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- PDB-3kq5: Crystal structure of an uncharacterized protein from Coxiella burnetii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kq5
タイトルCrystal structure of an uncharacterized protein from Coxiella burnetii
要素Hypothetical cytosolic protein
キーワードStructural Genomics / Unknown function / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性Hypothetical protein af1432 - #40 / Putative conjugal transfer nickase/helicase TraI, C-terminal / Putative conjugal transfer nickase/helicase TraI C-term / Hypothetical protein af1432 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Hypothetical cytosolic protein
機能・相同性情報
生物種Coxiella burnetii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Bonanno, J.B. / Freeman, M. / Bain, K.T. / Chang, S. / Ozyurt, S. / Wasserman, S. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of an uncharacterized protein from Coxiella burnetii
著者: Bonanno, J.B. / Freeman, M. / Bain, K.T. / Chang, S. / Ozyurt, S. / Wasserman, S. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C.
履歴
登録2009年11月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32018年11月21日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.42021年2月10日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_ref_seq_dif
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical cytosolic protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,4741
ポリマ－44,4741
非ポリマー00
水1,63991
1
A: Hypothetical cytosolic protein

A: Hypothetical cytosolic protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,9482
ポリマ－88,9482
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area3060 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area31700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)124.245, 41.375, 85.401
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.610, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Hypothetical cytosolic protein


分子量: 44473.824 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Coxiella burnetii (バクテリア) / 遺伝子: CBU_0560 / プラスミド: modified pET26 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q83DY0
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 91 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.4 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 100mM Bis-Tris pH 6.5, 28% PEG 3350, 200mM ammonium acetate, vapor diffusion, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97958 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月8日
放射モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97958 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→29.245 Å / Num. all: 26838 / Num. obs: 25952 / % possible obs: 96.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 20.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rsym value: 0.109 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 2→2.11 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.452 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 3723 / Rsym value: 0.452 / % possible all: 96.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.9データスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
MAR345CCDデータ収集
MOSFLMデータ削減
SHELXCD位相決定
SHELXEモデル構築
MLPHARE位相決定
直接法位相決定
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.952 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / WRfactor Rfree: 0.221 / WRfactor Rwork: 0.19 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.843 / SU B: 9.766 / SU ML: 0.122 / SU R Cruickshank DPI: 0.187 / SU Rfree: 0.157 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.187 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.221 1299 5 %RANDOM
Rwork0.189 ---
obs0.191 25927 96.65 %-
all-26826 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 49.3 Å2 / Biso mean: 24.138 Å2 / Biso min: 3.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.73 Å20 Å2-0.2 Å2
2--3.82 Å20 Å2
3----1.26 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2834 0 0 91 2925
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0222943
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021959
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5631.9634011
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.02334792
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5815367
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.82224.37135
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.49315476
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.4171513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2454
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213267
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02602
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8291.51813
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2321.5725
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.49322918
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.41231130
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8454.51087
LS精密化 シェル解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.278 89 -
Rwork0.255 1802 -
all-1891 -
obs-1802 95.75 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.52930.0305-0.0050.0232-0.05330.59940.03460.00260.02330.0033-0.00870.02410.025-0.0562-0.02580.085-0.0064-0.00410.02990.0020.0856-15.506-6.2013.471
21.50621.1002-0.42322.3112-1.04232.08530.2565-0.36960.10550.2861-0.08910.1522-0.29550.1828-0.16750.1106-0.06270.02890.1539-0.03660.0212-2.237-1.43634.375
31.73280.1055-3.83690.336-0.74213.5956-0.10640.4382-0.3482-0.2043-0.00770.28030.6255-0.06820.11410.14280.0319-0.1530.312-0.14170.362214.7086.33948.981
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A13 - 247
2X-RAY DIFFRACTION2A248 - 333
3X-RAY DIFFRACTION2A362 - 388
4X-RAY DIFFRACTION3A334 - 361

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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