ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 | NB |
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MOSFLM | | データ削減 | | SCALA | 3.3.9データスケーリング | | PHASER | 2.1.4位相決定 | | REFMAC | | 精密化 | | PDB_EXTRACT | 3.005 | データ抽出 | | MAR345 | CCDデータ収集 | | | | |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→36.3 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / WRfactor Rfree: 0.232 / WRfactor Rwork: 0.184 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.762 / SU B: 9.838 / SU ML: 0.19 / SU R Cruickshank DPI: 0.31 / SU Rfree: 0.237 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.31 / ESU R Free: 0.237 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: The Friedel pairs were used in phasing
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.232 | 114 | 4.4 % | RANDOM |
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Rwork | 0.184 | - | - | - |
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obs | 0.187 | 2574 | 98.02 % | - |
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK |
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原子変位パラメータ | Biso max: 83.75 Å2 / Biso mean: 61.046 Å2 / Biso min: 37.01 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | 4.49 Å2 | 2.24 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 4.49 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | -6.73 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→36.3 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 0 | 341 | 2 | 47 | 390 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | Dev ideal target | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | r_bond_refined_d0.018 | 0.021 | 396 | X-RAY DIFFRACTION | r_angle_refined_deg2.247 | 2.972 | 617 | X-RAY DIFFRACTION | r_chiral_restr0.12 | 0.2 | 63 | X-RAY DIFFRACTION | r_gen_planes_refined0.01 | 0.017 | 199 | X-RAY DIFFRACTION | r_mcbond_it0.108 | 1.5 | 1 | X-RAY DIFFRACTION | r_scbond_it2.812 | 3 | 392 | X-RAY DIFFRACTION | r_scangle_it4.317 | 4.5 | 605 | | | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.57 Å / Total num. of bins used: 20
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.733 | 9 | - |
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Rwork | 0.379 | 169 | - |
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all | - | 178 | - |
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obs | - | - | 97.27 % |
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