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- PDB-3kov: Structure of MEF2A bound to DNA reveals a completely folded MADS-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kov
タイトルStructure of MEF2A bound to DNA reveals a completely folded MADS-box/MEF2 domain that recognizes DNA and recruits transcription co-factors
要素
  • DNA (5'-D(*AP*AP*CP*TP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*AP*GP*T)-3')
  • Myocyte-specific enhancer factor 2A
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / MADS-box/MEF2 domain / transcription co-factors / protein-DNA complex / protein-protein docking / Acetylation / Activator / Alternative splicing / Apoptosis / Developmental protein / Differentiation / Disease mutation / DNA-binding / Isopeptide bond / Neurogenesis / Nucleus / Phosphoprotein / Transcription / Transcription regulation / Ubl conjugation / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ERK5 cascade / ventricular cardiac myofibril assembly / mitochondrion distribution / cardiac conduction / : / muscle organ development / Myogenesis / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / histone acetyltransferase binding / dendrite morphogenesis ...ERK5 cascade / ventricular cardiac myofibril assembly / mitochondrion distribution / cardiac conduction / : / muscle organ development / Myogenesis / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / histone acetyltransferase binding / dendrite morphogenesis / SMAD binding / ERK/MAPK targets / cellular response to calcium ion / positive regulation of D-glucose import / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / histone deacetylase binding / MAPK cascade / heart development / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / DNA-binding transcription factor binding / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein heterodimerization activity / DNA-templated transcription / apoptotic process / chromatin binding / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
SRF-like / Transcription factor, MADS-box / Holliday junction regulator protein family C-terminal / Holliday junction regulator protein family C-terminal repeat / MADS MEF2-like / Transcription factor, MADS-box / Transcription factor, MADS-box superfamily / SRF-type transcription factor (DNA-binding and dimerisation domain) / MADS-box domain signature. / MADS-box domain profile. ...SRF-like / Transcription factor, MADS-box / Holliday junction regulator protein family C-terminal / Holliday junction regulator protein family C-terminal repeat / MADS MEF2-like / Transcription factor, MADS-box / Transcription factor, MADS-box superfamily / SRF-type transcription factor (DNA-binding and dimerisation domain) / MADS-box domain signature. / MADS-box domain profile. / MADS / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Myocyte-specific enhancer factor 2A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Wu, Y. / Dey, R. / Han, A. / Jayathilaka, N. / Philips, M. / Ye, J. / Chen, L.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structure of the MADS-box/MEF2 Domain of MEF2A Bound to DNA and Its Implication for Myocardin Recruitment.
著者: Wu, Y. / Dey, R. / Han, A. / Jayathilaka, N. / Philips, M. / Ye, J. / Chen, L.
履歴
登録2009年11月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myocyte-specific enhancer factor 2A
B: Myocyte-specific enhancer factor 2A
I: Myocyte-specific enhancer factor 2A
J: Myocyte-specific enhancer factor 2A
C: DNA (5'-D(*AP*AP*CP*TP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*AP*GP*T)-3')
K: DNA (5'-D(*AP*AP*CP*TP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*G)-3')
L: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*AP*GP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,3908
ポリマ－58,3908
非ポリマー00
水00
1
A: Myocyte-specific enhancer factor 2A
B: Myocyte-specific enhancer factor 2A
C: DNA (5'-D(*AP*AP*CP*TP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*AP*GP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1954
ポリマ－29,1954
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
I: Myocyte-specific enhancer factor 2A
J: Myocyte-specific enhancer factor 2A
K: DNA (5'-D(*AP*AP*CP*TP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*G)-3')
L: DNA (5'-D(*TP*CP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*AP*GP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1954
ポリマ－29,1954
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)77.801, 77.960, 106.794
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
12
22
13
23

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection details
111chain I
211chain J
112chain I
212chain A
113chain I
213chain B

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

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要素

#1: タンパク質
Myocyte-specific enhancer factor 2A / Serum response factor-like protein 1


分子量: 10628.313 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MEF2A, MEF2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02078
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*CP*TP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*G)-3')


分子量: 3973.635 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*TP*TP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*AP*GP*T)-3')


分子量: 3964.621 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.65 %
結晶化温度: 291 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 4.7
詳細: 50 mM acetic acid, 142mM NaCl, 5mM MgCl2, 10mM CaCl2, 3.3% Glycerol, 22.5% 3K PEG, pH 4.7, hanging drop, temperature 291K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1acetic acid11
2NaCl11
3MgCl211
4CaCl211
5Glycerol11
63K PEG11
7acetic acid12
8NaCl12
9MgCl212
10CaCl212
11Glycerol12
123K PEG12

-
データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: OTHER / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.87→50 Å / Num. obs: 15478 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 30
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obs% possible all
2.87-2.976.90.58599.5
2.97-3.097.10.384100
3.09-3.237.20.223100
3.23-3.47.20.161100
3.4-3.627.20.092100
3.62-3.897.20.06999.7
3.89-4.297.10.04899.9
4.29-4.916.90.03799
4.91-6.186.90.03699.7
6.18-506.40.03498

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→44.054 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU ML: 1.37 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.37 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2786 704 5 %
Rwork0.2207 --
obs0.2238 14094 94.33 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 69.484 Å2 / ksol: 0.306 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 86.824 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.286 Å20 Å20 Å2
2--8.62 Å2-0 Å2
3---16.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→44.054 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2972 1581 0 0 4553
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084778
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2276741
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.531932
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061758
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003586
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11I743X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
12J743X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.048
21I743X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
22A743X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.043
31I743X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL
32B743X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.041
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-3.12390.37351490.30172652X-RAY DIFFRACTION96
3.1239-3.43820.30291480.24762656X-RAY DIFFRACTION96
3.4382-3.93550.29651510.22232686X-RAY DIFFRACTION96
3.9355-4.95720.26761270.1912670X-RAY DIFFRACTION94
4.9572-44.05930.24451290.21112726X-RAY DIFFRACTION91
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 22.3433 Å / Origin y: 32.0434 Å / Origin z: 80.5156 Å
111213212223313233
T0.7517 Å20.0612 Å2-0.2334 Å2-0.6428 Å20.0588 Å2--0.5708 Å2
L0.1714 °20.0448 °2-0.4187 °2-1.5541 °21.2344 °2--1.1831 °2
S-0.0895 Å °-0.0611 Å °-0.0492 Å °0.5618 Å °-0.0846 Å °-0.0046 Å °0.2893 Å °0.3341 Å °0.087 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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