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- PDB-3kk7: Crystal structure of Putative cell invasion protein with MAC/Perf... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3kk7
タイトルCrystal structure of Putative cell invasion protein with MAC/Perforin domain (NP_812351.1) from BACTERIODES THETAIOTAOMICRON VPI-5482 at 2.46 A resolution
要素Putative cell invasion protein with MAC/Perforin domain
キーワードCELL INVASION / Putative cell invasion protein with MAC/Perforin domain / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


Double Stranded RNA Binding Domain - #840 / Nucleotidyltransferase; domain 5 - #400 / : / : / MACPF protein, D2 domain / MACPF protein, D3 domain / MAC/Perforin domain / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain profile. / Membrane attack complex component/perforin (MACPF) domain / Double Stranded RNA Binding Domain ...Double Stranded RNA Binding Domain - #840 / Nucleotidyltransferase; domain 5 - #400 / : / : / MACPF protein, D2 domain / MACPF protein, D3 domain / MAC/Perforin domain / Membrane attack complex/perforin (MACPF) domain profile. / Membrane attack complex component/perforin (MACPF) domain / Double Stranded RNA Binding Domain / Nucleotidyltransferase; domain 5 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
MACPF domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.46 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2010
タイトル: Structure of a membrane-attack complex/perforin (MACPF) family protein from the human gut symbiont Bacteroides thetaiotaomicron.
著者: Xu, Q. / Abdubek, P. / Astakhova, T. / Axelrod, H.L. / Bakolitsa, C. / Cai, X. / Carlton, D. / Chen, C. / Chiu, H.J. / Clayton, T. / Das, D. / Deller, M.C. / Duan, L. / Ellrott, K. / Farr, C. ...著者: Xu, Q. / Abdubek, P. / Astakhova, T. / Axelrod, H.L. / Bakolitsa, C. / Cai, X. / Carlton, D. / Chen, C. / Chiu, H.J. / Clayton, T. / Das, D. / Deller, M.C. / Duan, L. / Ellrott, K. / Farr, C.L. / Feuerhelm, J. / Grant, J.C. / Grzechnik, A. / Han, G.W. / Jaroszewski, L. / Jin, K.K. / Klock, H.E. / Knuth, M.W. / Kozbial, P. / Krishna, S.S. / Kumar, A. / Lam, W.W. / Marciano, D. / Miller, M.D. / Morse, A.T. / Nigoghossian, E. / Nopakun, A. / Okach, L. / Puckett, C. / Reyes, R. / Tien, H.J. / Trame, C.B. / van den Bedem, H. / Weekes, D. / Wooten, T. / Yeh, A. / Zhou, J. / Hodgson, K.O. / Wooley, J. / Elsliger, M.A. / Deacon, A.M. / Godzik, A. / Lesley, S.A. / Wilson, I.A.
履歴
登録2009年11月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月6日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative cell invasion protein with MAC/Perforin domain
B: Putative cell invasion protein with MAC/Perforin domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,3557
ポリマ－124,0152
非ポリマー3405
水4,306239
1
A: Putative cell invasion protein with MAC/Perforin domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,1674
ポリマ－62,0071
非ポリマー1603
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Putative cell invasion protein with MAC/Perforin domain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,1883
ポリマ－62,0071
非ポリマー1802
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.400, 127.200, 138.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 36 - 558 / Label seq-ID: 19 - 541

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
詳細ANALYTICAL SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING AND CRYSTAL PACKING SUPPORT THE ASSIGNMENT OF A MONOMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION.

-
要素

#1: タンパク質 Putative cell invasion protein with MAC/Perforin domain


分子量: 62007.379 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacteroides thetaiotaomicron VPI-5482 (バクテリア)
遺伝子: BT_3439 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q8A267
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 239 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE CONSTRUCT (RESIDUES 19-558) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG ...THE CONSTRUCT (RESIDUES 19-558) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.74 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 5.0000% 2-methyl-2,4-pentanediol, 12.0000% polyethylene glycol 6000, 0.1M HEPES pH 6.7, NANODROP', VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97908,0.91837,0.97922
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月31日 / 詳細: Flat collimating mirror, toroid focusing mirror
放射モノクロメーター: Double crystal monochromator / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979081
20.918371
30.979221
反射解像度: 2.46→49.386 Å / Num. obs: 49779 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 52.436 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rsym value: 0.123 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.46-2.595.90.7522.34070669030.75294.2
2.59-2.757.30.5463.75062169720.54699.9
2.75-2.947.40.3625.54847865910.36299.8
2.94-3.177.40.228.44510961260.2299.8
3.17-3.477.30.14411.64108756390.14499.8
3.47-3.885.90.13612.12574543680.13684.7
3.88-4.486.90.06519.43087344640.06598.1
4.48-5.497.10.05121.72770339020.05199.9
5.49-7.776.90.05620.62123930560.05699.8
7.77-49.396.30.03626.41100317580.03699

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.5.0053精密化
PHENIX精密化
SHELX位相決定
MolProbity3beta29モデル構築
SCALA3.2.25データスケーリング
PDB_EXTRACT3.006データ抽出
XDSデータ削減
SHELXD位相決定
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.46→49.386 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.92 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.888 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU B: 18.879 / SU ML: 0.19 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.405 / ESU R Free: 0.267
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. ATOM RECORDS CONTAIN RESIDUAL B FACTORS ONLY. 4. (4S)-2-METHY-2,4-PENTANEDIOL (MPD), ETHYLENE GLYCOL (EDO) AND CHLORIDE (CL) MODELED WERE PRESENT IN CRYSTLLIZATION/CRYO CONDITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 2514 5.1 %RANDOM
Rwork0.209 ---
obs0.211 49764 97.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 67.81 Å2 / Biso mean: 29.993 Å2 / Biso min: 11.09 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.53 Å20 Å20 Å2
2---1.35 Å20 Å2
3---1.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.46→49.386 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7998 0 21 239 8258
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0228249
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.025530
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4651.96311189
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.914313559
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.54251012
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.40825.285386
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.066151428
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8021524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0860.21230
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0219134
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021632
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.5731.55016
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.1041.52020
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.09228138
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.67733233
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.6774.53042
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 6582 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
LOOSE POSITIONAL0.655
LOOSE THERMAL2.5910
LS精密化 シェル解像度: 2.456→2.52 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.385 158 -
Rwork0.331 3131 -
all-3289 -
obs--88.27 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.3869-0.5908-0.94674.39560.18154.32910.41950.11880.48520.1902-0.09010.3745-0.6895-0.1371-0.32930.29680.08630.01320.0333-0.02790.1993-7.336228.602791.0636
20.8660.27610.69530.6010.15971.44350.085-0.0524-0.03420.0388-0.04960.01050.0606-0.0228-0.03540.0132-0.01370.00740.0183-0.01640.02494.7664-1.0925120.4204
34.4348-0.1884-2.16910.98220.30691.70030.14320.42720.3142-0.23910.0105-0.142-0.2109-0.0652-0.15370.20160.03490.04710.09250.03710.04154.8419.320379.2311
40.71350.25920.07813.89590.53442.00310.02240.2640.1555-0.30350.1110.39620.0422-0.4216-0.13340.08620.03-0.07550.23490.07170.1192-13.26918.025187.2272
52.2828-0.01841.17592.06630.38620.7207-0.0835-0.08710.21660.32970.0743-0.19220.02050.04540.00920.14130.08050.0190.2259-0.04590.09872.86544.5855138.8637
61.30740.628-0.63271.5038-0.69560.9605-0.0956-0.0182-0.0723-0.0207-0.0847-0.3860.00780.10220.18030.0097-0.0009-0.00230.03420.0370.113230.572838.7705106.1679
72.6155-1.3377-0.06622.3530.22810.6583-0.07570.02460.0195-0.0368-0.04580.23-0.1037-0.03190.12160.07310.0572-0.01780.0539-0.00090.0494-10.310746.3093125.5267
81.9616-0.48020.16972.78351.17412.3275-0.2401-0.1246-0.29890.33010.19440.29250.16150.04140.04570.07640.05030.07010.03930.04620.07250.540926.408127.0126
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A36 - 56
2X-RAY DIFFRACTION2A66 - 389
3X-RAY DIFFRACTION3A390 - 493
4X-RAY DIFFRACTION4A494 - 558
5X-RAY DIFFRACTION5B36 - 56
6X-RAY DIFFRACTION6B66 - 389
7X-RAY DIFFRACTION7B390 - 493
8X-RAY DIFFRACTION8B494 - 558

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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