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万見
- PDB-3kl1: Crystal structure of abscisic acid receptor PYL2 at 1.55 A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kl1
タイトルCrystal structure of abscisic acid receptor PYL2 at 1.55 A
要素Putative uncharacterized protein At2g26040
キーワードHORMONE RECEPTOR / abscisic acid receptor / crystal / high resolution / PP2C
機能・相同性
機能・相同性情報


protein phosphatase inhibitor complex / abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / signaling receptor activity / protein homodimerization activity / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Polyketide cyclase/dehydrase / Polyketide cyclase / dehydrase and lipid transport / : / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Abscisic acid receptor PYL2
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Zhang, X. / Wang, G. / Chen, Z.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Complex Structures of the Abscisic Acid Receptor PYL3/RCAR13 Reveal a Unique Regulatory Mechanism
著者: Zhang, X. / Zhang, Q. / Xin, Q. / Yu, L. / Wang, Z. / Wu, W. / Jiang, L. / Wang, G. / Tian, W. / Deng, Z. / Wang, Y. / Liu, Z. / Long, J. / Gong, Z. / Chen, Z.
履歴
登録2009年11月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年6月6日Group: Database references
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative uncharacterized protein At2g26040
B: Putative uncharacterized protein At2g26040


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,6202
ポリマ－42,6202
非ポリマー00
水4,342241
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1810 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area17470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.143, 61.143, 184.769
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Putative uncharacterized protein At2g26040 / PYL2


分子量: 21309.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At2g26040, PYL2 / プラスミド: pgex 4t-2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2(DE3) / 参照: UniProt: O80992
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.42 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8
詳細: 20mM tris, 30% Peg4k, pH 8.0, EVAPORATION, temperature 298K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11301
21301
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンPhoton Factory AR-NE3A10.97943, 0.97960, 0.96438
シンクロトロンPhoton Factory AR-NW12A21.9
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 2701CCD2009年10月25日
ADSC QUANTUM 2702CCD2009年10月25日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1MADMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979431
20.97961
30.964381
41.91
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. all: 59264 / Num. obs: 57490 / % possible obs: 97 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 10.6 % / Rsym value: 0.047 / Net I/σ(I): 0.056
反射 シェル解像度: 1.55→1.58 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.667 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Rsym value: 0.654 / % possible all: 5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
MOLREP位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.55→50 Å / σ(F): 3 / σ(I): 3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2243 2719 -random
Rwork0.2013 ---
all0.2024 59264 --
obs0.2024 57490 97 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2779 0 0 241 3020
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d1.49362
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.00719

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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