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- PDB-3knu: Crystal structure of tRNA (guanine-N1)-methyltransferase from Ana... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3knu
タイトルCrystal structure of tRNA (guanine-N1)-methyltransferase from Anaplasma phagocytophilum
要素tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / NIAID / SSGCID / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / tRNA methyl transferase / protein knot / trefoil knot / RNA-binding protein / Methyltransferase / S-adenosyl-L-methionine / tRNA processing
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA (guanine37-N1)-methyltransferase / tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase activity / tRNA modification / methylation / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
tRNA(m1g37)methyltransferase, domain 2 / Trp Operon Repressor; Chain A / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, bacteria / tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase, C-terminal domain superfamily / tRNA methyltransferase TRMD/TRM10-type domain / tRNA (Guanine-1)-methyltransferase / SPOUT methyltransferase, trefoil knot domain / Alpha/beta knot / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases ...tRNA(m1g37)methyltransferase, domain 2 / Trp Operon Repressor; Chain A / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, bacteria / tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase, C-terminal domain superfamily / tRNA methyltransferase TRMD/TRM10-type domain / tRNA (Guanine-1)-methyltransferase / SPOUT methyltransferase, trefoil knot domain / Alpha/beta knot / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Anaplasma phagocytophilum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of tRNA (guanine-N1)-methyltransferase from Anaplasma phagocytophilum
著者: Edwards, T.E. / Abendroth, J. / Stahl, G. / Sankaran, B. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
履歴
登録2009年11月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Refinement description ...Advisory / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年9月6日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase
B: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase
C: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase
D: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,3044
ポリマ－112,3044
非ポリマー00
水6,053336
1
A: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase
B: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,1522
ポリマ－56,1522
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5910 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area16960 Å2
手法PISA
2
C: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase
D: tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,1522
ポリマ－56,1522
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5970 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area17220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.291, 104.304, 99.105
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A0 - 212
2114B0 - 212
3114C0 - 212
4114D0 - 212

-
要素

#1: タンパク質
tRNA (guanine-N(1)-)-methyltransferase / M1G-methyltransferase / tRNA [GM37] methyltransferase


分子量: 28075.984 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Anaplasma phagocytophilum (バクテリア)
株: HZ / 遺伝子: trmD, APH_1267 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2GIL5, EC: 2.1.1.31
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 336 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.75 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4
詳細: 21.0 mg/mL protein, expression tag not cleaved prior to crystallization; 0.1 M Na citrate pH 4.0, 8% PEG 3350, 10% glycerol, crystal tracking ID 205756f1 and q1x5b1-7, VAPOR DIFFUSION, ...詳細: 21.0 mg/mL protein, expression tag not cleaved prior to crystallization; 0.1 M Na citrate pH 4.0, 8% PEG 3350, 10% glycerol, crystal tracking ID 205756f1 and q1x5b1-7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.9774 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9774 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 52092 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Χ2: 1.009 / Net I/σ(I): 30.95
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.584 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 5115 / Χ2: 1.05 / % possible all: 99.9

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3IEF

3ief


解像度: 2.25→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / WRfactor Rfree: 0.219 / WRfactor Rwork: 0.193 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.787 / SU B: 11.078 / SU ML: 0.125 / SU R Cruickshank DPI: 0.241 / SU Rfree: 0.193 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.241 / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 2645 5.1 %RANDOM
Rwork0.203 ---
obs0.205 51937 99.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 59.46 Å2 / Biso mean: 25.526 Å2 / Biso min: 3.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.65 Å20 Å20 Å2
2--0.22 Å20 Å2
3----0.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6003 0 0 336 6339
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0226175
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2951.9648395
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0915785
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.33523.623265
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.53315991
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7631544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2955
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0214690
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.831.53897
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.54126284
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.17432278
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4844.52106
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 1447 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
AMEDIUM POSITIONAL0.220.5
BMEDIUM POSITIONAL0.210.5
CMEDIUM POSITIONAL0.240.5
DMEDIUM POSITIONAL0.230.5
AMEDIUM THERMAL0.672
BMEDIUM THERMAL0.552
CMEDIUM THERMAL0.762
DMEDIUM THERMAL0.682
LS精密化 シェル解像度: 2.248→2.306 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.305 212 -
Rwork0.24 3531 -
all-3743 -
obs--98.6 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1425-1.21010.341.3986-0.1990.3132-0.0731-0.08970.05160.16290.04980.0067-0.10470.00910.02330.12620.00280.00260.06210.01680.021833.410534.646318.6123
21.6414-1.2210.21711.9917-0.3240.3477-0.01140.1038-0.0128-0.0147-0.0084-0.1016-0.02670.03550.01980.0681-0.0083-0.0160.0832-0.0020.016938.110429.40566.212
32.1526-1.23590.23721.8084-0.16110.467-0.00350.10760.1540.1175-0.0223-0.0292-0.08930.03430.02580.125-0.0121-0.00620.06080.02070.017132.951541.000168.4504
41.6517-1.23170.23172.2137-0.33540.29520.02270.26270.0196-0.1131-0.0445-0.0988-0.04040.06110.02180.10760.0072-0.0220.1852-0.010.014238.010536.356456.0247
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 211
2X-RAY DIFFRACTION1A233 - 322
3X-RAY DIFFRACTION2B0 - 211
4X-RAY DIFFRACTION2B233 - 330
5X-RAY DIFFRACTION3C0 - 210
6X-RAY DIFFRACTION3C233 - 334
7X-RAY DIFFRACTION4D1 - 212
8X-RAY DIFFRACTION4D233 - 336

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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