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- PDB-3km5: Crystal Structure Analysis of the K2 Cleaved Adhesin Domain of Ly... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3km5
タイトルCrystal Structure Analysis of the K2 Cleaved Adhesin Domain of Lys-gingipain (Kgp)
要素Lysine specific cysteine protease
キーワードCELL INVASION / beta jelly roll barrel / cleaved adhesin family / LYS-gingipain / hemagglutination domain
機能・相同性
機能・相同性情報


gingipain K / hemolysis in another organism / : / cysteine-type peptidase activity / cysteine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Cleaved adhesin / Peptidase C25, gingipain, C-terminal / Cleaved Adhesin Domain / Domain of unknown function (DUF2436) / Peptidase C25, Ig-like domain / Gingipain propeptide / Gingipain, N-terminal superfamily / Gingipain propeptide superfamily / Gingipain, N-terminal / Peptidase family C25, C terminal ig-like domain ...Cleaved adhesin / Peptidase C25, gingipain, C-terminal / Cleaved Adhesin Domain / Domain of unknown function (DUF2436) / Peptidase C25, Ig-like domain / Gingipain propeptide / Gingipain, N-terminal superfamily / Gingipain propeptide superfamily / Gingipain, N-terminal / Peptidase family C25, C terminal ig-like domain / Propeptide_C25 / Gingipain / Peptidase family C25 / Caspase-like domain superfamily / Jelly Rolls - #200 / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type III / Jelly Rolls / Immunoglobulin-like fold / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / Lys-gingipain W83 / Hemagglutinin A
類似検索 - 構成要素
生物種Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Li, N. / Collyer, C.A. / Hunter, N.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2010
タイトル: Structure determination and analysis of a haemolytic gingipain adhesin domain from Porphyromonas gingivalis
著者: Li, N. / Yun, P. / Nadkarni, M.A. / Ghadikolaee, N.B. / Nguyen, K.-A. / Lee, M. / Hunter, N. / Collyer, C.A.
履歴
登録2009年11月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年3月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine specific cysteine protease
B: Lysine specific cysteine protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,24710
ポリマ－38,7742
非ポリマー4728
水5,477304
1
A: Lysine specific cysteine protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6255
ポリマ－19,3871
非ポリマー2384
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Lysine specific cysteine protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6215
ポリマ－19,3871
非ポリマー2344
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)29.911, 59.858, 85.672
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.230, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Lysine specific cysteine protease


分子量: 19387.150 Da / 分子数: 2 / 断片: K2 cleaved adhesin domain, residues 1157-1334 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
株: W83 / 遺伝子: kgp / プラスミド: pET32 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O52050, UniProt: P59915*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 312分子

#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 304 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.64 % / Mosaicity: 1.049 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 2.0M Ammonium sulfate, 0.2M Ammonium nitrate, 0.1M Na citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAustralian Synchrotron MX110.95667
シンクロトロンAPS 23-ID-B20.97949, 0.97962, 0.94947
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 210r1CCD2008年7月15日
MARMOSAIC 300 mm CCD2CCD2008年2月24日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.956671
20.979491
30.979621
40.949471
反射解像度: 1.4→17 Å / Num. obs: 56082 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Χ2: 0.998 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.4-1.423.60.26628640.99396
1.42-1.453.60.25627811.00495.5
1.45-1.483.60.23527831.00494.8
1.48-1.513.60.21627710.99494.3
1.51-1.543.60.1927471.00693.6
1.54-1.583.60.16727890.99493.6
1.58-1.623.60.1526950.99393.1
1.62-1.663.50.13627801.00392.6
1.66-1.713.60.11827000.99692.6
1.71-1.763.50.10527450.99392.3
1.76-1.833.60.09926651.00891.8
1.83-1.93.50.08127340.99592
1.9-1.993.50.06827340.99892.1
1.99-2.093.50.0627410.99892.6
2.09-2.223.40.05727961.00194.7
2.22-2.393.40.05328730.99396.9
2.39-2.633.60.0529301.00699.1
2.63-3.013.80.04629911.00199.8
3.01-3.7940.04329670.98599.7
3.79-173.80.04229960.99898.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.5.0063精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
Blu-Iceデータ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHELXCD位相決定
SHELXEモデル構築
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.4→15.32 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / SU B: 1.041 / SU ML: 0.042 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.072 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.208 2829 5 %RANDOM
Rwork0.175 ---
obs0.177 56068 94.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 44.59 Å2 / Biso mean: 14.589 Å2 / Biso min: 5.7 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.67 Å20 Å2-0.06 Å2
2--0.79 Å20 Å2
3----0.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→15.32 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2646 0 23 304 2973
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0212756
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021726
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4921.9243764
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86734209
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.9155359
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.25824.754122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.14515378
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.482156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2406
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023186
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02586
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.77321749
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6012732
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.46132778
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.97941007
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0166981
LS精密化 シェル解像度: 1.401→1.437 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 183 -
Rwork0.208 3876 -
all-4059 -
obs--94.22 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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