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- PDB-3kom: Crystal structure of apo transketolase from Francisella tularensis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kom
タイトルCrystal structure of apo transketolase from Francisella tularensis
要素Transketolase
キーワードTRANSFERASE / Rossmann fold / transketolase / CSGID / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases
機能・相同性
機能・相同性情報


transketolase / transketolase activity / pentose-phosphate shunt / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transketolase, bacterial-like / Transketolase family / : / Transketolase-like TK C-terminal domain / Transketolase, N-terminal / : / Transketolase, thiamine diphosphate binding domain / Transketolase signature 1. / Transketolase binding site / Transketolase signature 2. ...Transketolase, bacterial-like / Transketolase family / : / Transketolase-like TK C-terminal domain / Transketolase, N-terminal / : / Transketolase, thiamine diphosphate binding domain / Transketolase signature 1. / Transketolase binding site / Transketolase signature 2. / Transketolase, C-terminal domain / Rossmann fold - #920 / Transketolase-like, pyrimidine-binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain / Transketolase C-terminal/Pyruvate-ferredoxin oxidoreductase domain II / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / Thiamin diphosphate-binding fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Anderson, S.M. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Gordon, E. / Kwon, K. / Savchenko, A. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Crystal structure of apo transketolase from Francisella tularensis
著者: Anderson, S.M. / Wawrzak, Z. / Skarina, T. / Gordon, E. / Kwon, K. / Savchenko, A. / Anderson, W.F.
履歴
登録2009年11月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22011年12月14日Group: Structure summary
改定 1.32017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年10月13日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transketolase
B: Transketolase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,8142
ポリマ－148,8142
非ポリマー00
水23,3291295
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7650 Å2
ΔGint-32.3 kcal/mol
Surface area43510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.49, 109.29, 128.56
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Transketolase


分子量: 74406.969 Da / 分子数: 2 / 変異: W313R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Francisella tularensis subsp. tularensis (バクテリア)
株: SCHU S4 / 遺伝子: tktA, FTT1369c, FTT_1369c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5NF74, transketolase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細AUTHORS STATE THAT MUTATION W313R IS A CLONING ERROR.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.76 % / 解説: The structure factor file contains Friedel pairs
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 30% PEG MME 2000, 200mM Ammonium acetate, 100mM Sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97857 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月23日 / 詳細: Beryllium lens
放射モノクロメーター: C(111) diamond laue / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. all: 309132 / Num. obs: 306041 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Χ2: 1.028 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / 冗長度: 5.7 % / Rmerge(I) obs: 0.626 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 30186 / Χ2: 0.98 / % possible all: 97.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
BLU-MAXデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
CRANK位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→29.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / WRfactor Rfree: 0.205 / WRfactor Rwork: 0.17 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.888 / SU B: 3.474 / SU ML: 0.055 / SU R Cruickshank DPI: 0.09 / SU Rfree: 0.091 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2.6 / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.091 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. The Friedel pairs were used in phasing. 2. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 3. U VALUES: RESIDUAL ONLY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.199 7930 5 %RANDOM
Rwork0.163 ---
all0.165 160642 --
obs0.165 157911 98.3 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 46.94 Å2 / Biso mean: 8.44 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.24 Å20 Å20 Å2
2--0.17 Å2-0 Å2
3---0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→29.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10163 0 0 1295 11458
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.02210622
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3561.94714456
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6651358
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.54124.773484
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.843151797
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1321545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.21567
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0218151
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4091.56576
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.328210624
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.97934046
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.9184.53801
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.64 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 555 -
Rwork0.269 9884 -
all-10439 -
obs-11104 89.08 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.73070.0967-0.00420.99140.26720.2438-0.02930.0985-0.01070.00020.0242-0.0120.0226-0.00210.00510.1699-0.0025-0.00350.06170.01690.09414.26726.7362.665
21.96570.19590.58721.06330.56660.6542-0.05350.4628-0.095-0.06050.0767-0.07430.0150.2043-0.02310.1805-0.01790.01880.14830.00710.090520.41719.077-5.713
30.2984-0.551-0.2321.70110.32990.251-0.075-0.0951-0.05160.25930.03240.10870.1154-0.01330.04260.3171-0.01980.02570.11780.01650.08940.48137.95227.458
40.4456-0.1323-0.1340.74530.09560.44580.0282-0.02260.04510.0706-0.03340.0779-0.0389-0.07370.00520.1863-0.00050.01080.0654-0.01730.0798-4.35658.11515.129
50.60490.23910.10831.05920.28940.41430.0524-0.06120.04010.04630.0044-0.1678-0.05630.0374-0.05680.1881-0.01920.01080.0628-0.00270.159830.76766.9679.039
61.01590.16650.62562.2642-0.08530.9680.0077-0.14180.0460.34260.0695-0.35880.05520.0027-0.07720.21890.0145-0.06210.0829-0.01720.261137.54954.90814.758
71.0620.09790.21960.47710.34310.4983-0.00630.13210.06-0.11320.0454-0.1228-0.13690.1075-0.03910.2653-0.03850.05210.05550.02310.134626.67568.885-6.458
80.51330.07740.23830.5407-0.08230.4491-0.01480.06820.0158-0.14110.02250.0268-0.0196-0.0506-0.00760.21140.0086-0.00810.0765-0.00150.07320.72456.907-13.255
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 212
2X-RAY DIFFRACTION2A213 - 301
3X-RAY DIFFRACTION3A302 - 390
4X-RAY DIFFRACTION4A391 - 663
5X-RAY DIFFRACTION5B1 - 196
6X-RAY DIFFRACTION6B197 - 265
7X-RAY DIFFRACTION7B266 - 389
8X-RAY DIFFRACTION8B390 - 663

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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