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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3kkl | ||||||
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タイトル | Crystal structure of functionally unknown HSP33 from Saccharomyces cerevisiae | ||||||
要素 | Probable chaperone protein HSP33 | ||||||
キーワード | HYDROLASE / peptidase / heat shock protein / Chaperone / Protease / Stress response | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 D-lactate dehydratase / glyoxalase III activity / methylglyoxal catabolic process to D-lactate via S-lactoyl-glutathione / cellular response to nutrient levels / chaperone-mediated protein folding / protein folding chaperone / P-body / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.03 Å | ||||||
データ登録者 | Hwang, K.Y. / Sung, M.W. / Lee, W.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of functionally unknown HSP33 from Saccharomyces cerevisiae 著者: Hwang, K.Y. / Sung, M.W. / Lee, W.H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3kkl.cif.gz | 93.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3kkl.ent.gz | 71.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3kkl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3kkl_validation.pdf.gz | 427.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3kkl_full_validation.pdf.gz | 444.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3kkl_validation.xml.gz | 19.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3kkl_validation.cif.gz | 26.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kk/3kkl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kk/3kkl | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1qvzS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26878.396 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: HSP33, YOR391C / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q08914, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.18 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.2M Tri-sodium Citrate dihydrate, 23%(w/v) polyethylene glycol 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月30日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.03→50 Å / Num. obs: 24915 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / Num. measured all: 109787 |
反射 シェル | 解像度: 2.03→2.1 Å / % possible all: 87.5 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1qvz 解像度: 2.03→19.76 Å / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 38.2 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.03→19.76 Å
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拘束条件 |
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