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- PDB-3klt: Crystal structure of a vimentin fragment -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3klt
タイトルCrystal structure of a vimentin fragment
要素Vimentin
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / 2A / L2 / alpha-helix / coiled-coil / parallel helices / Coiled coil / Intermediate filament / vimentin
機能・相同性
機能・相同性情報


keratin filament binding / lens fiber cell development / intermediate filament organization / cellular response to muramyl dipeptide / structural constituent of eye lens / astrocyte development / intermediate filament cytoskeleton / Striated Muscle Contraction / intermediate filament / RHOBTB1 GTPase cycle ...keratin filament binding / lens fiber cell development / intermediate filament organization / cellular response to muramyl dipeptide / structural constituent of eye lens / astrocyte development / intermediate filament cytoskeleton / Striated Muscle Contraction / intermediate filament / RHOBTB1 GTPase cycle / cell leading edge / microtubule organizing center / Bergmann glial cell differentiation / positive regulation of collagen biosynthetic process / Caspase-mediated cleavage of cytoskeletal proteins / phagocytic vesicle / regulation of mRNA stability / Late endosomal microautophagy / structural constituent of cytoskeleton / cellular response to type II interferon / nuclear matrix / Chaperone Mediated Autophagy / neuron projection development / Aggrephagy / peroxisome / double-stranded RNA binding / negative regulation of neuron projection development / cellular response to lipopolysaccharide / scaffold protein binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / molecular adaptor activity / cytoskeleton / protein domain specific binding / axon / focal adhesion / positive regulation of gene expression / extracellular exosome / identical protein binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Single helix bin / Intermediate filament head, DNA-binding domain / : / Intermediate filament head (DNA binding) region / Intermediate filament protein, conserved site / Intermediate filament protein / Intermediate filament (IF) rod domain signature. / Intermediate filament, rod domain / Intermediate filament (IF) rod domain profile. / Intermediate filament protein ...Single helix bin / Intermediate filament head, DNA-binding domain / : / Intermediate filament head (DNA binding) region / Intermediate filament protein, conserved site / Intermediate filament protein / Intermediate filament (IF) rod domain signature. / Intermediate filament, rod domain / Intermediate filament (IF) rod domain profile. / Intermediate filament protein / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / SAMARIUM (III) ION / Vimentin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Nicolet, S. / Strelkov, S.V.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2010
タイトル: Atomic structure of vimentin coil 2.
著者: Nicolet, S. / Herrmann, H. / Aebi, U. / Strelkov, S.V.
履歴
登録2009年11月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Vimentin
B: Vimentin
C: Vimentin
D: Vimentin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,28219
ポリマ－33,2044
非ポリマー2,07715
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9020 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area18530 Å2
手法PISA
2
A: Vimentin
B: Vimentin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5928
ポリマ－16,6022
非ポリマー9906
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1930 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area11800 Å2
手法PISA
3
C: Vimentin
D: Vimentin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,69011
ポリマ－16,6022
非ポリマー1,0889
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1760 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area12060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.200, 30.100, 82.980
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.71, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Vimentin


分子量: 8301.084 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 263-334 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VIM / プラスミド: pET-TEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21(DE3) / 参照: UniProt: P08670

-
非ポリマー , 8種, 22分子

#2: 化合物 ChemComp-P33 / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL / HEPTAETHYLENE GLYCOL / PEG330 / ヘプタエチレングリコ-ル


分子量: 326.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-SM / SAMARIUM (III) ION


分子量: 150.360 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Sm
#4: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.95 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 27% PEG monoethylether 550, 27mM CaCl2, 7.5% (v/v) glycerol, 10mM DTT , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.0720, 1.8449, 1.8457
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年7月12日
放射モノクロメーター: Bartels Monochromator with dual channel cut crystals (DCCM)
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.0721
21.84491
31.84571
反射解像度: 2.6→44.44 Å / Num. obs: 15461 / % possible obs: 95.5 % / Observed criterion σ(F): 2.8 / Observed criterion σ(I): 2.8 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 77.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rsym value: 0.039 / Net I/σ(I): 15.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MAR345dtbデータ収集
SHARP位相決定
PHENIX(phenix.refine)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.7→40.473 Å / SU ML: 0.94 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 36.77 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3311 909 5.88 %RANDOM
Rwork0.291 ---
obs0.2935 9176 94.48 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 43.795 Å2 / ksol: 0.33 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.1915 Å20 Å21.8148 Å2
2---1.7878 Å20 Å2
3----4.9333 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→40.473 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2290 0 102 7 2399
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022404
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.3693199
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.511954
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.026339
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.001421
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.7001-2.86920.39541450.3513224589
2.8692-3.09070.3741790.3293240394
3.0907-3.40150.38711110.3063248695
3.4015-3.89340.29951240.2623248496
3.8934-4.90390.29711730.2483248797
4.9039-40.47790.32021770.2971244797

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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