15996	4260	0.068	100
3.64-3.89	3.7	0.063	10.8	15156	4046	0.063	99.9
3.89-4.2	3.7	0.059	10.8	13960	3747	0.059	99.9
4.2-4.6	3.7	0.05	12.2	12919	3473	0.05	99.8
4.6-5.14	3.7	0.046	13.6	11739	3155	0.046	99.8
5.14-5.94	3.7	0.049	13.4	10324	2792	0.049	99.6
5.94-7.27	3.7	0.05	13.4	8707	2370	0.05	99.6
7.27-10.29	3.6	0.045	13.6	6730	1862	0.045	99.2
10.29-29.88	3.4	0.041	11.5	3481	1020	0.041	93.9

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0102	精密化
PHENIX		精密化
SHELX		位相決定
MolProbity	3beta29	モデル構築
SCALA	3.2.5	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
MOSFLM		データ削減
SHELXD		位相決定
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.3→29.881 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.33 / SU B: 15.772 / SU ML: 0.17 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.302 / ESU R Free: 0.219
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.237	4375	5 %	RANDOM
R_work	0.201	-	-	-
obs	0.203	87221	99.74 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 89.28 Å² / B_iso mean: 26.071 Å² / B_iso min: 3.44 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.57 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.86 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.71 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→29.881 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12201	0	105	456	12762

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	12741
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	8604
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.052	1.957	17368
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.667	3	20958
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.828	5	1603
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.277	23.916	572
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.251	15	2017
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.274	15	80
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.061	0.2	1913
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	14255
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2581
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.421	1.5	7861
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.073	1.5	3164
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.806	2	12777
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.128	3	4880
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.844	4.5	4569

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 4921 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	MEDIUM POSITIONAL	0.23	0.5
2	B	MEDIUM POSITIONAL	0.28	0.5
3	C	MEDIUM POSITIONAL	0.24	0.5
4	D	MEDIUM POSITIONAL	0.25	0.5
1	A	MEDIUM THERMAL	0.4	2
2	B	MEDIUM THERMAL	0.39	2
3	C	MEDIUM THERMAL	0.37	2
4	D	MEDIUM THERMAL	0.42	2

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.382	307	-
R_work	0.339	6081	-
all	-	6388	-
obs	-	-	99.81 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9406	-0.0606	-0.1389	1.1829	0.0998	1.0091	0.041	-0.0716	-0.107	0.0175	0.0283	-0.1316	0.1069	0.0634	-0.0694	0.0534	-0.0098	-0.0168	0.0187	-0.0169	0.0952	16.0444	-74.9396	-8.3211
2	0.7431	0.2353	-0.1953	1.1936	0.116	0.8989	-0.0504	-0.0393	-0.0429	0.0251	0.0954	-0.1108	-0.0975	-0.0005	-0.045	0.0905	0.0284	0.031	0.0398	-0.0183	0.0396	11.6853	-41.5347	4.5055
3	1.3581	0.4579	-0.2165	0.9604	0.1133	1.0583	0.0791	0.1786	0.0466	0.0083	-0.0254	0.0438	0.0094	0.0352	-0.0537	0.1185	0.0549	0.0094	0.0709	-0.0266	0.0536	45.3454	-80.2759	35.2713
4	1.2666	-0.0659	0.0589	0.8129	0.2027	0.8639	-0.0366	0.1744	0.0372	0.047	0.0393	-0.0328	0.1137	-0.1238	-0.0026	0.085	-0.0783	0.0014	0.108	0.008	0.0122	10.2669	-80.318	42.7981

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	25 - 415
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	26 - 415
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	26 - 415
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	24 - 415

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関連情報:EMDBヘッダ

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