PDB-3kl2: Crystal structure of a putative isochorismatase from Streptomyces...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3kl2

タイトル

Crystal structure of a putative isochorismatase from Streptomyces avermitilis

要素

Putative isochorismatase

キーワード

structural genomics / unknown function / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces avermitilis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Bonanno, J.B. / Dickey, M. / Bain, K.T. / Chang, S. / Ozyurt, S. / Wasserman, S. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a putative isochorismatase from Streptomyces avermitilis
著者: Bonanno, J.B. / Dickey, M. / Bain, K.T. / Chang, S. / Ozyurt, S. / Wasserman, S. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C.

履歴

登録	2009年11月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年11月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年11月1日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2018年11月21日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.4	2021年2月10日	Group: Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_site Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3kl2.cif.gz	437.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3kl2.ent.gz	357.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3kl2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kl/3kl2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kl/3kl2	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5fle-d 3naf-d 4udx-d 3tqt-d 1su6-d 3lb8-2 4udy-d 1suf-d 3i39-d 3lb8-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: NYSGXRC-11302e

類似構造データ

Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)

その他のデータベース

TargetDB: NYSGXRC-11302e

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Putative isochorismatase

B: Putative isochorismatase

C: Putative isochorismatase

D: Putative isochorismatase

E: Putative isochorismatase

F: Putative isochorismatase

G: Putative isochorismatase

H: Putative isochorismatase

I: Putative isochorismatase

J: Putative isochorismatase

K: Putative isochorismatase

L: Putative isochorismatase

ヘテロ分子

291 kDa, 12 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative isochorismatase

B: Putative isochorismatase

C: Putative isochorismatase

D: Putative isochorismatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
97.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Putative isochorismatase

F: Putative isochorismatase

G: Putative isochorismatase

H: Putative isochorismatase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
97.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

I: Putative isochorismatase

J: Putative isochorismatase

K: Putative isochorismatase

L: Putative isochorismatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
97.2 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.742, 112.102, 178.904
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 99.470, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Putative isochorismatase 分子量: 24270.561 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces avermitilis (バクテリア) 遺伝子: dhbB1, SAV1388, SAV_1388 / プラスミド: modified pET26 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q82NB5
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.54 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7 詳細: 35% PEG 8K, 250mM ammonium sulfate, pH 7.0, vapor diffusion, temperature 294K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97958 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月8日
放射	モノクロメーター: diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97958 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→39.962 Å / Num. all: 117040 / Num. obs: 114465 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 36 Å² / R_merge(I) obs: 0.099 / R_sym value: 0.099 / Net I/σ(I): 9.3
反射シェル	解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 4.1 % / R_merge(I) obs: 0.407 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 16523 / R_sym value: 0.407 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA	3.3.9	データスケーリング
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
MAR345	CCD	データ収集
MOSFLM		データ削減
SHELXCD		位相決定
SHELXE		モデル構築
MLPHARE		位相決定
直接法		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.3→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.923 / WR_factor R_free: 0.24 / WR_factor R_work: 0.189 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.85 / SU B: 15.384 / SU ML: 0.168 / SU R Cruickshank DPI: 0.311 / SU R_free: 0.23 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.311 / ESU R Free: 0.23 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.239	5723	5 %	RANDOM
R_work	0.188	-	-	-
obs	0.191	114268	97.73 %	-
all	-	116922	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 67.47 Å² / B_iso mean: 21.314 Å² / B_iso min: 2 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.65 Å²	0 Å²	1.15 Å²
2-	-	4.19 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17773	0	10	174	17957

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	18104
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	11467
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.514	1.951	24657
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.952	3	28092
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.246	5	2395
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.603	24.128	717
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.712	15	2753
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.254	15	91
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	2947
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	20560
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3631
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.679	1.5	11866
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.165	1.5	4959
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.261	2	19037
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.245	3	6238
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.558	4.5	5620

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.359 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3	379	-
R_work	0.248	7798	-
all	-	8177	-
obs	-	7798	96.35 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6447	0.0838	0.3435	1.1103	0.2868	1.8003	-0.0071	0.1742	0.1798	-0.0107	-0.0243	-0.0236	-0.0582	-0.2201	0.0314	0.0387	0.022	-0.0027	0.0835	0.0467	0.1155	-46.421	9.214	65.966
2	2.341	-0.044	-0.4432	1.0003	-0.0262	1.5702	0.0014	-0.3158	0.1908	0.0163	0.0176	-0.0134	-0.0372	-0.2279	-0.0191	0.0076	0.0048	-0.014	0.1677	-0.0276	0.053	-50.63	-1.56	90.122
3	2.151	-0.0151	-0.3197	1.0635	-0.1167	1.4332	-0.0294	0.1866	0.0689	-0.0714	0.0174	0.0118	0.0206	0.1067	0.012	0.0308	0.0182	-0.0032	0.0934	-0.0133	0.012	-22.623	-8.853	66.611
4	2.3367	-0.1418	0.0837	1.6297	-0.2637	2.4448	-0.0133	-0.1855	0.1711	0.0413	0.0131	0.0014	0.0545	0.2554	0.0003	0.005	0.0194	-0.0081	0.1025	-0.0509	0.0357	-20.944	1.121	91.606
5	2.1691	0.1443	-0.5401	0.984	-0.0825	2.4324	-0.0276	0.1626	0.1613	-0.055	0.0679	-0.0255	-0.0059	-0.174	-0.0402	0.023	-0.0299	-0.0178	0.0581	0.033	0.0294	-40.256	1.302	27.7
6	1.9649	0.0116	-0.0817	1.6021	-0.7356	1.2686	0.0788	0.2412	0.2299	-0.1344	0.0058	0.1546	-0.1023	-0.2499	-0.0845	0.0936	0.0113	-0.0157	0.2356	0.1138	0.1848	-38.223	20.855	9.19
7	1.8121	0.1345	-0.0916	1.3484	-0.4212	1.8646	0.0211	-0.0681	0.1435	-0.0064	-0.0752	-0.0541	-0.0158	0.1563	0.054	0.0458	-0.0399	-0.0149	0.0823	0.0069	0.068	-12.905	11.719	34.572
8	1.7356	0.2156	-0.5842	1.9735	-0.3407	1.9781	0.0076	0.0738	0.1481	0.027	-0.0576	-0.0593	0.0096	0.0854	0.0501	0.0429	-0.0106	-0.0076	0.119	0.0771	0.0572	-10.387	10.409	7.967
9	1.4504	0.1718	-0.2018	1.5503	-0.0356	1.8401	-0.161	-0.0096	-0.3073	0.0743	0.0302	-0.1607	0.4336	0.182	0.1307	0.2533	0.0889	0.0795	0.0885	0.0562	0.2321	1.992	-1.79	-24.44
10	2.8631	0.4847	-0.6619	1.4183	0.3521	1.6975	-0.3427	0.3992	-0.5451	-0.1229	0.0911	-0.2398	0.3581	0.0217	0.2516	0.2885	-0.0647	0.166	0.1603	-0.1039	0.2356	-5.033	-1.198	-50.212
11	1.7401	0.0903	0.3983	1.108	0.29	2.7578	-0.0561	0.042	-0.0548	-0.0264	-0.0077	-0.0411	-0.0816	0.1236	0.0639	0.0732	0.0178	0.0235	0.0212	0.0218	0.0306	-9.467	25.569	-25.197
12	2.3252	0.4147	-0.1138	1.2873	-0.0574	2.5053	-0.1902	0.1454	-0.0723	-0.0983	0.1342	0.0384	-0.1794	0.0785	0.0561	0.139	-0.0436	0.0174	0.0863	0.0184	0.0198	5.229	26.671	-47.824

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	37 - 235
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	37 - 236
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	37 - 236
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	37 - 236
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	36 - 239
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	36 - 236
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	37 - 236
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	36 - 235
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	37 - 235
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	37 - 235
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	37 - 236
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	37 - 236

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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