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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3kqa | ||||||
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タイトル | MurA dead-end complex with terreic acid | ||||||
![]() | UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / Open enzyme state / inside-out alpha/beta barrel / Cell cycle / Cell division / Cell shape / Cell wall biogenesis/degradation / Peptidoglycan synthesis / TRANSFERASE / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase / UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase activity / UDP-N-acetylgalactosamine biosynthetic process / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell cycle / cell division / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Schonbrunn, E. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The fungal product terreic acid is a covalent inhibitor of the bacterial cell wall biosynthetic enzyme UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase (MurA) . 著者: Han, H. / Yang, Y. / Olesen, S.H. / Becker, A. / Betzi, S. / Schonbrunn, E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 328 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 267.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 481.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 503 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 64.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 89.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44829.406 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: murA, MurA (MurZ), murZ / プラスミド: pET9d / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P33038, UDP-N-acetylglucosamine 1-carboxyvinyltransferase #2: 化合物 | ChemComp-TR9 / ( #3: 化合物 | ChemComp-CA / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | THE UNBOUND FROM OF THE INHIBITOR TR9 IS TERREIC ACID. UPON REACTION WITH PROTEIN IT BINDS ...THE UNBOUND FROM OF THE INHIBITOR TR9 IS TERREIC ACID. UPON REACTION WITH PROTEIN IT BINDS COVALENTLY | 配列の詳細 | ASP67 FORMS AN ISOPEPTIDI | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.96 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 100 mM CaCl2, 100 mM HEPES, pH 7.5, 30% PEG 400, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 93 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年1月15日 / 詳細: mirrors |
放射 | モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.542 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→15 Å / Num. all: 88863 / Num. obs: 88863 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 22.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Net I/σ(I): 23.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.3 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.175 / Mean I/σ(I) obs: 7.9 / Num. unique all: 5612 / Rsym value: 0.079 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1EJC 解像度: 2.25→15 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): -3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→15 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.25→2.39 Å / Rfactor Rfree error: 0.023
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