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万見
- PDB-3kqg: Trimeric Structure of Langerin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kqg
タイトルTrimeric Structure of Langerin
要素C-type lectin domain family 4 member K
キーワードIMMUNE SYSTEM / trimer / neck and CRD / Coiled coil / Lectin
機能・相同性
機能・相同性情報


Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / D-mannose binding / endocytic vesicle / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / signaling receptor activity / early endosome membrane / carbohydrate binding / defense response to virus / external side of plasma membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
CD209-like, C-type lectin-like domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) ...CD209-like, C-type lectin-like domain / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #170 / C-type lectin, conserved site / C-type lectin domain signature. / Mannose-Binding Protein A; Chain A / Mannose-Binding Protein A, subunit A / Lectin C-type domain / C-type lectin domain profile. / C-type lectin-like / C-type lectin (CTL) or carbohydrate-recognition domain (CRD) / C-type lectin-like/link domain superfamily / C-type lectin fold / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Roll / Up-down Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
C-type lectin domain family 4 member K
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Feinberg, H. / Powlesland, A.S. / Taylor, M.E. / Weis, W.I.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Trimeric structure of langerin.
著者: Feinberg, H. / Powlesland, A.S. / Taylor, M.E. / Weis, W.I.
履歴
登録2009年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-type lectin domain family 4 member K
B: C-type lectin domain family 4 member K
C: C-type lectin domain family 4 member K
D: C-type lectin domain family 4 member K
E: C-type lectin domain family 4 member K
F: C-type lectin domain family 4 member K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,03412
ポリマ－123,7936
非ポリマー2406
水7,332407
1
A: C-type lectin domain family 4 member K
B: C-type lectin domain family 4 member K
C: C-type lectin domain family 4 member K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,0176
ポリマ－61,8973
非ポリマー1203
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5840 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area22750 Å2
手法PISA
2
D: C-type lectin domain family 4 member K
E: C-type lectin domain family 4 member K
F: C-type lectin domain family 4 member K
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,0176
ポリマ－61,8973
非ポリマー1203
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6040 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area22280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.78, 77.46, 85.92
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.42, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
C-type lectin domain family 4 member K / Langerin


分子量: 20632.229 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 147-328 / 変異: V147A,V278A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CD207, CLEC4K / プラスミド: pT5T expression vector / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21/DE3 / 参照: UniProt: Q9UJ71
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 407 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.19 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: Protein solution: 10 mg/ml protein, 10 mM Tris pH 8.0, 25 mM NaCl. Reservoir solution: 15% PEG3350, 0.2M Ammonium chloride., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.92748 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92748 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→85.75 Å / Num. obs: 46977 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 39.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.34 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique all: 6800 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-Iceiceデータ収集
COMO位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: a model from a low resolution data set.

解像度: 2.3→47.958 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2385 2380 5.08 %shells
Rwork0.1821 ---
obs0.1849 46871 99.42 %-
all-46871 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 41.75 Å2 / ksol: 0.319 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→47.958 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7795 0 6 407 8208
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0058122
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.81810947
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.0772849
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0571121
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031398
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.3470.29511190.232543X-RAY DIFFRACTION98
2.347-2.3980.3331190.23892633X-RAY DIFFRACTION99
2.398-2.45380.30461560.23322605X-RAY DIFFRACTION99
2.4538-2.51510.31912010.21952502X-RAY DIFFRACTION99
2.5151-2.58310.28451190.20982617X-RAY DIFFRACTION99
2.5831-2.65910.28471190.20522617X-RAY DIFFRACTION100
2.6591-2.74490.2861190.20392635X-RAY DIFFRACTION99
2.7449-2.8430.271190.20872625X-RAY DIFFRACTION99
2.843-2.95690.30151790.20952578X-RAY DIFFRACTION99
2.9569-3.09140.26921780.20372591X-RAY DIFFRACTION100
3.0914-3.25440.25361190.19412610X-RAY DIFFRACTION100
3.2544-3.45820.26251190.18642642X-RAY DIFFRACTION100
3.4582-3.72510.2421190.16422667X-RAY DIFFRACTION100
3.7251-4.09980.21671190.15732668X-RAY DIFFRACTION100
4.0998-4.69260.16952380.13472531X-RAY DIFFRACTION100
4.6926-5.91050.19651190.1512682X-RAY DIFFRACTION100
5.9105-47.96870.16951190.15712745X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID手法L11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1refined0.8036-0.0902-0.20251.5470.23810.67-0.0025-0.0375-0.00690.18960.0879-0.15040.10650.0548-0.06380.241-0.004-0.030.1288-0.03940.17772.580362.4017104.2724
20.20760.01670.41332.12992.54252.6654-0.03760.096-0.05630.4392-0.07650.42350.65720.08120.11890.4961-0.00920.04940.2303-0.0540.301
31.1787-0.6623-0.85160.94741.1212.282-0.03270.0664-0.01980.0915-0.05070.04230.0109-0.03960.05350.2123-0.01620.02230.10110.00430.1017
40.7638-0.60550.53650.7098-0.22510.83180.04870.0926-0.2877-0.1147-0.09230.5887-0.223-0.16850.06320.1781-0.0476-0.00760.2377-0.0830.3544
50.81510.156-0.84041.5041-0.31370.48330.03380.21170.01840.0233-0.0125-0.05450.1258-0.1361-0.00180.2942-0.0292-0.01170.16140.01830.1017
61.69240.08411.19220.31730.13391.37940.29910.3009-0.24790.1381-0.1075-0.03730.35770.1649-0.15020.38170.001-0.0590.2005-0.0430.2274
71.29330.524-0.72120.9155-0.26891.42250.0688-0.0875-0-0.052-0.13750.011-0.14320.202-0.01680.2356-0.01420.03730.17940.02740.0978
82.27940.30440.08453.7015-0.08510.02680.0162-0.48590.08130.881-0.488-0.0226-0.0211-0.42720.26660.3852-0.13420.04930.4728-0.02450.2026
92.4982-0.86121.57461.1229-0.98421.6078-0.0077-0.2077-0.1673-0.2146-0.020.2934-0.1572-0.26870.01690.25340.0493-0.02950.2767-0.0340.2761
100.0072-0.1241-0.26160.1691-0.36025.42390.17420.03060.0509-0.07580.44040.2263-0.11-1.5095-0.43690.20460.05780.11450.56780.15030.2898
111.9253-0.2483-0.960.9740.5351.73010.20560.0601-0.5522-0.108-0.19230.34050.0618-0.1163-0.04590.2240.0161-0.08470.1032-0.00040.3336
121.94191.12460.0970.86140.25650.17590.3968-0.9146-0.35110.3696-0.578-0.14440.00010.0756-0.14990.4669-0.17870.00040.6540.11870.3096
精密化 TLSグループSelection details: chain F and resid 165:198

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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