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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3knf | ||||||
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タイトル | Crystal structure of D-Tyr-tRNA(Tyr) deacylase from Plasmodium falciparum | ||||||
要素 | D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / D-AMINO ACID / DEACYLASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Gly-tRNA(Ala) hydrolase activity / D-tyrosyl-tRNA(Tyr) deacylase activity / D-aminoacyl-tRNA deacylase / tRNA metabolic process / tRNA binding / nucleotide binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3 Å | ||||||
データ登録者 | Manickam, Y. / Bhatt, T.K. / Sharma, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010 タイトル: Ligand-bound Structures Provide Atomic Snapshots for the Catalytic Mechanism of D-Amino Acid Deacylase 著者: Bhatt, T.K. / Yogavel, M. / Wydau, S. / Berwal, R. / Sharma, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3knf.cif.gz | 187.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3knf.ent.gz | 152.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3knf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3knf_validation.pdf.gz | 462 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3knf_full_validation.pdf.gz | 509.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3knf_validation.xml.gz | 37.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3knf_validation.cif.gz | 51.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kn/3knf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kn/3knf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19233.084 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 株: 3D7 / 遺伝子: dtd / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) 参照: UniProt: Q8IIS0, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.22 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 25% PEG 3350, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2008年4月7日 / 詳細: Mirrors |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3→50 Å / Num. obs: 18085 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.108 |
反射 シェル | 解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.563 / Num. unique all: 1777 / % possible all: 96.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PfDTD-Iodide model (not deposited) 解像度: 3→50 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3→50 Å
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拘束条件 |
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