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- PDB-3kk9: CaMKII Substrate Complex B -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kk9
タイトルCaMKII Substrate Complex B
要素Calcium/calmodulin dependent protein kinase II
キーワードTRANSFERASE / CaMKII / ATP-binding / Kinase / Nucleotide-binding / Serine/threonine-protein kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


medium-term memory / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / Ion transport by P-type ATPases / Ion homeostasis / Ca2+ pathway / HSF1-dependent transactivation / serotonin biosynthetic process / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / axon cytoplasm ...medium-term memory / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / Ion transport by P-type ATPases / Ion homeostasis / Ca2+ pathway / HSF1-dependent transactivation / serotonin biosynthetic process / Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / axon cytoplasm / MAPK cascade / perikaryon / transmembrane transporter binding / calmodulin binding / neuron projection / phosphorylation / protein serine kinase activity / positive regulation of gene expression / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Calcium/calmodulin-dependent protein kinase II, association-domain / Calcium/calmodulin dependent protein kinase II association domain / NTF2-like domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain ...Calcium/calmodulin-dependent protein kinase II, association-domain / Calcium/calmodulin dependent protein kinase II association domain / NTF2-like domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II / Calcium/calmodulin-dependent protein kinase type II
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.206 Å
データ登録者Kuriyan, J. / Chao, L.H. / Pellicena, P. / Deindl, S. / Barclay, L.A. / Schulman, H.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Intersubunit capture of regulatory segments is a component of cooperative CaMKII activation.
著者: Chao, L.H. / Pellicena, P. / Deindl, S. / Barclay, L.A. / Schulman, H. / Kuriyan, J.
履歴
登録2009年11月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月13日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calcium/calmodulin dependent protein kinase II


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,0031
ポリマ－32,0031
非ポリマー00
水00
1
A: Calcium/calmodulin dependent protein kinase II

A: Calcium/calmodulin dependent protein kinase II


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,0072
ポリマ－64,0072
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.708, 60.470, 70.243
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.920, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Calcium/calmodulin dependent protein kinase II


分子量: 32003.350 Da / 分子数: 1 / 断片: CaMKII kinase domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: unc-43, K11E8.1, K11E8.1d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9U6Q0, UniProt: O62305*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7
詳細: 15% 2-methyl-2,4-pentanediol, .1M potassium chloride, 5mM magnesium suflate, 50mM 4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年4月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. all: 5292 / Num. obs: 5171 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.5 % / Rsym value: 0.127 / Net I/σ(I): 9.93
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique all: 463 / Rsym value: 0.399 / % possible all: 87.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRRfactor: 43.85 / Model details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.21 Å45.78 Å
Translation3.21 Å45.78 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
PHASER2.1.1位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.206→45.782 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / FOM work R set: 0.68 / SU ML: 0.76 / σ(F): 1.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.329 236 4.58 %RANDOM
Rwork0.27 ---
obs0.272 5153 97.5 %-
all-5292 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 63.034 Å2 / ksol: 0.286 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 195.44 Å2 / Biso mean: 91.219 Å2 / Biso min: 57.85 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-65.114 Å2-0 Å217.363 Å2
2---37.622 Å2-0 Å2
3----27.492 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.206→45.782 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2204 0 0 0 2204
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042257
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7983062
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053336
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003392
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.927817
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 2

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.206-4.0380.3861170.312378249595
4.038-45.7870.2991190.24925392658100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -13.7108 Å / Origin y: -16.3141 Å / Origin z: -19.2794 Å
111213212223313233
T0.035 Å2-0.0078 Å20.0312 Å2-0.3536 Å20.0069 Å2--0.2581 Å2
L1.1008 °20.0876 °20.4936 °2-3.1507 °2-0.3188 °2--2.2915 °2
S-0.115 Å °0.4115 Å °-0.1052 Å °-0.1861 Å °-0.0365 Å °0.025 Å °-0.2236 Å °0.1134 Å °-0.0547 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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