PDB-3kp9: Structure of a bacterial homolog of vitamin K epoxide reductase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3kp9

タイトル

Structure of a bacterial homolog of vitamin K epoxide reductase

要素

VKORC1/thioredoxin domain protein

キーワード

Blood Coagulation / OXIDOREDUCTASE / Warfarin / Disulfide formation

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; メチレン基、メチン基に作用する; ジスルフィドを電子受容体とする / quinone binding / oxidoreductase activity / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Synechococcus sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多重同系置換 / 解像度: 3.6 Å

データ登録者

Li, W. / Schulman, S. / Dutton, R.J. / Boyd, D. / Beckwith, J. / Rapoport, T.A.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2010
タイトル: Structure of a bacterial homologue of vitamin K epoxide reductase.
著者: Li, W. / Schulman, S. / Dutton, R.J. / Boyd, D. / Beckwith, J. / Rapoport, T.A.

履歴

登録	2009年11月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年2月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2021年10月13日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3kp9.cif.gz	58.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3kp9.ent.gz	47.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3kp9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3kp9_validation.pdf.gz	630.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3kp9_full_validation.pdf.gz	642.5 KB	表示
XML形式データ	3kp9_validation.xml.gz	13.4 KB	表示
CIF形式データ	3kp9_validation.cif.gz	16.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kp/3kp9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kp/3kp9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3kp8C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4nv5-2 4nv6-d 5wbs-1 1ksv-d 5he8-1 5wta-4 3dgy-d 5o0m-2 5he8-4 5he8-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (1) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #160 - 2013年4月アクチノマイシン (Actinomycin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #224 - 2018年8月レグマイン (Legumain) 類似性 (1) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1) #238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1) #27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (1) #49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (1) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (1)
#156 - 2012年12月
ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases)
類似性 (1)
#160 - 2013年4月
アクチノマイシン (Actinomycin)
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#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
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#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
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レグマイン (Legumain)
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#225 - 2018年9月
フィターゼ (Phytase)
類似性 (1)
#238 - 2019年10月
リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase)
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バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin)
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炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase)
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#58 - 2004年10月
Gタンパク質 (G Proteins)
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#66 - 2005年6月
カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: VKORC1/thioredoxin domain protein

ヘテロ分子

32.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	136.942, 136.942, 68.480
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	VKORC1/thioredoxin domain protein 分子量: 31668.775 Da / 分子数: 1 / 変異: C56S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechococcus sp. (バクテリア) / 株: JA-2-3B'a(2-13) / 遺伝子: CYB_2278 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2JJF6, EC: 1.1.4.2
#2: 化合物	ChemComp-U10 / UBIQUINONE-10 / Coenzyme Q10 / 2-(3,7,11,15,19,23,27,31,35,39-デカメチルテトラコンタ-2,6,10,14,18,22,(以下略) 分子量: 863.343 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅₉H₉₀O₄
#3: 化合物	ChemComp-HG / MERCURY (II) ION 分子量: 200.590 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 5.85 Å³/Da / 溶媒含有率: 78.985 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7 詳細: 15% PEG1000, 0.2M magnesium chloride, pH 7, EVAPORATION, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 200 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 1.00718 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月20日
放射	プロトコル: MIR / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00718 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.6→118.6 Å / Num. all: 8650 / Num. obs: 8572 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.5.0102 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

多重同系置換 / 解像度: 3.6→44.83 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.861 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.855 / SU B: 44.419 / SU ML: 0.333 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.581 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. Judging from the experimental electron density map, there is density between Cys130 and Cys133, indicative of a disulfide bridge, as well as ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.305	855	10 %	RANDOM
R_work	0.25114	-	-	-
obs	0.25627	7714	99.05 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 55.017 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.74 Å²	1.37 Å²	0 Å²
2-	-	2.74 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.6→44.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1963	0	35	0	1998

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	2051
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.492	1.989	2805
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.79	5	256
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.577	22.206	68
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	22.001	15	299
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.564	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.106	0.2	324
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	1519
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.355	1.5	1283
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.692	2	2056
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.847	3	768
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.443	4.5	749
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 3.6→3.696 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.374	67	-
R_work	0.293	558	-
obs	-	-	96.75 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	46.078	0.5225	-0.4617	15.2841	21.0366	8.2202	0.0983	-2.958	2.3345	0.4986	-0.7731	0.2998	-0.7482	-1.0585	0.6748	2.2956	-1.3821	0.542	2.042	0.5223	1.0831	18.9848	50.9231	12.4686
2	-1.7365	-1.8275	-1.0054	0.7248	2.4627	12.2379	0.3586	0.1278	0.2419	-0.0183	0.6247	-0.6276	2.1193	1.0228	-0.9833	0.8842	-0.3225	-0.2123	1.4523	-0.4603	0.754	40.8754	60.6022	9.7477
3	11.9642	6.7598	-2.241	1.6312	-0.1647	2.5931	-0.5028	1.2689	-0.6467	-0.6585	0.4053	-0.4276	-0.7538	-0.2962	0.0975	1.4677	0.1181	0.1213	1.016	-0.0426	1.518	50.9767	73.6483	16.0345
4	7.4344	2.439	-1.2328	2.0072	1.0314	10.6069	0.1215	0.2352	-0.4932	0.2365	0.0934	0.0945	1.2643	-1.3395	-0.2149	0.5766	-0.6024	-0.112	0.808	0.1032	0.818	32.801	58.6327	22.6571
5	11.334	3.0755	3.806	5.3462	0.2514	6.076	-0.0515	-0.6414	0.3896	0.3344	0.1206	-0.0264	-0.3433	-0.28	-0.0691	0.4952	-0.0531	-0.088	0.4649	-0.0298	1.1823	58.6703	86.0863	23.6554
6	23.6889	-10.9828	3.9082	4.4377	1.5919	16.4774	-1.6816	-0.2654	1.4188	0.7164	0.0549	-0.3331	0.9752	-0.675	1.6267	0.6581	-0.2099	-0.2752	0.6086	-0.0166	1.495	73.3649	85.0948	29.9074

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	16 - 20
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	21 - 44
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	45 - 70
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	71 - 177
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	178 - 272
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	273 - 279

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