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万見
- PDB-3kl8: CaMKIINtide Inhibitor Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kl8
タイトルCaMKIINtide Inhibitor Complex
要素
  • Calcium/calmodulin dependent protein kinase II
  • Calcium/calmodulin-dependent protein kinase II inhibitor 1
キーワードTRANSFERASE/ TRANSFERASE INHIBITOR / CaMKII / CaMKIINtide / ATP-binding / Kinase / Nucleotide-binding / Serine/threonine-protein kinase / Cell junction / Cell membrane / Membrane / Postsynaptic cell membrane / Protein kinase inhibitor / Synapse / Synaptosome / TRANSFERASE- TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


medium-term memory / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / Ion transport by P-type ATPases / Ion homeostasis / Ca2+ pathway / HSF1-dependent transactivation / calcium-dependent protein kinase inhibitor activity / negative regulation of cyclin-dependent protein kinase activity / serotonin biosynthetic process / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase ...medium-term memory / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / Ion transport by P-type ATPases / Ion homeostasis / Ca2+ pathway / HSF1-dependent transactivation / calcium-dependent protein kinase inhibitor activity / negative regulation of cyclin-dependent protein kinase activity / serotonin biosynthetic process / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / positive regulation of systemic arterial blood pressure / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / protein kinase inhibitor activity / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / negative regulation of cell cycle / calcium ion homeostasis / axon cytoplasm / negative regulation of proteolysis / negative regulation of protein kinase activity / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / MAPK cascade / chemical synaptic transmission / perikaryon / transmembrane transporter binding / calmodulin binding / postsynaptic density / neuron projection / negative regulation of cell population proliferation / protein serine kinase activity / neuronal cell body / synapse / dendrite / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Calcium/calmodulin-dependent protein kinase II inhibitor / Calcium/calmodulin-dependent protein kinase II inhibitor / Calcium/calmodulin-dependent protein kinase II, association-domain / Calcium/calmodulin dependent protein kinase II association domain / NTF2-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 ...Calcium/calmodulin-dependent protein kinase II inhibitor / Calcium/calmodulin-dependent protein kinase II inhibitor / Calcium/calmodulin-dependent protein kinase II, association-domain / Calcium/calmodulin dependent protein kinase II association domain / NTF2-like domain superfamily / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II / Calcium/calmodulin-dependent protein kinase II inhibitor 1 / Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.372 Å
データ登録者Kuriyan, J. / Chao, L.H. / Pellicena, P. / Deindl, S. / Barclay, L.A. / Schulman, H.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Intersubunit capture of regulatory segments is a component of cooperative CaMKII activation.
著者: Chao, L.H. / Pellicena, P. / Deindl, S. / Barclay, L.A. / Schulman, H. / Kuriyan, J.
履歴
登録2009年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_sheet
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_sheet.number_strands
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium/calmodulin dependent protein kinase II
B: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase II inhibitor 1
C: Calcium/calmodulin dependent protein kinase II
D: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase II inhibitor 1
E: Calcium/calmodulin dependent protein kinase II
F: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase II inhibitor 1
G: Calcium/calmodulin dependent protein kinase II
H: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase II inhibitor 1
I: Calcium/calmodulin dependent protein kinase II
J: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase II inhibitor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,32110
ポリマ－162,32110
非ポリマー00
水1,38777
1
A: Calcium/calmodulin dependent protein kinase II

D: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase II inhibitor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4642
ポリマ－32,4642
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y+1/2,-z1
Buried area2040 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area13610 Å2
手法PISA
2
I: Calcium/calmodulin dependent protein kinase II

B: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase II inhibitor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4642
ポリマ－32,4642
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_545x,y-1,z1
Buried area2160 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area13280 Å2
手法PISA
3
C: Calcium/calmodulin dependent protein kinase II
H: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase II inhibitor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4642
ポリマ－32,4642
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2100 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area13460 Å2
手法PISA
4
E: Calcium/calmodulin dependent protein kinase II

J: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase II inhibitor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4642
ポリマ－32,4642
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_756-x+2,y+1/2,-z+11
Buried area1960 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area13520 Å2
手法PISA
5
F: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase II inhibitor 1
G: Calcium/calmodulin dependent protein kinase II


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4642
ポリマ－32,4642
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2120 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area13490 Å2
手法PISA
6
B: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase II inhibitor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,0091
ポリマ－2,0091
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
7
D: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase II inhibitor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,0091
ポリマ－2,0091
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
8
J: Calcium/calmodulin-dependent protein kinase II inhibitor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,0091
ポリマ－2,0091
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.410, 83.080, 145.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.93, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11D
21A
31B
41C
51E
12D
22A
32B
42C
52E

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111chain D and (resseq 6:6 or resseq 8:21 or resseq 25:49 or resseq 51:271 )D6
121chain D and (resseq 6:6 or resseq 8:21 or resseq 25:49 or resseq 51:271 )D8 - 21
131chain D and (resseq 6:6 or resseq 8:21 or resseq 25:49 or resseq 51:271 )D25 - 49
141chain D and (resseq 6:6 or resseq 8:21 or resseq 25:49 or resseq 51:271 )D51 - 271
211chain A and (resseq 9:9 or resseq 11:18 or resseq 27:272 )A9
221chain A and (resseq 9:9 or resseq 11:18 or resseq 27:272 )A11 - 18
231chain A and (resseq 9:9 or resseq 11:18 or resseq 27:272 )A27 - 272
311chain B and (resseq 8:19 or resseq 25:46 or resseq 52:272 )B8 - 19
321chain B and (resseq 8:19 or resseq 25:46 or resseq 52:272 )B25 - 46
331chain B and (resseq 8:19 or resseq 25:46 or resseq 52:272 )B52 - 272
411chain C and (resseq 8:18 or resseq 25:45 or resseq 51:272 )C8 - 18
421chain C and (resseq 8:18 or resseq 25:45 or resseq 51:272 )C25 - 45
431chain C and (resseq 8:18 or resseq 25:45 or resseq 51:272 )C51 - 272
511chain E and (resseq 6:6 or resseq 8:21 or resseq 25:46 or resseq 55:272 )E6
521chain E and (resseq 6:6 or resseq 8:21 or resseq 25:46 or resseq 55:272 )E8 - 21
531chain E and (resseq 6:6 or resseq 8:21 or resseq 25:46 or resseq 55:272 )E25 - 46
541chain E and (resseq 6:6 or resseq 8:21 or resseq 25:46 or resseq 55:272 )E55 - 272
112chain D and (resseq 282:295 )D282 - 295
212chain A and (resseq 281:298 )A281 - 298
312chain B and (resseq 281:296 )B281 - 296
412chain C and (resseq 281:297 )C281 - 297
512chain E and (resseq 282:298 )E282 - 298

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
Calcium/calmodulin dependent protein kinase II


分子量: 30454.711 Da / 分子数: 5 / 変異: N130D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: unc-43, K11E8.1, K11E8.1d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9U6Q0, UniProt: O62305*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド
Calcium/calmodulin-dependent protein kinase II inhibitor 1 / calcium/calmodulin-dependent protein kinase II inhibitor alpha / CaM-KIINalpha / CaMKIINalpha


分子量: 2009.489 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Camk2n1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9JI15
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 20% 2-methyl-2,4-pentanediol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→83.1 Å / Num. all: 21895 / Num. obs: 21523 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 3.4→3.6 Å / % possible all: 98.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLM3.3.9データ削減
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.372→71.708 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.775 / SU ML: 2.46 / σ(F): 0.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.281 1809 8.4 %RANDOM
Rwork0.23 ---
obs0.234 21523 89.49 %-
all-21523 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.658 Å2 / ksol: 0.317 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 158.02 Å2 / Biso mean: 75.503 Å2 / Biso min: 18.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-17.454 Å20 Å2-1.642 Å2
2---2.433 Å20 Å2
3----15.021 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.372→71.708 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10884 0 0 77 10961
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00811196
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.10115168
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071668
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041943
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.5384088
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDタイプRms dev position (Å)
11D2005X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.059
12A2005X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.059
13B2017X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.047
14C2026X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.046
15E2005X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.05
21D111X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.043
22A111X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.043
23B111X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.048
24C111X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.059
25E111X-RAY DIFFRACTIONPOSITIONAL0.048
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.372-3.4630.4371060.3331225133171
3.463-3.5650.4271170.3071274139178
3.565-3.680.3271230.2691348147180
3.68-3.8120.2731390.2391417155684
3.812-3.9640.3161280.2181438156686
3.964-4.1450.2741320.2251494162689
4.145-4.3630.2781450.2061562170793
4.363-4.6370.2311560.1961620177696
4.637-4.9950.261490.2021623177296
4.995-5.4970.2581530.2121644179797
5.497-6.2920.3191510.2341621177296
6.292-7.9260.241540.2161691184598
7.926-71.7240.2421560.21517571913100

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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