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万見
- PDB-3krm: Imp1 kh34 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3krm
タイトルImp1 kh34
要素Insulin-like growth factor 2 mRNA-binding protein 1
キーワードRNA BINDING PROTEIN / KH domain / Cell projection / Cytoplasm / Nucleus / Phosphoprotein / RNA-binding / Translation regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of mRNA stability involved in response to stress / pallium cell proliferation in forebrain / Insulin-like Growth Factor-2 mRNA Binding Proteins (IGF2BPs/IMPs/VICKZs) bind RNA / CRD-mediated mRNA stability complex / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / CRD-mediated mRNA stabilization / dendrite arborization / neuronal stem cell population maintenance / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / positive regulation of cytoplasmic translation ...regulation of mRNA stability involved in response to stress / pallium cell proliferation in forebrain / Insulin-like Growth Factor-2 mRNA Binding Proteins (IGF2BPs/IMPs/VICKZs) bind RNA / CRD-mediated mRNA stability complex / negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, deadenylation-dependent decay / CRD-mediated mRNA stabilization / dendrite arborization / neuronal stem cell population maintenance / N6-methyladenosine-containing RNA reader activity / positive regulation of cytoplasmic translation / mRNA transport / translation regulator activity / regulation of cytokine production / mRNA 3'-UTR binding / MAPK6/MAPK4 signaling / filopodium / P-body / mRNA 5'-UTR binding / cytoplasmic stress granule / nervous system development / lamellipodium / growth cone / dendritic spine / negative regulation of translation / ribonucleoprotein complex / neuronal cell body / mRNA binding / perinuclear region of cytoplasm / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
TATA-Binding Protein - #210 / IGF2BP1, RNA recognition motif 1 / IGF2BP1, RNA recognition motif 2 / KH domain / K Homology domain, type 1 / TATA-Binding Protein / Type-1 KH domain profile. / K Homology domain, type 1 superfamily / RNA recognition motif / RNA recognition motif ...TATA-Binding Protein - #210 / IGF2BP1, RNA recognition motif 1 / IGF2BP1, RNA recognition motif 2 / KH domain / K Homology domain, type 1 / TATA-Binding Protein / Type-1 KH domain profile. / K Homology domain, type 1 superfamily / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Insulin-like growth factor 2 mRNA-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Chao, J.A. / Singer, R.H. / Almo, S.C. / Patskovsky, Y.
引用ジャーナル: Genes Dev. / 年: 2010
タイトル: ZBP1 recognition of beta-actin zipcode induces RNA looping.
著者: Chao, J.A. / Patskovsky, Y. / Patel, V. / Levy, M. / Almo, S.C. / Singer, R.H.
履歴
登録2009年11月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Insulin-like growth factor 2 mRNA-binding protein 1
B: Insulin-like growth factor 2 mRNA-binding protein 1
C: Insulin-like growth factor 2 mRNA-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,4527
ポリマ－54,0843
非ポリマー3684
水00
1
A: Insulin-like growth factor 2 mRNA-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2123
ポリマ－18,0281
非ポリマー1842
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Insulin-like growth factor 2 mRNA-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2123
ポリマ－18,0281
非ポリマー1842
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Insulin-like growth factor 2 mRNA-binding protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,0281
ポリマ－18,0281
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
B: Insulin-like growth factor 2 mRNA-binding protein 1
ヘテロ分子

A: Insulin-like growth factor 2 mRNA-binding protein 1
C: Insulin-like growth factor 2 mRNA-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,4527
ポリマ－54,0843
非ポリマー3684
水0
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation6_554x-y,x,z-1/61
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4680 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area22430 Å2
手法PISA
5
A: Insulin-like growth factor 2 mRNA-binding protein 1
ヘテロ分子

B: Insulin-like growth factor 2 mRNA-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4246
ポリマ－36,0562
非ポリマー3684
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_554x-y,x,z-1/61
Buried area2590 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area15840 Å2
手法PISA
6
A: Insulin-like growth factor 2 mRNA-binding protein 1
C: Insulin-like growth factor 2 mRNA-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,2404
ポリマ－36,0562
非ポリマー1842
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2500 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area15470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)103.530, 103.530, 131.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65
詳細Gel filtration data that show the protein is monomeric in solution

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要素

#1: タンパク質 Insulin-like growth factor 2 mRNA-binding protein 1 / IGF2 mRNA-binding protein 1 / IMP-1 / IGF-II mRNA-binding protein 1 / Coding region determinant- ...IGF2 mRNA-binding protein 1 / IMP-1 / IGF-II mRNA-binding protein 1 / Coding region determinant-binding protein / CRD-BP / VICKZ family member 1 / Zip code-binding protein 1 / Zipcode-binding protein 1 / ZBP-1


分子量: 18027.838 Da / 分子数: 3 / 断片: residues 404-566 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IGF2BP1, CRDBP, VICKZ1, ZBP1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: Q9NZI8
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.33 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 1.65M Ammonium Citrate, 100mM Tris, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月4日
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→53 Å / Num. obs: 20824 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.7 % / Rmerge(I) obs: 0.064
反射 シェル解像度: 2.75→2.9 Å / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 0.806 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 3010 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称分類
PHASER位相決定
PHENIX精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.75→50 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2386 1043 -RANDOM
Rwork0.1977 ---
all0.1999 20808 --
obs0.1999 20304 5.14 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3626 0 24 0 3650
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.227
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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