PDB-3koq: Crystal structure of a nitroreductase family protein (cd3355) fro...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3koq

タイトル

Crystal structure of a nitroreductase family protein (cd3355) from clostridium difficile 630 at 1.58 A resolution

要素

NITROREDUCTASE FAMILY PROTEIN

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium difficile (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.58 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of Nitroreductase family protein (YP_001089872.1) from Clostridium difficile 630 at 1.58 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

履歴

登録	2009年11月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年12月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.3	2019年7月17日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: pdbx_distant_solvent_atoms / software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3koq.cif.gz	187.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3koq.ent.gz	147 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3koq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ko/3koq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ko/3koq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3w8k-d 2j63-1 1zkj-d 3emc-d 5hlt-1 1nwt-4 4wbg-d 6sps-d 1ke0-1 1pwe-6 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 391667

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: NITROREDUCTASE FAMILY PROTEIN

B: NITROREDUCTASE FAMILY PROTEIN

C: NITROREDUCTASE FAMILY PROTEIN

D: NITROREDUCTASE FAMILY PROTEIN

ヘテロ分子

92.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: NITROREDUCTASE FAMILY PROTEIN

B: NITROREDUCTASE FAMILY PROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering
46.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: NITROREDUCTASE FAMILY PROTEIN

D: NITROREDUCTASE FAMILY PROTEIN

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering
46.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.369, 87.924, 87.501
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 102.330, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

ANALYTICAL SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A DIMER AS A SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE.

#1: タンパク質	NITROREDUCTASE FAMILY PROTEIN 分子量: 22310.746 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium difficile (バクテリア) 株: 630 / 遺伝子: CD3355 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q180K0
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN 分子量: 456.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 875 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.96 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 20.0000% 2-propanol, 20.0000% polyethylene glycol 4000, 0.1M citric acid pH 5.6, 0.001 M NADH (Nicotinamide-adenine dinucleotide, reduced), NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRL

/ ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.9792

検出器

タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年3月19日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror

放射

モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.58→29.374 Å / Num. obs: 117477 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 14.523 Å² / R_merge(I) obs: 0.123 / R_sym value: 0.123 / Net I/σ(I): 9.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Num. unique all	R_sym value	% possible all
1.58-1.62	3.8	0.75	1.6	32610	8603	0.75	98.7
1.62-1.67	3.8	0.674	1.8	31802	8392	0.674	99.2
1.67-1.71	3.8	0.611	2	30906	8147	0.611	99.1
1.71-1.77	3.8	0.495	2.5	30294	7962	0.495	99.3
1.77-1.82	3.8	0.38	3.4	29514	7750	0.38	99.3
1.82-1.89	3.8	0.317	4.1	28319	7430	0.317	99.6
1.89-1.96	3.8	0.249	5.4	27492	7208	0.249	99.6
1.96-2.04	3.8	0.201	6.8	26534	6952	0.201	99.7
2.04-2.13	3.8	0.171	9	25529	6690	0.171	99.8
2.13-2.23	3.8	0.141	9.9	24388	6388	0.141	99.9
2.23-2.36	3.8	0.13	11.2	23202	6093	0.13	99.9
2.36-2.5	3.8	0.121	12.1	21925	5762	0.121	100
2.5-2.67	3.8	0.106	14.1	20608	5429	0.106	100
2.67-2.88	3.8	0.093	16.6	19239	5065	0.093	100
2.88-3.16	3.8	0.081	19.4	17664	4664	0.081	100
3.16-3.53	3.8	0.069	23.4	15835	4212	0.069	100
3.53-4.08	3.7	0.06	27.1	13962	3726	0.06	100
4.08-5	3.7	0.058	29.7	11763	3180	0.058	100
5-7.07	3.6	0.063	26.3	8940	2451	0.063	100
7.07-29.37	3.5	0.059	29.4	4779	1373	0.059	98.8

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PHENIX		精密化
SOLVE		位相決定
MolProbity	3beta29	モデル構築
SCALA	3.2.5	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.006	データ抽出
MOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.58→29.374 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / SU B: 1.613 / SU ML: 0.059 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.088
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.218	5893	5 %	RANDOM
R_work	0.178	-	-	-
obs	0.18	117448	99.49 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 57.53 Å² / B_iso mean: 15.995 Å² / B_iso min: 2.26 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.1 Å²	0 Å²	0.15 Å²
2-	-	0.23 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.58→29.374 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5524	0	204	875	6603

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	6211
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	4314
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.594	2.021	8459
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.006	3	10607
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.936	5	765
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.626	24.667	270
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.074	15	1152
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.483	15	44
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.097	0.2	934
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	6823
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1133
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	1298
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.207	0.2	4877
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	3061
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.086	0.2	3070
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.159	0.2	732
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.087	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.216	0.2	36
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.188	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.159	3	4105
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.58	3	1445
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.59	5	6095
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.429	8	2783
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.859	11	2364

LS精密化シェル

解像度: 1.58→1.621 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.316	430	-
R_work	0.242	8167	-
all	-	8597	-
obs	-	-	98.53 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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